国税庁の税務調査は、企業規模や申告内容を確認するだけでなく、取引の実態や税務リスクを重視する方向へ進んでいます。
2026年10月6日と7日に開催された全国国税局調査査察部長会議では、リスク・ベース・アプローチに基づく調査事務運営、調査ノウハウの組織内共有、税務ガバナンスの充実、国際課税への対応、査察事務のデジタル化などが議論されました。
これらの取組に共通するのは、国税当局が限られた行政資源を効果的に活用し、税務上の問題が生じる可能性の高い事案に適切に対応しようとしていることです。
企業側も、税務調査が始まってから資料を整理するだけでは、十分な対応が難しくなる場合があります。
日常業務の中で取引の実態を把握し、税務判断の根拠を記録し、申告内容の正確性を確認する仕組みが重要になります。
税務調査への備えは、単なる調査対応の問題ではありません。
企業経営を支える内部管理体制の整備として考える必要があります。
リスク重視へと進む税務調査
国税庁が重視しているのが、リスク・ベース・アプローチに基づく調査事務運営です。
これは、税務上の問題が生じる可能性や影響の大きさなどを踏まえ、調査資源を重点的に配分する考え方です。
今回の会議では、租税回避行為、海外への所得移転、不正計算、消費税などへの対応が重要な課題として取り上げられました。
これらの分野では、取引の形式と実態の違いや、税法上の適用要件を慎重に確認する必要があります。
例えば、海外子会社との取引では、価格設定の合理性や所得の帰属が問題になる場合があります。
また、消費税では、取引の課税区分や仕入税額控除の適用要件などが重要になります。
ただし、特定の分野が重点課題となったからといって、その分野に関係するすべての企業が税務調査の対象になるわけではありません。
企業としては、自社の取引内容を踏まえ、税務上の問題が生じやすい部分を把握することが重要です。
経営者が果たすべき役割
税務リスク管理を実効性のあるものにするためには、経営者の関与が欠かせません。
税務上の問題は、経理部門の計算誤りだけで発生するものではありません。
営業部門の契約条件、購買部門の取引先管理、人事部門の給与・福利厚生、海外事業部門の関連者間取引など、さまざまな業務が税務処理に影響します。
経営者が税務コンプライアンスを軽視している場合、現場の担当者が適正な処理を行おうとしても、十分な対応が難しくなることがあります。
そのため、経営者には適正な申告・納税を企業経営の基本方針として明確に示すことが求められます。
また、重要な取引については、税務上の影響を事前に確認する仕組みを整えることが重要です。
税務リスクは、追徴税額や加算税だけの問題ではありません。
企業の信用や取引先との関係に影響する可能性もあるため、経営上の重要なリスクとして管理する必要があります。
経理部門が担う税務リスク管理
経理部門は、企業の税務管理において中心的な役割を担います。
しかし、決算や申告書の作成だけが経理部門の役割ではありません。
日常的な会計処理を通じて、税務上の問題が生じていないかを確認することが重要です。
例えば、売上計上の時期、外注費の実態、交際費の処理、役員給与、消費税の課税区分などについて、適切な処理が行われているかを確認する必要があります。
また、通常と異なる取引や金額の大きい取引については、契約内容や取引の背景を把握することが望まれます。
経理部門が会計数値だけを確認していても、取引の実態を十分に理解できない場合があります。
そのため、営業、購買、法務、人事などの関係部署との情報共有が重要になります。
税務リスク管理を経理部門だけで完結させるのではなく、企業全体の業務として位置付ける必要があります。
重要取引の事前確認体制
税務上の問題は、取引が完了した後では修正が難しい場合があります。
例えば、企業買収や組織再編では、取引の実行方法によって税務上の取扱いが大きく変わることがあります。
また、海外子会社との取引では、契約条件や価格設定が移転価格税制に影響する場合があります。
新規事業の開始やデジタルサービスの導入では、消費税の課税関係を確認する必要が生じることもあります。
こうした取引については、契約締結前や実行前に税務上の影響を確認することが重要です。
すべての取引について経理部門の事前承認を求める必要はありません。
税務上の影響が大きい取引や、通常と異なる取引を明確にし、必要な場合に専門的な確認を行う仕組みが有効です。
判断が難しい場合には、顧問税理士などの専門家に相談し、その結果を記録しておくことが望まれます。
税務判断の根拠を説明できる資料管理
税務調査では、申告内容の適正性を確認するために、取引の実態や税務判断の根拠が確認されます。
そのため、契約書、請求書、発注書、納品書、社内決裁資料などを適切に保存することが重要です。
ただし、資料が保存されているだけでは十分とは限りません。
複雑な取引では、なぜその会計処理や税務処理を採用したのかを説明できることが求められます。
例えば、役員退職金については、支給決定の経緯や金額の算定根拠などが重要になる場合があります。
また、海外子会社との取引では、価格設定の根拠や契約条件を確認できる資料が必要になることがあります。
税務判断の根拠を文書化しておけば、担当者が異動した場合でも過去の経緯を確認できます。
資料管理は、税務調査への対応だけでなく、内部監査や会計監査においても役立ちます。
電子データ管理と税務行政のデジタル化
国税庁では、KSK2の導入など、税務行政のデジタル化が進められています。
