長年事業を続けてきた中小企業が、経営者の高齢化や後継者不足などを理由に会社を解散することがあります。
事業を終了する場合には、保有する不動産や設備を売却し、借入金などの債務を整理したうえで、会社を清算する必要があります。
しかし、会社を解散すれば、法人税の問題もすべて終了するわけではありません。
例えば、会社が所有する土地を売却した結果、多額の譲渡益が発生することがあります。
また、社長が会社に貸し付けていた資金について、返済を受けられない部分を放棄すると、会社側に債務免除益が発生します。
会社には長年の赤字が蓄積しているにもかかわらず、清算時に多額の法人税が発生すれば、債権者への返済にも支障が生じかねません。
このような問題に対応するため、法人税法では、一定の要件のもとで「期限切れ欠損金」の損金算入を認めています。
今回は、東京税理士協同組合の研修資料を参考に、会社の解散と清算における期限切れ欠損金の仕組みと、具体的な税務判断を解説します。
会社の解散と清算は異なる手続き
会社の事業を終了する場合、一般的には解散と清算という2つの段階があります。
解散とは、会社が通常の営業活動を終了し、清算手続きに移行することです。
一方、清算とは、会社の資産を換金し、債権を回収し、債務を弁済して、残った財産を株主に分配する手続きです。
会社は、解散した時点で直ちに消滅するわけではありません。
清算が結了するまで、法人として存続します。
そのため、解散後も清算中の事業年度について法人税の申告が必要になります。
例えば、会社が保有する土地を売却した場合には、その譲渡益が法人税の課税対象になります。
また、借入金の返済義務が免除された場合には、原則として債務免除益が発生します。
会社の事業活動を終了する場合でも、税務上の所得計算は必要になるのです。
清算時に債務免除益が発生する理由
中小企業では、経営者が会社に資金を貸し付けていることがあります。
会社の資金繰りが厳しくなった際、社長が個人資金を会社に入れるケースです。
会社の貸借対照表では、社長からの借入金として負債に計上されます。
例えば、社長からの借入金が2,000万円ある場合を考えます。
会社を清算する際、資産を売却しても借入金の全額を返済できないことがあります。
そこで、社長が返済を受けられない1,000万円について債権を放棄したとします。
会社側では、返済義務がなくなった1,000万円について、原則として債務免除益が発生します。
社長が会社のために債権を放棄したとしても、会社側では利益として認識されるのです。
この債務免除益が、清算時の法人税負担につながることがあります。
土地の売却益と債務免除益が同時に発生する事例
研修資料では、社長が100％支配する会社を解散する事例が取り上げられています。
解散直前の貸借対照表は、次のような状況です。
資産の帳簿価額は300万円ですが、時価は1,000万円です。
一方、社長からの借入金は2,000万円、資本金は1,000万円で、利益積立金額はマイナス2,700万円となっています。
社長は、会社への貸付金2,000万円のうち、回収できない1,000万円を放棄する予定です。
この会社が資産を時価1,000万円で売却した場合、帳簿価額との差額700万円が譲渡益になります。
さらに、社長が1,000万円の債権を放棄すると、債務免除益1,000万円が発生します。
したがって、他の損益や税務調整がないとすれば、所得金額は次のようになります。
譲渡益700万円＋債務免除益1,000万円＝1,700万円
会社には過去の赤字が蓄積しているにもかかわらず、清算時に1,700万円の所得が発生することになります。
ここで問題になるのが、過去の欠損金をどこまで利用できるかという点です。
通常の繰越欠損金だけでは対応できない場合
法人税法では、一定の要件を満たす欠損金について、翌事業年度以降への繰越控除が認められています。
しかし、繰越控除には期間制限があります。
そのため、過去に発生した欠損金であっても、繰越控除の対象期間を経過すると、通常の繰越欠損金として利用することはできません。
例えば、長年赤字が続いていた会社が、清算時に不動産を売却して多額の利益を計上した場合を考えます。
通常の繰越欠損金が残っていれば、その範囲で所得を減らすことができます。
一方、通常の繰越控除ができる欠損金が残っていなければ、清算時に発生した所得に課税される可能性があります。
このような場合に問題となるのが、期限切れ欠損金です。
