国税庁が税務調査と査察の高度化に向けて、新たな取組を進めています。
2026年10月6日と7日に開催された全国国税局調査査察部長会議では、税務調査の重点分野、調査ノウハウの組織全体への共有、国際課税への対応、査察事務のデジタル化などが議論されました。
今回の会議で注目されるのは、税務調査の効率化だけでなく、国税組織全体の調査能力を高めようとしている点です。
大規模法人の調査で蓄積された知識や経験を他部署にも還元し、税務リスクに応じた調査を推進する方向性が示されています。
こうした動きは、大企業だけでなく、中小企業や個人事業主にも関係する可能性があります。
税務行政がどのように変化し、企業は何に備えるべきなのかを整理します。
全国調査査察部長会議の役割
全国国税局調査査察部長会議は、国税庁と各国税局の幹部が、税務調査や査察の運営方針について情報共有や意見交換を行う会議です。
税務調査を担当する調査部門と、悪質な脱税事案を取り扱う査察部門では、業務の目的や法的手続が異なります。
調査部門は、納税者の申告内容が税法に従っているかを確認し、必要に応じて申告内容の是正につなげる役割を担います。
一方、査察部門は、特に悪質な脱税事案について犯則調査を実施し、刑事責任の追及を視野に入れた証拠収集などを行います。
今回の会議では、両部門について、2025事務年度の取組状況を振り返るとともに、2026事務年度の運営方針や課題が議論されました。
重要なのは、会議で議論された内容が直ちに新しい法的義務となるわけではないことです。
ただし、国税庁が今後どの分野に重点を置き、どのような組織運営を目指しているかを把握するうえで、重要な手掛かりとなります。
税務調査の基本となるリスク・ベース・アプローチ
今回の会議では、リスク・ベース・アプローチに基づく調査事務運営が重要なテーマとなりました。
リスク・ベース・アプローチとは、税務上のリスクを分析し、問題が発生する可能性や影響の大きさに応じて、調査資源を重点的に配分する考え方です。
国税当局の人員や時間には限りがあります。
すべての納税者を同じ頻度、同じ深さで調査することは現実的ではありません。
そこで、申告内容、取引実態、過去の調査結果、業種特性などを踏まえ、税務上の問題が生じる可能性の高い分野に重点を置くことになります。
もっとも、具体的な調査対象の選定方法や判断基準がすべて公表されているわけではありません。
企業としては、申告内容に誤りがないことだけでなく、取引の合理性や税務処理の根拠を説明できる状態にしておくことが重要です。
国税庁が重点的に対応する4つの分野
今回の会議では、調査課の重点分野として、租税回避行為、海外への所得移転、不正計算、消費税が取り上げられました。
租税回避行為では、形式上は税法の規定に沿っていても、取引の経済的実態や税負担軽減の仕組みが問題となる場合があります。
海外への所得移転では、国外関連者との取引価格や利益配分などが重要になります。
不正計算では、架空経費の計上、売上除外、取引の仮装など、申告内容を意図的にゆがめる行為が問題となります。
消費税では、課税区分、仕入税額控除、輸出免税、インボイスの保存要件など、取引内容に応じた適切な処理が求められます。
これら4分野に共通するのは、申告書の数字だけでは適否を判断できない場合があることです。
契約内容、資金の流れ、取引の実態、社内の意思決定過程などを総合的に確認する必要があります。
企業にとっては、会計処理の結果だけでなく、その処理に至った根拠を保存することが重要になります。
調査ノウハウを組織全体に還元する方針
今回の会議で特に注目されるのが、「組織内波及指標」の充実です。
国税局の調査課は、資本金1億円以上の法人や外国法人などを所管し、複雑な取引や高度な税務判断を必要とする事案に対応しています。
その過程では、国際取引、企業再編、特殊な金融取引、税務ガバナンスなどに関する知見が蓄積されます。
しかし、こうしたノウハウが特定の担当者や部署にとどまっていては、国税組織全体の調査能力向上には十分につながりません。
そこで国税庁は、調査課で得られた知識や経験を他部署と共有し、組織全体に還元する取組を重視しています。
組織内波及指標の充実は、こうした情報共有の実効性を高めるための取組と考えられます。
企業側から見ると、大規模法人の調査で得られた着眼点が、他の法人に対する調査にも活用される可能性があります。
例えば、大企業で確認された特定の取引に関する税務上の問題が、同様の取引を行う中小企業の調査でも参考にされることが考えられます。
ただし、ノウハウの共有が直ちに中小企業への調査件数増加を意味するわけではありません。
重要なのは、調査担当部署による知識や経験の違いが小さくなり、組織的な調査対応が進む可能性があることです。
税務に関するコーポレートガバナンスの重要性
会議では、税務に関するコーポレートガバナンスの取組についても意見交換が行われました。
税務ガバナンスとは、企業が適正な申告・納税を継続するための組織的な管理体制です。
税務上の問題は、経理部門だけで発生するものではありません。
営業部門が締結する契約、購買部門の取引先管理、人事部門の給与・福利厚生、海外事業部門の関連者間取引など、企業活動のさまざまな場面で税務リスクが発生します。
経理部門が取引の内容を十分に把握できないまま会計処理を行えば、結果として申告誤りにつながる可能性があります。
そのため、重要な取引については、実行前に税務上の問題を確認できる仕組みが必要です。
経営者が税務コンプライアンスを重視し、部門間の情報共有を促進することも重要になります。
