企業の経理・人事部門が毎年行っている給与関連の税務手続に、大きな変化が訪れようとしています。
2026年11月9日付の「税のしるべ」では、国税庁の藤﨑雄二郎審議官（酒税等担当）が、税務行政DXの重要な取組として、2027年1月から開始される「源泉徴収票のみなし提出の特例」を取り上げています。
この制度は、企業が給与支払報告書をeLTAXで市区町村に提出した場合、一定の要件のもとで、税務署への給与所得の源泉徴収票の提出を省略できる仕組みです。
これまで企業は、給与支払報告書を市区町村に提出するとともに、一定の提出対象となる源泉徴収票を税務署にも提出してきました。
新制度によって、こうした重複する提出事務の削減が期待されます。
さらに、eLTAXで提出された給与支払報告書の情報を、従業員がマイナポータル連携によって確定申告書に自動入力できる仕組みも整備されます。
この改正は、単なる提出書類の削減ではありません。
国税と地方税の情報連携を進め、企業と従業員の双方の税務手続を効率化する改革です。
制度の基本的な仕組みと、企業の経理・人事部門が確認しておきたい実務上のポイントを整理します。
従来の給与支払報告書と源泉徴収票の提出
企業が従業員に給与を支払った場合、年末調整後に複数の給与関連書類を作成する必要があります。
代表的なものが、給与所得の源泉徴収票と給与支払報告書です。
給与所得の源泉徴収票は、給与収入、給与所得控除後の金額、所得控除額、源泉徴収税額などを記載する書類です。
企業は従業員本人に源泉徴収票を交付するとともに、一定の提出要件に該当するものについて税務署へ提出します。
一方、給与支払報告書は、市区町村が個人住民税を計算するために利用する書類です。
原則として、給与を支払った企業は、従業員の住所地の市区町村に給与支払報告書を提出します。
両者は提出先や目的が異なりますが、記載する給与情報には共通する部分が多くあります。
そのため、企業では同じ給与情報を利用しながら、国税と地方税それぞれの提出事務を行ってきました。
給与計算システムによって書類を一括作成できる場合でも、提出先や提出方法が異なることによる事務負担が残っていました。
源泉徴収票のみなし提出制度の仕組み
2027年1月から開始される源泉徴収票のみなし提出の特例は、こうした重複事務を軽減するための制度です。
企業が給与支払報告書をeLTAXで市区町村に提出した場合、所定の要件を満たす給与所得の源泉徴収票について、税務署に提出したものとみなす仕組みです。
eLTAXは、地方税に関する申告や申請、納税などをインターネットで行うための地方税ポータルシステムです。
企業は、複数の市区町村に提出する給与支払報告書を、eLTAXを利用して一括送信できます。
新制度では、この電子的な提出情報を国税の手続にも活用することで、企業の事務負担を軽減します。
重要なのは、給与支払報告書を提出すれば、すべての源泉徴収票の提出義務が無条件になくなるわけではないという点です。
特例の適用には、eLTAXによる提出などの要件があります。
また、制度の対象となるのは給与所得の源泉徴収票であり、報酬・料金等の支払調書など、他の法定調書まで一律に提出不要となるものではありません。
企業は、制度の対象範囲と適用要件を確認したうえで、提出事務を整理する必要があります。
企業の事務負担軽減につながる効果
新制度の大きなメリットは、給与関連の提出事務を効率化できることです。
従来は、給与計算システムで年末調整を行った後、税務署向けの源泉徴収票と、市区町村向けの給与支払報告書を作成・提出していました。
提出先が異なるため、電子申告データの作成や送信結果の確認などについて、それぞれ対応が必要でした。
新制度によって、要件を満たす場合には、eLTAXへの給与支払報告書の提出を中心に事務を整理できるようになります。
特に、従業員数が多い企業や、複数の市区町村に給与支払報告書を提出する企業では、効率化の効果が期待されます。
ただし、提出事務の削減と、年末調整業務そのものの省略は異なります。
企業は引き続き、扶養控除等申告書などの確認、所得税額の計算、年末調整、源泉徴収票の作成・本人交付などを適切に行う必要があります。
新制度は、給与計算や年末調整の義務をなくすものではなく、提出段階の重複を減らす仕組みです。
従業員の確定申告にもメリット
源泉徴収票のみなし提出制度は、企業だけでなく、給与所得者にもメリットがあります。
国税庁は、eLTAXを通じて提出された給与支払報告書の情報を、マイナポータル連携によって確定申告書に自動入力できる仕組みを整備しています。
これまで給与所得者が確定申告を行う場合、源泉徴収票を確認し、給与収入や源泉徴収税額などを入力する必要がありました。
今後、必要な情報を取得できれば、こうした入力作業を減らすことができます。
例えば、医療費控除を受けるために確定申告を行う給与所得者にとって、給与情報の自動入力は利便性の向上につながります。
