株式会社と合同会社で相続税対策に差が生じる理由 持分払戻しとみなし配当課税の落とし穴

税理士
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中小企業の事業承継では、会社の形態によって相続税対策の選択肢が大きく異なる場合があります。

特に注意したいのが、株式会社と合同会社の違いです。

株式会社では、相続した非上場株式を発行会社に売却する際、一定の要件を満たすことで、みなし配当課税を回避できる特例があります。

一方、合同会社の出資持分については、同じような特例が適用されません。

そのため、相続した持分を会社から払い戻してもらう場合、受け取った金銭の大部分がみなし配当として総合課税の対象になることがあります。

さらに、相続税の取得費加算の特例についても、適用できる範囲に違いがあります。

今回は、租税特別措置法第9条の7と第39条を中心に、株式会社と合同会社の相続税対策の違いを具体例で解説します。

株式会社と合同会社では出資者の権利が異なる

株式会社と合同会社は、いずれも会社法に基づく法人です。

しかし、出資者が持つ権利には違いがあります。

株式会社の出資者は株主です。

株主は株式を保有し、議決権や剰余金配当請求権などを持ちます。

一方、合同会社の出資者は社員と呼ばれます。

ここでいう社員とは、会社に勤務する従業員ではなく、会社に出資して社員権を持つ人のことです。

合同会社では、定款に別段の定めがある場合などを除き、社員が業務執行に関与する仕組みになっています。

また、株式会社の株式と合同会社の持分では、相続や譲渡、退社に関する会社法上の取扱いも異なります。

この違いが、相続した出資持分を現金化する際の税務にも影響します。

株式会社では自己株式取得を利用できる

株式会社の場合、相続人が取得した非上場株式を発行会社自身に売却する方法があります。

いわゆる金庫株を活用した納税資金対策です。

例えば、父親が非上場会社の株式を所有していたとします。

父親が死亡し、長男がその株式を相続しました。

長男には相続税を納付するための現金が不足しています。

そこで、長男が相続した株式の一部を会社に売却し、売却代金を相続税の納税資金に充てます。

通常、発行会社が自己株式を取得すると、会社から株主に交付される金銭の一部がみなし配当になることがあります。

しかし、相続した一定の非上場株式については、租税特別措置法第9条の7の特例が設けられています。

この特例を適用できれば、通常はみなし配当となる部分についても、株式の譲渡所得として取り扱うことができます。

その結果、原則として申告分離課税の対象となり、税負担を軽減できる場合があります。

合同会社の持分には同じ特例がない

一方、合同会社の場合には注意が必要です。

合同会社の社員が退社し、会社から持分の払戻しを受ける場合、税務上は受け取った金銭を区分して考える必要があります。

一定の部分はみなし配当となり、残りの部分は持分の譲渡所得として取り扱われます。

ここで重要なのが、租税特別措置法第9条の7の適用対象です。

この規定は、一定の非上場株式を発行会社に譲渡した場合の特例です。

合同会社の出資持分については、この特例の対象になりません。

したがって、株式会社の自己株式取得と同じように、みなし配当部分をすべて譲渡所得として取り扱うことはできません。

同じように会社から現金を受け取る取引であっても、株式会社と合同会社では課税関係が異なるのです。

合同会社の持分払戻しの具体例

今回の講義資料では、合同会社の持分を相続した事例が紹介されています。

被相続人Aは、合同会社の出資持分を所有していました。

相続人Bは、Aの死亡によってその持分を取得しました。

Aが持分を取得した際の取得費は200万円でした。

また、Bが負担した相続税のうち、この持分に対応する取得費加算可能額は150万円でした。

その後、Bは合同会社を退社し、持分の払戻しを受けました。

会社から受け取った金銭は1,500万円です。

このうち、持分に対応する資本金等の額は500万円でした。

この場合、1,500万円の全額を株式等の譲渡収入として計算できるわけではありません。

みなし配当部分と譲渡所得部分に分けて計算する必要があります。

みなし配当は1,000万円になる

まず、みなし配当部分を計算します。

会社から受け取った金銭は1,500万円です。

その持分に対応する資本金等の額は500万円です。

したがって、差額の1,000万円がみなし配当となります。

この1,000万円は、原則として配当所得として総合課税の対象になります。

総合課税では、給与所得や事業所得など、他の所得と合算して所得税を計算します。

所得税は累進税率であり、課税所得が多い場合には高い税率が適用されます。