税務ガバナンスは大企業だけの課題ではありません。
中小企業でも、契約書の保存、経費精算ルールの明確化、重要取引の事前確認などから整備を進めることができます。
大規模法人を所管する調査課のあり方
今回の会議では、調査課が所管すべき法人のあり方についても議論されました。
調査課は、資本金1億円以上の法人や外国法人などを所管し、複雑困難な事案や波及効果の大きい調査を担当しています。
しかし、企業の税務リスクは資本金の規模だけで決まるものではありません。
資本金が比較的小さくても、海外子会社を多数保有する企業や、複雑な金融取引を行う企業では、高度な税務判断が必要になる場合があります。
一方、資本金が大きくても、取引内容が比較的単純な企業も存在します。
今回の会議では、調査課の役割を踏まえ、今後どのような法人を所管することが適切なのかについて意見交換が行われました。
現時点で、今回の会議によって所管基準の変更が決定されたわけではありません。
ただし、企業規模だけでなく、取引の複雑性や税務リスクを踏まえた調査体制のあり方が課題となっている点は注目されます。
国際最低課税と移転価格税制への対応
国際課税については、グローバル・ミニマム課税の初回申告への対応状況や、移転価格課税の今後のあり方が議論されました。
グローバル・ミニマム課税は、一定規模以上の多国籍企業グループを対象として、国・地域ごとの実効税率が最低15％となるよう課税する国際的な仕組みです。
対象企業では、海外子会社を含むグループ全体の税務情報を把握し、必要なデータを収集することが求められます。
また、移転価格税制では、国外関連者との取引価格が独立企業間価格に照らして適切であるかが重要になります。
海外子会社との商品取引、役務提供、資金貸借、無形資産の使用などについて、合理的な価格設定と説明資料の整備が必要です。
国際課税の高度化は、税務部門だけでなく、連結決算、海外事業管理、情報システムなどの部門にも影響します。
企業グループ全体で税務情報を適切に管理する体制が、これまで以上に重要になります。
査察事務のデジタル化と特別国税査察官
査察課関係では、デジタル化、国際化、特別国税査察官の効果的な運用が議論されました。
特に、2027年10月1日から施行される犯則調査手続のデジタル化への対応が重要な課題となっています。
企業の取引記録や会計情報は、紙の帳簿から電子データへ移行しています。
電子契約、クラウド会計、電子メールなど、税務上の事実関係を確認するための情報も多様化しています。
こうした変化に対応するため、査察部門でもデジタル技術を活用した事務運営が求められています。
また、特別国税査察官については、各国税局の実情に応じた効果的な運用が検討されました。
特別国税査察官は、重要な査察事案に関する情報収集や、税務署との連携、調査ノウハウの共有などを担っています。
デジタル化や国際化が進む中で、査察に必要な情報をどのように収集・分析し、組織内で活用するかが重要になります。
なお、通常の税務調査と査察の犯則調査は、目的や法的手続が異なります。両者を混同せずに理解する必要があります。
企業が今から取り組むべき税務リスク管理
今回の会議で示された方向性を踏まえると、企業には日常的な税務リスク管理の充実が求められます。
第一に、税務上重要な取引を早期に把握することです。
新規事業、海外取引、組織再編、特殊な契約などについては、取引実行前に税務上の影響を確認することが望まれます。
第二に、税務判断の根拠を文書化することです。
契約書、請求書、取引記録、社内決裁資料などを適切に保存し、会計処理や申告内容を説明できるようにしておく必要があります。
第三に、経理部門と他部署との連携を強化することです。
税務上の問題を経理部門だけで解決しようとするのではなく、営業、人事、法務、情報システムなどと情報を共有する仕組みが重要です。
第四に、過去の税務調査で指摘された事項を組織全体で共有することです。
指摘事項を担当者個人の経験として終わらせず、業務手順や内部管理体制の改善につなげる必要があります。
国税庁が調査ノウハウの組織内共有を進めるのであれば、企業側も税務上の知識や経験を組織として蓄積することが重要です。
結論
2026年10月の全国国税局調査査察部長会議では、税務調査と査察の高度化に向けた幅広い課題が議論されました。
その中心にあるのは、リスク・ベース・アプローチによる重点的な調査、調査ノウハウの組織全体への還元、国際課税への対応、査察事務のデジタル化です。
これらの取組は、国税行政が個々の担当者の経験だけに依存するのではなく、情報や知識を組織的に活用する方向へ進んでいることを示しています。
企業にとって重要なのは、税務調査への対応を一時的な業務として捉えないことです。
適正な申告・納税を継続するためには、日常業務の中で税務リスクを把握し、判断根拠を保存し、組織として対応する体制が欠かせません。
今後、税務行政のデジタル化と情報共有が進むほど、企業側にも説明可能性の高い税務管理が求められると考えられます。
税務調査への最も基本的な備えは、調査の直前に資料を整えることではなく、日常から適正な会計処理と税務判断を積み重ねることです。
参考
税のしるべ 2026年10月26日「令和8年10月・調察部長会議、調査ノウハウを組織全体に還元、特別国税査察官の効果的運用で意見交換」
週刊T＆A master 2026年10月26日号「調査査察部長会議、調査で収集した情報を組織内で共有・還元」
財務省「ファイナンス」2026年10月号「1件当たりの脱税額は1億円超へ 『脱税は犯罪』マルサが暴く悪質手口と犯罪の代償」