消費税の実務では、取引そのものが存在していても、税務上の要件を満たしていなければ仕入税額控除が認められないことがあります。
また、土地と建物を一括して売却する場合には、売買代金の配分方法によって消費税額が変わります。
さらに、2027年4月から予定されている飲食料品の消費税率1％への引下げでは、税率を変更するだけでなく、インボイスの記載事項や会計システム、返品処理などにも対応が必要になります。
これらに共通するのは、消費税が取引の実態だけでなく、帳簿や請求書の保存、法令上の計算方法、取引時期などによって税額が決まる税金であるという点です。
今回は、東京税理士協同組合の研修資料を参考に、仕入税額控除が否認された事例、土地建物の一括譲渡に関する裁判例、飲食料品の消費税率引下げに伴う実務上の課題を解説します。
取引が存在しても仕入税額控除が認められない理由
消費税の仕入税額控除は、事業者が支払った消費税額を、売上げに係る消費税額から差し引く制度です。
例えば、売上げに係る消費税額が500万円、仕入れに係る消費税額が300万円であれば、原則として納付税額は200万円になります。
しかし、実際に仕入れを行い、代金を支払っていれば、必ず300万円を控除できるわけではありません。
仕入税額控除を受けるためには、消費税法で定められた要件を満たす必要があります。
現在のインボイス制度では、原則として、一定の事項を記載した帳簿と適格請求書等の保存が必要です。
一方、インボイス制度導入前の取引については、当時の法令に基づく帳簿と請求書等の保存要件が問題になります。
ここで重要なのは、帳簿や請求書の保存が、単なる事務手続きではないという点です。
消費税法では、これらの保存が仕入税額控除を認めるための法定要件となっています。
そのため、取引が実際に存在していても、保存要件を満たさなければ、控除が認められない場合があります。
税務調査の通知後に帳簿を作成した事例
研修資料では、建設業を営む個人事業者について、仕入税額控除が否認された事例が紹介されています。
この事業者は、2016年から2020年までの各課税期間について消費税の申告を行っていました。
その後、2021年7月までに税務調査の事前通知を受けました。
ところが、事前通知の時点では、消費税法で求められる帳簿を保存していませんでした。
そこで、税理士が関与し、過去の取引資料などをもとに総勘定元帳を作成しました。
事業者は、その帳簿に基づいて消費税の修正申告を行いました。
しかし、税務当局は仕入税額控除を認めず、更正処分を行いました。
問題となったのは、後から作成された帳簿によって、法令上の保存要件を満たしたといえるかどうかです。
研修資料では、申告期限の翌日時点で法定帳簿の保存がなかったことが、仕入税額控除の否認理由として取り上げられています。
この事例は、後から正しい帳簿を作成すれば、過去の保存要件の不備が必ず解消されるわけではないことを示しています。
後から帳簿を作ればよいという考え方の危険性
中小企業では、日々の記帳が遅れ、決算や申告の時期になってからまとめて帳簿を作成することがあります。
取引資料が残っていれば、後から会計帳簿を作成すること自体は可能です。
しかし、消費税の仕入税額控除については、法令上の保存要件を満たしているかどうかが問題になります。
税務調査が始まってから帳簿を作成した場合、取引の存在が確認できても、保存要件を満たしていないと判断される可能性があります。
特に、税務調査の事前通知後に初めて帳簿を整備した場合には注意が必要です。
研修資料では、税務調査によって問題が表面化した場合、法令に基づく厳格な判断が行われることを指摘しています。
実務上は、取引の事実を証明できるかどうかと、仕入税額控除の法定要件を満たしているかどうかを分けて考える必要があります。
日常的に帳簿を作成し、請求書等を適切に保存することが、消費税の申告を守る基本になります。
隠し口座から支払った外注費の取扱い
研修資料では、売上除外が発覚した場合の仕入税額控除についても取り上げています。
例えば、会社が帳簿に記載していない銀行口座を保有していたとします。
その口座には売上代金が入金されていました。
一方、その口座から外注先への支払いも行われており、口座にはほとんど残高がありませんでした。
税務調査によって隠し口座が発覚し、売上除外が認定された場合、法人税では売上高だけでなく、実際に発生した外注費についても検討することになります。