所得税の最高税率は45%です。

これに住民税の所得割10%などを考慮すると、限界税率は約55%に達する場合があります。

ただし、実際の税負担は、他の所得、各種所得控除、配当控除の適用可否などによって異なります。

重要なのは、合同会社の持分払戻しでは、みなし配当部分に対して総合課税が適用される可能性があるということです。

相続税の取得費加算はみなし配当に使えない

ここで、相続税の取得費加算の特例が問題になります。

相続人Bは、合同会社の持分を相続した際に相続税を負担しています。

その持分に対応する取得費加算可能額は150万円です。

それでは、この150万円をみなし配当1,000万円から差し引くことができるのでしょうか。

答えは、できません。

租税特別措置法第39条の取得費加算の特例は、一定の譲渡所得の計算に適用される制度です。

みなし配当は配当所得です。

したがって、みなし配当1,000万円について、相続税額150万円を取得費として加算することはできません。

これは、合同会社の持分払戻しで特に注意したい点です。

相続税を負担して取得した持分であっても、その払戻金のすべてについて取得費加算を利用できるわけではありません。

譲渡所得部分には取得費加算を適用できる

次に、譲渡所得部分を計算します。

今回の事例では、払戻金1,500万円のうち、資本金等の額に対応する500万円が譲渡収入として取り扱われます。

取得費は200万円です。

したがって、取得費加算を適用する前の譲渡所得は300万円です。

ここで、相続税の取得費加算可能額150万円を適用します。

すると、課税対象となる譲渡所得は150万円になります。

この譲渡所得については、原則として20.315%の申告分離課税が適用されます。

したがって、税額は約30万4,700円です。

一方、みなし配当1,000万円については、別途、総合課税によって税額を計算することになります。

このように、同じ1,500万円の払戻金であっても、所得区分によって課税方法が異なります。

資本金等の額が200万円だったらどうなるのか

今回の講義資料では、さらに重要な比較が示されています。

先ほどの事例では、資本金等の額が500万円でした。

それでは、資本金等の額が200万円だった場合には、どうなるのでしょうか。

払戻金は同じ1,500万円です。

資本金等の額が200万円であれば、みなし配当は1,300万円になります。

一方、譲渡収入として取り扱われる金額は200万円です。

取得費も200万円ですから、譲渡所得は0円になります。

この場合、相続税の取得費加算可能額が150万円あったとしても、譲渡所得が発生していないため、取得費加算による税負担の軽減効果は生じません。

つまり、相続税を負担して取得した持分であっても、払戻金の大部分がみなし配当になると、取得費加算の特例を十分に活用できないことがあります。

この違いは、持分に対応する資本金等の額によって生じます。

合同会社の持分払戻しを検討する際には、払戻金の総額だけでなく、資本金等の額と取得費の関係を確認する必要があります。

株式会社と合同会社の税負担の違い

ここで、株式会社と合同会社の違いを整理します。

株式会社では、相続した一定の非上場株式を発行会社に売却する場合、租税特別措置法第9条の7を適用できる可能性があります。

この特例を適用すると、みなし配当課税を回避し、受け取った金銭の全額を株式の譲渡収入として取り扱うことができます。

さらに、租税特別措置法第39条の取得費加算特例を適用できる場合には、譲渡所得の課税対象額を減らすことができます。

一方、合同会社では、持分払戻しについて租税特別措置法第9条の7を適用することができません。

そのため、払戻金のうち資本金等の額を超える部分は、原則としてみなし配当になります。

取得費加算を利用できるのは、譲渡所得部分に限られます。

この違いによって、同じ金額の現金を会社から受け取る場合でも、税負担に大きな差が生じる可能性があります。

合同会社では相続人が当然に社員になるとは限らない

合同会社では、税務だけでなく、相続時の社員の地位にも注意が必要です。

会社法第607条では、持分会社の社員が死亡した場合、原則として退社事由に該当すると定めています。

ただし、会社法第608条では、定款で定めることにより、死亡した社員の相続人が持分を承継することが認められています。

つまり、合同会社では、社員が死亡したからといって、相続人が当然に社員としての地位を承継するわけではありません。

定款の内容によって、相続人が社員になる場合と、持分の払戻請求権を取得する場合があります。

この違いは、事業承継の方法に直接影響します。

例えば、父親が合同会社の唯一の社員であった場合です。