今回の会議でも、査察事務におけるデジタル化への対応が議論されました。
企業側でも、会計システム、電子契約、電子メール、クラウドサービスなどの利用が広がっています。
こうした環境では、電子データを適切に保存し、必要な情報を確認できる体制が重要です。
例えば、電子取引データについては、電子帳簿保存法に定められた保存要件を確認する必要があります。
また、会計データや契約情報について、アクセス権限や変更履歴を適切に管理することも重要です。
電子データが複数のシステムに分散している場合には、保存場所や管理責任者を明確にする必要があります。
税務行政のデジタル化が進む中で、企業側にも正確な電子データ管理が求められます。
国際取引に関する税務リスクの把握
海外取引を行う企業では、国内取引とは異なる税務上の問題が生じる場合があります。
例えば、海外子会社との取引では、移転価格税制への対応が必要になることがあります。
また、一定規模以上の多国籍企業グループでは、グローバル・ミニマム課税への対応も重要です。
海外取引に関する税務リスクを管理するためには、契約内容、取引価格、資金の流れ、各法人の事業活動などを把握する必要があります。
さらに、海外子会社の会計情報や税務情報を、日本の親会社が適切に収集する仕組みも重要です。
中小企業であっても、海外子会社を設立したり、国外関連者と取引したりする場合には、国際課税への対応が必要になることがあります。
企業規模だけで判断せず、取引の実態に応じて税務上の問題を確認することが求められます。
過去の税務調査結果を改善につなげる仕組み
税務調査で指摘された事項を、その場限りの対応で終わらせないことも重要です。
例えば、過去の税務調査で外注費の処理について指摘を受けた場合には、対象となった取引だけでなく、同様の問題が他の取引にも存在しないか確認する必要があります。
また、指摘事項が発生した原因を分析し、社内規程や業務手順を見直すことが望まれます。
今回の会議では、国税庁が大規模法人の税務調査で蓄積したノウハウを組織全体に還元する取組も議論されました。
企業側も同様に、税務調査で得られた知識や経験を組織として蓄積する必要があります。
税務判断の事例や改善策を記録し、担当者が交代しても確認できる状態にしておくことが重要です。
税務調査への対応経験を組織の財産として活用することが、将来の申告誤りの防止につながります。
中小企業が優先して取り組むべき管理体制
中小企業では、大企業のように専門の税務部門や内部監査部門を設置することが難しい場合があります。
しかし、税務リスク管理の基本的な考え方は企業規模によって変わりません。
まず、経営者が適正な申告・納税を重視する姿勢を明確にすることが重要です。
次に、経理処理の基本的なルールを整備し、取引の承認や証憑の保存について責任者を明確にする必要があります。
また、重要な契約や通常と異なる取引については、事前に顧問税理士へ相談する仕組みが有効です。
さらに、月次決算や決算前の確認を通じて、税務上の問題を早期に発見することが望まれます。
中小企業では、複雑な管理制度を導入することよりも、基本的な確認作業を継続することが重要です。
経営者、経理担当者、顧問税理士が役割を分担し、必要な情報を共有することが実効性のある税務管理につながります。
税務リスク管理を継続するための仕組み
税務リスク管理は、一度社内規程を整備すれば完了するものではありません。
事業内容や取引形態、税制の変更に応じて、継続的に見直す必要があります。
例えば、新しい事業を開始した場合には、従来とは異なる税務上の問題が生じることがあります。
また、税制改正によって、これまで適用していた特例の要件が変更される場合もあります。
そのため、定期的に税務リスクを確認し、必要に応じて社内の処理方法を見直す仕組みが重要です。
経理部門だけでなく、関係部署が参加する情報共有の機会を設けることも有効です。
税務上の問題を早期に把握し、適切に対応することによって、申告誤りや将来の修正負担を軽減することが期待されます。
税務リスク管理は、企業活動の変化に合わせて継続的に改善する必要があります。
結論
2026年10月の全国国税局調査査察部長会議では、リスク重視の税務調査、調査ノウハウの組織内共有、税務ガバナンス、国際課税、査察事務のデジタル化など、税務行政の高度化に関する幅広い課題が議論されました。
これらの取組は、国税当局が税務上の問題をより的確に把握し、適正な課税を実現するためのものです。
企業側に求められるのは、税務調査が始まってから対応するのではなく、日常業務の中で税務リスクを管理することです。
経営者の関与、部門間の情報共有、重要取引の事前確認、税務判断の文書化、電子データ管理、継続的な内部点検が重要になります。
税務調査に強い企業とは、調査への対応方法だけを熟知している企業ではありません。
日常的に適正な税務処理を行い、その判断根拠を組織として説明できる企業です。
税務行政が高度化する中で、企業側にも税務ガバナンスの充実が求められています。
適正な申告・納税を継続するための管理体制を整えることが、税務リスクの軽減と企業経営の安定につながります。
参考
税のしるべ 2026年10月26日「令和8年10月・調察部長会議、調査ノウハウを組織全体に還元、特別国税査察官の効果的運用で意見交換」
国税庁「税務行政の将来像」
国税庁「税務に関するコーポレートガバナンスの充実に向けた取組」
国税庁「電子帳簿保存法関係」
国税庁「移転価格税制の概要」