外注費が事業に必要な費用であり、その支払いの事実が確認できれば、法人税では損金として認められる可能性があります。
しかし、消費税では別の問題が生じます。
外注先への支払いが実際に行われていても、法定の帳簿や請求書等の保存要件を満たしていなければ、原則として仕入税額控除は認められません。
研修資料では、外注費の支払いが明らかであっても、必要な請求書等が存在しない場合には、消費税の仕入税額控除が認められないという問題を指摘しています。
ただし、現行制度には一定の帳簿のみ保存の特例などもあるため、すべての取引で請求書がなければ一律に控除できないというわけではありません。
重要なのは、法人税の損金算入と消費税の仕入税額控除では、判断要件が異なることです。
土地と建物の一括譲渡で生じる消費税の問題
消費税の実務で判断が難しい取引の1つが、土地と建物の一括譲渡です。
土地の譲渡は消費税の非課税取引ですが、建物の譲渡は、事業者が事業として行う場合、原則として課税取引です。
そのため、土地と建物をまとめて売却する場合には、売買代金を土地部分と建物部分に区分する必要があります。
例えば、土地建物を合計1億円で売却した場合を考えます。
土地部分が7,000万円、建物部分が3,000万円であれば、建物部分について消費税の課税関係が生じます。
一方、土地部分を9,000万円、建物部分を1,000万円とすれば、建物部分に係る消費税額は小さくなります。
しかし、売主が自由に金額を配分してよいわけではありません。
土地と建物の価額は、取引の実態や合理的な評価方法に基づいて区分する必要があります。
納税者に有利な按分が否認された裁判例
研修資料では、中古住宅の買取再販事業者による土地建物の一括譲渡について、国側の主張が認められた裁判例が紹介されています。
この事業者は、土地付き中古住宅を購入し、リフォームした後に販売していました。
土地と建物を一括して譲渡する際、売買代金を土地部分と建物部分に区分して消費税を計算していました。
しかし、その配分方法の合理性が争われました。
土地と建物の一括譲渡では、契約書に区分金額が記載されていても、その金額が合理的なものかどうかが問題になる場合があります。
特に、建物部分の価額を小さくすれば、売主の消費税負担は軽くなる可能性があります。
そのため、税務上は、契約書の記載だけでなく、固定資産税評価額、不動産鑑定評価、取得価額など、合理的な根拠があるかどうかが重要になります。
この事例から学べるのは、消費税の納税額を有利にすることだけを目的とした配分には、税務上のリスクがあるという点です。
不動産の売買契約を締結する際には、土地と建物の価額の区分について、合理的な説明ができる資料を残しておくことが重要です。
飲食料品の消費税率1％への引下げ
研修資料では、2027年4月1日から2029年3月31日までの2年間、飲食料品の消費税率を1％に引き下げる制度についても取り上げています。
これは、従来の軽減税率8％を、地方消費税を含めて1％とするものです。
ただし、すべての軽減税率対象取引が1％になるわけではありません。
研修資料では、飲食料品の譲渡や輸入について1％を適用する一方、新聞については8％を維持すると整理しています。
また、インボイスには「特例税率1％」と税額を記載することが想定されています。
この改正は、単に税率を8％から1％へ変更するだけではありません。
返品や貸倒れ、経過措置、各種届出、簡易課税制度など、消費税のさまざまな仕組みに影響します。
そのため、食品メーカー、小売業、飲食料品の卸売業などでは、会計システムや販売管理システムの対応が重要になります。
なお、研修資料は2026年10月1日時点の税制改正大綱案を基礎としているため、実際の適用に当たっては成立した法令と経過措置の確認が必要です。
税率変更時の返品と経過措置
飲食料品の消費税率が1％に引き下げられる場合、実務上の大きな問題になるのが、税率変更前後の取引です。
例えば、2027年3月に8％で販売した商品が、4月になって返品された場合を考えます。
返品処理では、単純に返品時点の税率を適用するのではなく、元の売上取引に適用された税率を確認する必要があります。
また、研修資料では、2027年1月1日前に締結した一定の定期供給契約や、同日前に販売条件を提示した一定の通信販売について、1％税率を適用しない経過措置が示されています。
