会社を設立する際、資本金を1,000万円未満にすれば、設立初年度から消費税を納める必要はないと考えている経営者は少なくありません。
確かに、消費税法では、基準期間がない新設法人について、資本金が1,000万円未満であれば、原則として納税義務が免除される仕組みがあります。
しかし、現在の制度では、資本金だけで消費税の納税義務を判断することはできません。
特に、大企業の子会社や孫会社、事業規模の大きな経営者が設立する資産管理会社では、資本金が500万円や900万円であっても、設立初年度から課税事業者になる場合があります。
その理由が「特定新規設立法人」の制度です。
この制度は、法人の設立を利用して消費税の免税制度を適用することを防ぐために設けられました。
今回は、東京税理士協同組合の研修資料を参考に、特定新規設立法人の判定方法と、企業グループやオーナー企業で注意すべき実務上のポイントを解説します。
新設法人の消費税は資本金だけでは判断できない
消費税では、原則として基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者について、納税義務が免除されます。
法人の場合、基準期間は原則として前々事業年度です。
新たに設立された法人には、通常、設立初年度の基準期間が存在しません。
そのため、資本金が1,000万円未満であれば、原則として設立初年度は免税事業者となります。
一方、資本金が1,000万円以上の新設法人については、基準期間がなくても納税義務が免除されません。
ここまでは比較的分かりやすい仕組みです。
しかし、資本金1,000万円未満の法人についても、特定新規設立法人に該当する場合には、設立初年度から消費税の納税義務が生じます。
つまり、資本金1,000万円未満という条件は、免税事業者になるための十分条件ではありません。
新設法人の納税義務を判断する際には、資本金に加えて、株主構成や企業グループの支配関係を確認する必要があります。
特定新規設立法人が設けられた理由
特定新規設立法人の制度は、大規模な事業者が新会社を設立することによって、消費税の免税制度を利用することを防ぐために設けられました。
例えば、年間の課税売上高が10億円ある企業が、新たに資本金500万円の子会社を設立した場合を考えます。
新設子会社の資本金だけで判断すれば、設立初年度は免税事業者になる可能性があります。
しかし、実際には、大規模な企業グループの一部として事業を行っています。
このような法人について、単に新設法人であることを理由として免税制度を認めることが適切かという問題があります。
そこで、一定の支配関係があり、支配する事業者や特殊関係法人の課税売上高が5億円を超える場合には、設立初年度から課税事業者とする仕組みが設けられました。
これが特定新規設立法人の制度です。
重要なのは、新設法人自身の売上高が5億円を超えている必要はないという点です。
新設法人を支配する者や、その者と一定の関係にある法人の課税売上高が判定に影響します。
特定新規設立法人の基本的な判定要件
研修資料では、特定新規設立法人に該当する典型的な場合として、2つのケースを整理しています。
1つ目は、課税売上高が5億円を超える株主などによって、新設法人が直接50％超の支配を受けている場合です。
例えば、課税売上高が8億円のA社が、新設法人B社の株式を100％保有しているとします。
B社の資本金が500万円であっても、一定の要件を満たせば特定新規設立法人に該当します。
2つ目は、新設法人を支配する者が完全支配するグループ会社の中に、課税売上高が5億円を超える法人が存在する場合です。
この場合、新設法人の直接の株主自身には5億円を超える課税売上高がなくても、特定新規設立法人に該当することがあります。
なお、実際の判定では、法令で定める基準期間に相当する期間の課税売上高などを確認する必要があります。
単に直近の年間売上高が5億円を超えているかどうかだけで判断するものではありません。
大企業の孫会社でも納税義務が生じる
研修資料では、大企業が新たに設立した孫会社の消費税申告を引き受けた事例が紹介されています。
新設法人の資本金は500万円です。
資本金だけを確認した税理士が、設立初年度は免税事業者であると判断してしまった場合、問題が生じる可能性があります。