期限切れ欠損金の損金算入制度
2010年度税制改正では、解散した法人の清算所得に関する課税制度が見直されました。
現在は、解散後の清算中の事業年度についても、通常の各事業年度の所得に対する課税の仕組みを基本としています。
その一方で、残余財産がないと見込まれる一定の解散法人については、期限切れ欠損金の損金算入が認められています。
この制度は、法人税法第59条に定められています。
例えば、清算中に1,700万円の所得が発生しても、一定の要件を満たし、損金算入できる期限切れ欠損金が1,700万円以上あれば、所得金額を0円にできる場合があります。
研修資料の事例では、次のように整理されています。
所得金額1,700万円－期限切れ欠損金1,700万円＝0円
ただし、期限切れ欠損金は、会社が解散すれば無条件に利用できるものではありません。
重要なのは、残余財産がないと見込まれるかどうかという要件です。
期限切れ欠損金はどのように計算するのか
期限切れ欠損金という名称から、過去に発生して繰越期間が終了した青色欠損金を、そのまま集計すればよいと考えるかもしれません。
しかし、研修資料では、この理解は正確ではないと説明しています。
期限切れ欠損金の計算では、法人税申告書の別表五（一）における利益積立金額などが重要になります。
例えば、別表五（一）の期首の差引合計額がマイナス1,200万円で、通常の繰越控除ができる青色欠損金が300万円ある場合を考えます。
研修資料の設例では、次のように整理されています。
欠損金額1,200万円－通常の繰越欠損金300万円＝期限切れ欠損金900万円
この計算は、過去に期限切れとなった青色欠損金を、年度ごとに集計する方法ではありません。
税務上の利益積立金額などを基礎として、法令に定められた方法で計算します。
実際の申告では、法人税申告書の別表七（四）などを用いて計算する必要があります。
残余財産がないと見込まれる場合の判断
期限切れ欠損金を利用するためには、残余財産がないと見込まれることが重要な要件になります。
法人税基本通達12－3－8では、解散した法人が事業年度終了時に債務超過の状態にある場合には、残余財産がないと見込まれるときに該当することが示されています。
例えば、清算中の会社の資産が3,000万円、負債が5,000万円であれば、純資産はマイナス2,000万円です。
この場合、債務超過の状態にあります。
ただし、実際の判定では、貸借対照表の内容や資産・負債の状況を確認する必要があります。
重要なのは、会社が解散しているという事実だけではなく、清算中の各事業年度末における財産状態です。
また、期限切れ欠損金の利用を検討する際には、通常の繰越欠損金との関係も確認する必要があります。
土地を売却した結果、資産超過になった場合
研修資料では、清算中の会社が土地を売却した結果、帳簿上は資産超過になった事例が紹介されています。
土地の帳簿価額は500万円、負債は9,000万円です。
この時点では、純資産はマイナス8,500万円です。
ところが、この土地を1億円で売却できました。
その結果、9,500万円の譲渡益が発生します。
土地売却後の貸借対照表では、預金1億円、負債9,000万円となり、純資産は1,000万円になります。
この段階だけを見ると、資産超過の状態です。
そのため、期限切れ欠損金を利用できないのではないかという問題が生じます。
しかし、研修資料では、この後に発生する法人税額を考慮する事例が紹介されています。
法人税を計上すると債務超過になる場合
先ほどの事例では、土地の譲渡益9,500万円に対して、法人税等の負担が生じることになります。
研修資料では、仮に法人税額が3,800万円になる場合を想定しています。
この税額を未納法人税として計上すると、貸借対照表は次のようになります。
預金1億円に対して、負債9,000万円と未納法人税3,800万円が存在します。
その結果、純資産はマイナス2,800万円になります。
つまり、土地を売却した直後には資産超過でも、法人税を考慮すると債務超過になるのです。
研修資料では、このような場合について、期限切れ欠損金の損金算入が認められる取扱いを紹介しています。
法人税の計算によって債務超過となり、期限切れ欠損金の損金算入が認められれば、結果として法人税負担が軽減され、残余財産が生じる可能性があります。
一見すると循環した計算に見えますが、研修資料では、国税庁の質疑応答事例に基づいて、このような取扱いが認められることを説明しています。