したがって、同じ商品を同じ日に引き渡した場合でも、契約時期や取引条件によって適用税率が異なる可能性があります。
企業では、商品の販売日だけでなく、契約日や取引条件などの情報も管理する必要があります。
インボイスと会計システムへの影響
税率が変更される場合、インボイスの記載事項も重要になります。
現行の消費税では、標準税率10％と軽減税率8％が適用されています。
飲食料品について1％の特例税率が導入されると、取引内容によって異なる税率を適切に区分する必要があります。
例えば、食品スーパーでは、飲食料品と日用品を同時に販売しています。
飲食料品には1％、日用品には10％というように、商品ごとに税率を管理しなければなりません。
さらに、新聞については8％が維持されるため、複数の税率が併存することになります。
このため、レジシステム、販売管理システム、会計ソフト、請求書発行システムなどの改修が必要になる可能性があります。
特に、中小企業では、システム改修費用や従業員への教育負担が課題になります。
税率変更の直前になって対応するのではなく、事前に必要な準備を確認しておくことが重要です。
簡易課税制度や届出への影響
飲食料品の消費税率引下げは、簡易課税制度にも影響します。
簡易課税制度では、売上げに係る消費税額に、業種ごとのみなし仕入率を適用して納付税額を計算します。
そのため、売上げに適用される税率が変われば、納付税額も変わります。
一方、一般課税では、売上げに係る消費税額と仕入れに係る消費税額をそれぞれ計算する必要があります。
食品を扱う企業では、売上げと仕入れの税率構成によって、消費税の納付額や還付額が変化する可能性があります。
また、研修資料では、税率引下げに伴う課税事業者選択届出書などの特例的な取扱いにも言及しています。
税率改正に対応する際には、単に販売価格を変更するだけでなく、課税方式の選択や届出期限についても確認する必要があります。
中小企業が準備すべき実務対応
今回の研修資料から分かるのは、消費税の実務では、日常的な帳簿管理と制度改正への対応の両方が重要だということです。
まず、仕入税額控除については、取引の発生時点から帳簿と請求書等を適切に保存する必要があります。
税務調査が始まってから帳簿を作成すればよいという考え方は危険です。
次に、土地建物の一括譲渡など、課税取引と非課税取引が混在する場合には、合理的な計算根拠を残しておくことが重要です。
さらに、飲食料品の税率引下げに向けては、販売価格、インボイス、会計システム、返品処理などを総合的に見直す必要があります。
特に、消費税は法人税と異なり、赤字であっても納税が必要になる場合があります。
税務上の判断を誤ると、予期しない納税負担が発生し、資金繰りに影響する可能性があります。
日常の経理処理を正確に行い、制度改正についても早い段階から準備を進めることが重要です。
結論
消費税の実務では、取引の実態が確認できるだけでは十分ではありません。
仕入税額控除を受けるためには、帳簿や請求書等の保存など、法令上の要件を満たす必要があります。
また、土地建物の一括譲渡では、売買代金の区分について合理的な根拠が求められます。
さらに、飲食料品の消費税率1％への引下げは、税率変更だけでなく、インボイス、会計システム、返品処理、課税方式の選択など、幅広い実務に影響します。
これらに共通するのは、消費税が事前の準備と日常的な記録管理を重視する税金であるという点です。
申告期限になってから対応するのではなく、取引の発生時点から税務上の要件を確認し、適切な資料を保存しておくことが重要です。
また、制度改正については、税率や納税額だけでなく、経理事務や資金繰りへの影響も含めて検討する必要があります。
消費税の実務判断では、取引の実態、法令上の要件、制度改正の趣旨を総合的に理解することが、適切な申告と税務リスクの防止につながります。
参考
東京税理士協同組合教育情報事業配布資料「事例から学ぶ消費税・法人税実務－税務判断の『なぜ』を読み解く－」税理士 白井一馬、2026年10月1日
消費税法第30条、第38条、第39条
国税庁「適格請求書等保存方式に関するQ&A」
税務通信 2024年6月10日号「一括譲渡に関する消費税の按分」
令和8年度税制改正大綱案「飲食料品の消費税率1％への引下げ」