例えば、親会社A社が子会社B社を100％保有し、B社が新設法人C社を100％保有しているとします。
C社の資本金は500万円です。
B社の課税売上高が5億円以下であっても、A社の課税売上高が5億円を超えている場合には、支配関係などの要件を確認する必要があります。
特定新規設立法人の判定では、直接の株主だけでなく、一定の特殊関係法人の課税売上高が問題になるからです。
企業グループ内で新会社を設立する場合には、資本金だけでなく、グループ全体の資本関係を確認することが重要です。
オーナーが資産管理会社を設立する場合
特定新規設立法人の制度は、大企業だけの問題ではありません。
中小企業の経営者が資産管理会社を設立する場合にも注意が必要です。
例えば、ある経営者が課税売上高6億円の会社を100％所有しているとします。
その経営者が、新たに資本金300万円の資産管理会社を設立し、株式を100％保有することにしました。
新設する資産管理会社自身には、過去の売上実績がありません。
しかし、同じ経営者が完全支配する会社に課税売上高5億円超の法人が存在するため、特定新規設立法人に該当する可能性があります。
この場合、資産管理会社の資本金が300万円であっても、設立初年度から消費税の納税義務が生じることがあります。
特に、不動産管理会社、資産保有会社、持株会社などを設立する際には注意が必要です。
ただし、課税事業者になったとしても、すべての収入に消費税が課されるわけではありません。
住宅家賃収入や一定の金融取引などには非課税の取扱いがあります。
納税義務の有無と、個々の取引が課税対象になるかどうかは、分けて判断する必要があります。
親族による支配も判定に影響する
研修資料では、親族による支配関係についても取り上げられています。
例えば、息子が新会社を設立し、株式を100％保有している場合を考えます。
息子自身には、課税売上高5億円超の事業はありません。
しかし、父親が課税売上高5億円超の会社を経営している場合には、注意が必要です。
特定新規設立法人の判定では、一定の親族関係も考慮されるためです。
研修資料では、息子と父親が生計を一にしている場合と、生計を別にしている場合を比較しています。
生計を一にする父親が課税売上高5億円超の法人を完全支配している場合には、息子が設立した法人についても特定新規設立法人に該当する可能性があります。
一方、生計を別にしている場合には、研修資料の設例では特定新規設立法人に該当しないと整理されています。
ただし、実際には親族関係や支配関係について、法令上の要件を個別に確認する必要があります。
単に親子であるという理由だけで、すべての新設法人が課税事業者になるわけではありません。
企業グループのどこまで調査する必要があるのか
企業グループが複雑になると、特定新規設立法人の判定は難しくなります。
例えば、新設法人の株主がA社であり、A社がB社を完全支配し、B社がC社を完全支配している場合を考えます。
A社とB社の課税売上高は5億円以下ですが、C社の課税売上高が5億円を超えています。
この場合、一定の特殊関係法人の範囲にC社が含まれるのであれば、新設法人が特定新規設立法人に該当する可能性があります。
研修資料では、こうした企業グループの判定について、消費税法施行令第25条の3を取り上げています。
重要なのは、グループ会社が存在するというだけで、無制限にすべての法人を判定対象にするわけではないことです。
法令で定められた支配関係と特殊関係法人の範囲を確認する必要があります。
また、研修資料では、新設法人の株主をさらに上位から支配する法人について、どこまで調査する必要があるのかという問題も取り上げています。
特定新規設立法人の制度は、単純に企業グループ全体の売上高を合算する制度ではありません。
新設法人の株主を起点として、法令上の判定対象となる者と特殊関係法人を確認する仕組みです。
この点を理解することが、過大な判定や確認漏れを防ぐことにつながります。
株主には情報提供義務がある
特定新規設立法人の判定では、新設法人自身が把握できない情報が必要になることがあります。
例えば、株主が完全支配する別会社の課税売上高です。
新設法人の経理担当者が、グループ会社の売上高をすべて把握しているとは限りません。