純資産が0円の場合にも利用できるのか
もう1つ、研修資料では、清算中の事業年度末において、資産と負債が同額となっている事例が取り上げられています。
例えば、会社の財産をすべて換金した結果、預金が50万円残っているとします。
一方、税理士や司法書士への報酬として、未払金50万円が計上されています。
この場合、資産50万円と負債50万円が同額であり、純資産は0円です。
厳密には債務超過ではありません。
しかし、株主に分配できる残余財産はありません。
研修資料では、このような場合についても、期限切れ欠損金の損金算入が認められる取扱いを紹介しています。
重要なのは、必ずしも純資産がマイナスでなければならないわけではないという点です。
残余財産がないと見込まれるかどうかを、実際の財産状態に基づいて判断する必要があります。
社長からの借入金を放棄する際の注意点
中小企業の清算では、社長からの借入金が残っていることが少なくありません。
会社に返済能力がなければ、社長が債権放棄を検討することになります。
しかし、債権放棄によって会社側に債務免除益が発生するため、税務上の影響を事前に確認する必要があります。
特に、債権放棄を行う時期が重要です。
解散前に債権放棄を行う場合と、解散後の清算中に行う場合では、期限切れ欠損金の損金算入制度との関係が異なります。
また、社長個人の側でも、債権放棄による損失を所得税の必要経費や損失として取り扱えるかどうかは、別途判断が必要です。
会社側の法人税と社長個人の所得税は、分けて検討する必要があります。
そのため、会社を清算する際には、資産の売却、債務の弁済、債権放棄の時期を含めて、全体の計画を立てることが重要です。
会社の清算前に確認すべき実務上のポイント
会社の解散と清算では、通常の決算とは異なる税務上の問題が生じます。
まず、保有資産の帳簿価額と時価を確認する必要があります。
不動産や有価証券などに含み益がある場合には、売却によって多額の所得が発生する可能性があります。
次に、社長からの借入金や金融機関からの借入金など、債務の内容を整理します。
債権放棄が予定されている場合には、債務免除益の発生額を試算する必要があります。
さらに、通常の繰越欠損金と期限切れ欠損金を確認します。
特に、法人税申告書の別表五（一）や別表七（一）、別表七（四）などの内容が重要になります。
また、清算中の各事業年度末における財産状態を確認し、残余財産がないと見込まれるかどうかを判定する必要があります。
これらの確認を行わずに解散や債権放棄を進めると、予期しない法人税負担が生じる可能性があります。
結論
会社を解散した場合でも、清算中に資産を売却したり、債務免除を受けたりすると、法人税の課税所得が発生することがあります。
特に、長年赤字が続いていた会社では、通常の繰越欠損金だけでは所得を控除できない場合があります。
このような問題に対応するため、法人税法では、残余財産がないと見込まれる一定の解散法人について、期限切れ欠損金の損金算入を認めています。
期限切れ欠損金は、過去に期限切れとなった青色欠損金を単純に集計するものではなく、税務上の利益積立金額などを基礎として計算します。
また、残余財産がないと見込まれるかどうかの判断では、清算中の事業年度末の財産状態が重要になります。
土地を売却して一時的に資産超過となっても、法人税を考慮すると債務超過になる場合や、資産と負債が同額で残余財産が0円となる場合にも、期限切れ欠損金の利用が認められることがあります。
会社の清算は、単に事業を終了する手続きではありません。
資産の換金、債務の整理、欠損金の利用、税務申告を一体として検討する必要があります。
特に、社長からの借入金が多額に残っている中小企業では、債権放棄の時期と税務上の影響を事前に確認することが重要です。
会社の最後の決算だからこそ、慎重な税務判断が求められます。
参考
東京税理士協同組合教育情報事業配布資料「事例から学ぶ消費税・法人税実務－税務判断の『なぜ』を読み解く－」税理士 白井一馬、2026年10月1日
法人税法第59条
法人税基本通達12－3－8「残余財産がないと見込まれることの意義」
国税庁「解散法人の残余財産がないと見込まれる場合の損金算入制度における『残余財産がないと見込まれるとき』の判定について」
国税庁「解散法人の残余財産が零となる事業年度の『残余財産がないと見込まれるとき』の判定について」