父親が死亡した際に、定款に相続人による持分承継の規定がなければ、会社の存続や持分の払戻しについて重大な問題が生じる可能性があります。

合同会社の事業承継では、相続税対策だけでなく、定款の確認が不可欠です。

合同会社の持分評価にも注意が必要

合同会社の持分は、非上場会社の株式と同様に、相続税評価が必要になります。

ただし、株式会社の株式と合同会社の持分では、会社法上の権利内容が異なります。

合同会社では、定款によって利益配分や議決権などを柔軟に定めることができます。

そのため、相続税評価では、持分の内容や会社の財産状況などを確認する必要があります。

また、死亡によって社員が退社する場合には、相続人が取得する財産が出資持分そのものなのか、持分払戻請求権なのかによって、評価や課税関係の検討が異なります。

株式会社と合同会社を単純に同じものとして扱うことはできません。

相続開始前に、定款、出資状況、社員構成、持分の評価方法を確認しておくことが重要です。

合同会社を株式会社に変更する方法はあるのか

合同会社の持分払戻しに税務上の不利がある場合、株式会社への組織変更を検討することがあります。

会社法では、持分会社から株式会社への組織変更が認められています。

組織変更によって会社形態を変更すれば、出資者の権利は株式会社の株式として整理されます。

ただし、組織変更を行えば、過去に相続した持分について当然に租税特別措置法第9条の7の特例が適用されるというわけではありません。

組織変更の時期、相続開始時の財産の種類、取得経緯、税務上の取扱いなどを確認する必要があります。

また、組織変更には会社法上の手続や登記が必要です。

税務上の有利不利だけを理由に安易に組織変更を行うことは避けるべきです。

事業承継の計画段階で、会社形態を含めて検討することが重要になります。

合同会社の事業承継で確認したい実務上のポイント

合同会社の事業承継では、まず定款を確認することが重要です。

社員が死亡した場合、相続人が持分を承継できる規定になっているかを確認します。

次に、社員の出資額と持分に対応する資本金等の額を確認します。

持分払戻しを予定している場合には、払戻金のうち、みなし配当となる部分と譲渡所得となる部分を事前に試算します。

さらに、相続税の取得費加算の特例を適用できるかどうかを確認します。

このとき、取得費加算可能額があっても、譲渡所得が発生しなければ、税負担の軽減効果が生じないことに注意が必要です。

また、会社の資金繰りも確認します。

持分払戻しによって多額の現金が会社から流出すると、事業運営に支障が生じる可能性があります。

特に、社員の死亡による退社と持分払戻しが同時に問題になる場合には、会社の存続や資金調達にも影響することがあります。

税務、法務、財務を一体として検討することが必要です。

結論

株式会社と合同会社では、相続した出資持分を現金化する際の税務上の取扱いが異なります。

株式会社では、一定の要件を満たす非上場株式の自己株式取得について、租税特別措置法第9条の7によるみなし配当課税の特例を適用できる場合があります。

さらに、相続税の取得費加算の特例を併用することで、譲渡所得に対する税負担を軽減できる可能性があります。

一方、合同会社の持分払戻しには、同じみなし配当特例が適用されません。

そのため、払戻金のうち資本金等の額を超える部分は、原則としてみなし配当として総合課税の対象になります。

また、相続税の取得費加算を利用できるのは、譲渡所得部分に限られます。

今回の事例では、1,500万円の払戻金のうち、1,000万円がみなし配当、500万円が譲渡収入となりました。

さらに、資本金等の額が200万円だった場合には、みなし配当が1,300万円となり、譲渡所得が0円になるため、取得費加算による税負担の軽減効果は生じません。

合同会社の事業承継では、税務上の問題に加えて、社員の死亡による退社や持分承継についても確認する必要があります。

会社形態の違いは、設立時の費用や運営の簡便さだけで判断すべきものではありません。

将来の相続、事業承継、納税資金対策まで見据えて検討することが重要です。

特に合同会社では、持分払戻しに伴うみなし配当課税を事前に試算し、相続税の取得費加算の適用範囲を正確に理解しておくことが求められます。

参考

東京地方税理士会 2026年7月28日 講義資料 条文から紐解く民法・相続税法の論点検証 木下勇人氏

所得税法第25条

租税特別措置法第9条の7、第37条の10、第39条

会社法第607条、第608条

東京国税局 文書回答事例 合同会社の社員の退社に伴う持分払戻しに関する取扱い

国税庁 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例

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