ふるさと納税の寄附金控除や住宅ローン控除などを申告する場合にも、給与情報を自動取得できれば申告書作成の負担を軽減できます。
ただし、勤務先による給与支払報告書の提出状況や、マイナポータル連携の利用条件などによって、取得できる情報は異なります。
また、給与情報が自動入力された場合でも、申告内容が正しいかを確認する必要があります。
年末調整業務との関係
今回の制度改正を理解するうえで、年末調整と法定調書提出の違いを整理しておくことが重要です。
年末調整は、給与の支払者が、従業員の年間の所得税額を精算する手続です。
一方、源泉徴収票や給与支払報告書の提出は、年末調整などの結果を税務署や市区町村に報告する手続です。
源泉徴収票のみなし提出制度によって変わるのは、主として後者の提出事務です。
したがって、企業は引き続き、従業員から必要な申告書や控除証明書を収集し、年末調整を適切に行う必要があります。
また、年末調整の対象とならない従業員についても、源泉徴収票の作成や給与支払報告書の提出が必要となる場合があります。
企業の経理・人事担当者は、年末調整の計算事務と、その後の提出事務を区分して制度改正に対応することが重要です。
給与計算システムとeLTAXの対応確認
新制度への対応では、給与計算システムや年末調整システムの確認が必要になります。
特に、給与支払報告書をeLTAXで提出できる環境が整っているかが重要です。
現在、給与支払報告書を紙で提出している企業では、電子提出への移行を検討する必要があります。
すでにeLTAXを利用している企業でも、システムの更新状況や新制度への対応を確認しておくことが望まれます。
また、給与支払報告書の提出先となる市区町村、従業員の住所情報、個人番号などの管理も重要です。
提出データに誤りがあれば、住民税の計算や従業員の確定申告に影響する可能性があります。
デジタル化によって提出事務が効率化される一方、元となる給与データの正確性は、これまで以上に重要になります。
国税と地方税の情報連携が進む意味
今回の制度改正には、国税と地方税の情報連携を進めるという重要な意味があります。
従来、企業は同じ給与情報を国税と地方税の双方に提出してきました。
行政機関が保有する情報を適切に連携できれば、納税者や企業が同じ情報を繰り返し提出する負担を減らすことができます。
こうした考え方は、行政手続全体のデジタル化にも共通するものです。
一度提出された情報を、法令に基づいて必要な行政手続に活用することで、社会全体の事務負担を軽減できます。
一方で、給与情報には所得金額や住所、個人番号などの重要な個人情報が含まれます。
情報連携を進める際には、適切なアクセス管理や情報セキュリティ対策が欠かせません。
利便性の向上と個人情報の保護を両立させることが、制度への信頼を高める条件になります。
経理・人事部門が準備しておきたい事項
企業が新制度に対応するためには、単に提出方法を変更するだけでなく、給与関連業務全体を確認することが重要です。
まず、現在の給与支払報告書と源泉徴収票の提出方法を整理する必要があります。
次に、給与計算システムがeLTAXへの電子提出に対応しているかを確認します。
また、従業員の住所情報や給与情報など、提出データの正確性を確保する体制も必要です。
さらに、源泉徴収票の本人交付、給与支払報告書の提出、その他の法定調書の提出について、それぞれの義務を区分して管理することが求められます。
特に、制度改正の初年度には、従来の提出方法との違いによる誤解や提出漏れが生じないよう注意する必要があります。
新制度を単なる法令改正への対応として捉えるのではなく、給与関連業務の効率化を進める機会として活用することが重要です。
結論
2027年1月から始まる源泉徴収票のみなし提出制度は、企業の給与関連業務を効率化する重要な制度改正です。
給与支払報告書をeLTAXで提出した場合、一定の要件のもとで税務署への給与所得の源泉徴収票の提出を省略できるようになります。
これにより、国税と地方税に重複して提出していた給与情報の提出事務を整理できることが期待されます。
また、給与支払報告書の情報をマイナポータル連携によって確定申告書へ自動入力できる仕組みは、給与所得者の利便性向上にもつながります。
一方で、年末調整の計算や源泉徴収票の本人交付など、企業が引き続き行うべき業務もあります。
制度の対象範囲と適用要件を正しく理解し、給与計算システムや提出体制を確認することが重要です。
今回の改正は、国税と地方税の情報連携を進め、企業と納税者の双方の負担を減らす改革といえます。
今後の企業経理では、制度改正に対応するだけでなく、給与情報を正確に管理し、デジタルデータを活用して業務全体を効率化する視点が、ますます重要になると考えられます。
参考
税のしるべ 2026年11月9日「令和8年国税庁の幹部に聞く／審議官（酒税等担当）・藤﨑雄二郎」
国税庁「税務行政のデジタル・トランスフォーメーション」
国税庁「給与所得の源泉徴収票等の法定調書の提出について」
地方税共同機構「eLTAX（地方税ポータルシステム）」