そこで、消費税法第12条の3第4項では、一定の場合に、判定対象となる株主などに情報提供義務を定めています。
新設法人から判定に必要な事項について情報提供を求められた場合には、これに応じなければならないとされています。
研修資料では、実務上の確認方法として、新設法人が株主に対し、株主自身または株主が完全支配する法人に課税売上高5億円超の者が存在するか確認する考え方を示しています。
これは、複雑な制度を実務上確認するための重要な方法です。
新設法人の経理担当者や顧問税理士は、株主構成を確認するだけでなく、必要に応じて株主から情報を取得することが求められます。
納税義務の判定ミスが課税方式の選択ミスにつながる
特定新規設立法人の判定を誤ると、単に消費税の申告を忘れるだけでは済まない場合があります。
研修資料では、税理士損害賠償に関する事例が紹介されています。
資本金900万円で設立された法人について、特定新規設立法人に該当することを見落としたため、消費税の課税事業者であることに気付かなかった事例です。
その結果、簡易課税制度選択届出書を期限までに提出できず、不利な一般課税による申告になってしまいました。
消費税では、一般課税と簡易課税のどちらを選択するかによって、納税額が大きく異なる場合があります。
例えば、売上げに係る消費税額が500万円で、簡易課税のみなし仕入率が80％の場合、簡易課税による納付税額は100万円になります。
一方、一般課税では、実際の仕入れや経費に係る控除対象消費税額によって納税額が決まります。
実際の控除対象消費税額が100万円であれば、納付税額は400万円です。
この場合、課税方式によって300万円の差が生じます。
もちろん、一般課税の方が有利になる場合もあります。
重要なのは、設立時点で納税義務を正確に判定し、選択できる課税方式を比較することです。
新会社設立時に確認しておきたい事項
新設法人の消費税については、会社設立後ではなく、設立準備の段階から確認することが重要です。
まず、資本金が1,000万円以上かどうかを確認します。
次に、株主が個人なのか法人なのか、誰が新設法人を支配するのかを整理します。
さらに、株主自身や一定の特殊関係法人について、基準期間に相当する期間の課税売上高が5億円を超えていないか確認します。
個人株主の場合には、一定の親族関係や生計関係も検討する必要があります。
また、特定新規設立法人に該当しない場合でも、インボイス登録、特定期間の判定、高額な資産の取得などによって、消費税の取扱いが変わることがあります。
そのため、会社設立時の消費税の検討は、資本金だけで終わらせるべきではありません。
特に、設立初年度に多額の設備投資を予定している法人では、仕入税額控除や還付の可能性も含めて課税方式を検討することが重要です。
結論
資本金1,000万円未満の新設法人であっても、特定新規設立法人に該当する場合には、設立初年度から消費税の納税義務が生じます。
この制度は、大規模な事業者が新会社を設立することによって、消費税の免税制度を利用することを防ぐために設けられました。
判定では、新設法人自身の資本金や売上高だけでなく、株主による支配関係や、一定の特殊関係法人の課税売上高を確認する必要があります。
また、事業規模の大きな経営者が資産管理会社を設立する場合や、親族が新会社を設立する場合にも注意が必要です。
さらに、納税義務の判定を誤ると、簡易課税制度の届出期限を逃し、結果として納税額が増加する可能性があります。
会社設立時の消費税については、資本金だけで判断するのではなく、株主構成、企業グループの関係、課税売上高、課税方式の選択を総合的に検討することが重要です。
新会社の設立は、事業の将来を左右する重要な経営判断です。
その段階から消費税の取扱いを正確に確認しておくことが、予期しない納税負担や税務上のトラブルを防ぐことにつながります。
参考
東京税理士協同組合教育情報事業配布資料「事例から学ぶ消費税・法人税実務－税務判断の『なぜ』を読み解く－」税理士 白井一馬、2026年10月1日
消費税法第9条、第12条の2、第12条の3
消費税法施行令第25条の3「特殊関係法人の範囲」
国税庁「新設法人の納税義務の免除の特例」
国税庁「特定新規設立法人の納税義務の免除の特例」