所得税の確定申告が、大きく変わろうとしています。
2026年11月9日付の「税のしるべ」では、国税庁の藤﨑雄二郎審議官（酒税等担当）が、税務行政DXの重要な取組として、マイナポータル連携の利用拡大を挙げています。
マイナポータル連携とは、確定申告や年末調整に必要な情報を自動的に取得し、申告書などの該当項目に反映する仕組みです。
従来の確定申告では、納税者が源泉徴収票や控除証明書などを集め、記載された金額を確認し、申告書に入力する必要がありました。
しかし、マイナポータル連携が普及すれば、こうした作業の一部が自動化されます。
今後の確定申告では、納税者自身が数字を入力する作業よりも、自動取得された情報が正しいかを確認する作業の重要性が高まると考えられます。
税理士・FPの視点から、マイナポータル連携の仕組み、対象情報の拡充、納税者のメリット、利用上の注意点を整理します。
マイナポータル連携の基本的な仕組み
マイナポータル連携は、マイナンバーカードを利用して、確定申告や年末調整に必要な情報を取得する仕組みです。
国税庁の確定申告書等作成コーナーなどとマイナポータルを連携させることで、対応する証明書や支払情報を取得し、申告書の該当項目に自動入力できます。
例えば、生命保険料控除を受ける場合、従来は保険会社から送付された控除証明書を確認し、保険料の金額を申告書に入力していました。
マイナポータル連携に対応している保険会社であれば、必要な設定を行うことで控除証明書の情報を取得できます。
また、医療費控除についても、医療費通知情報を取得することで、申告書作成の負担を軽減できます。
ただし、マイナンバーカードを持っているだけで、すべての情報が自動的に取得されるわけではありません。
情報提供元が連携に対応していることや、必要な事前設定を行うことなどが条件になります。
マイナポータル連携は、申告書作成を支援する仕組みであり、納税者による内容確認まで不要にする制度ではありません。
給与情報の自動入力がもたらす変化
給与所得者にとって重要なのが、給与情報の自動入力です。
給与所得者の多くは勤務先で年末調整を受けるため、通常は確定申告をする必要がありません。
しかし、医療費控除や寄附金控除を受ける場合、複数の勤務先から給与を受け取っている場合などには、確定申告が必要になることがあります。
従来は、勤務先から交付された源泉徴収票を確認し、給与収入や源泉徴収税額などを申告書に入力する必要がありました。
給与情報がマイナポータル連携によって取得できれば、こうした入力作業を減らすことができます。
特に注目されるのが、2027年1月から始まる「源泉徴収票のみなし提出の特例」です。
所定の要件を満たして給与支払報告書をeLTAXで市区町村に提出した場合、税務署への給与所得の源泉徴収票の提出を省略できる仕組みが導入されます。
さらに、提出された給与支払報告書の情報を、マイナポータル連携によって確定申告書に自動入力することが可能になります。
国税と地方税の情報連携が進むことで、企業と給与所得者の双方にメリットが生まれることが期待されます。
ただし、給与情報の取得には、勤務先の提出状況や制度上の要件などが関係します。
自動入力されない場合に備え、源泉徴収票の内容を確認できるようにしておくことも重要です。
医療費控除の申告が簡単になる
マイナポータル連携のメリットが大きい分野の一つが、医療費控除です。
医療費控除を受けるためには、原則として、その年に支払った対象となる医療費を集計し、医療費控除の明細書を作成する必要があります。
家族の医療費をまとめて申告する場合には、医療機関や薬局ごとの支払額を確認する作業が負担となります。
マイナポータル連携を利用すれば、取得できる医療費通知情報を申告書作成に活用できます。
ただし、医療費通知情報には、すべての医療費が含まれているわけではありません。
例えば、保険診療の対象外となる医療費や、情報の反映時期によって取得できない医療費などがあります。
また、医療費控除では、生命保険契約などから受け取った入院給付金や、高額療養費などによって補填される金額を差し引く必要があります。
自動取得された医療費情報だけで、控除額が必ず正しく計算されるわけではありません。
納税者は、取得した情報と実際の支払内容を照合し、不足している医療費や補填金額を確認する必要があります。
デジタル化によって集計作業は効率化されますが、医療費控除の適用要件そのものが変わるわけではないことに注意が必要です。
ふるさと納税と寄附金控除の自動入力
ふるさと納税も、マイナポータル連携による利便性向上が期待される分野です。
ふるさと納税を行った人が確定申告をする場合、寄附金の金額や寄附先などの情報を申告書に反映する必要があります。
マイナポータル連携に対応した寄附金控除に関する証明書などを取得できれば、こうした情報を自動入力できます。
複数の自治体に寄附している場合には、入力作業の削減につながります。
また、国税庁は、ふるさと納税以外の一部の寄附金控除に関する情報についても、マイナポータル連携の対象を拡充しています。
一方で、ふるさと納税には注意点があります。
ワンストップ特例制度を利用していた場合でも、医療費控除などのために確定申告を行うと、ワンストップ特例の適用は受けられなくなります。
そのため、確定申告ではワンストップ特例を申請した寄附分も含めて、寄附金控除を申告する必要があります。
自動入力が進んでも、こうした制度上の取扱いを理解することが重要です。
特に、医療費控除とふるさと納税を併用する人は、申告漏れがないよう確認する必要があります。
保険関係の情報連携も拡充
マイナポータル連携では、保険に関する情報の取得対象も広がっています。
従来から、生命保険料控除証明書や地震保険料控除証明書などの電子データを利用する仕組みが整備されてきました。
さらに、生命保険・損害保険の一時金や年金等に関する支払調書情報も、連携対象となっています。
これは、保険料控除だけでなく、保険契約から生じる所得に関する情報の取得にもデジタル化が広がっていることを意味します。
例えば、生命保険の満期保険金を受け取った場合には、契約内容や保険料負担者、受取人などによって、所得税、贈与税、相続税のいずれが関係するかが異なります。
所得税の対象となる場合でも、一時所得や雑所得など、受取方法によって所得区分が異なることがあります。
支払調書情報を取得できるようになっても、税法上の所得区分や課税関係まで自動的に確定するわけではありません。
特に保険契約では、契約者、保険料負担者、被保険者、保険金受取人の関係を確認することが重要です。
FPの視点からも、保険金や年金の受取時には、デジタルデータだけに依存せず、契約内容と税務上の取扱いを確認する必要があります。
年末調整のデジタル化にもつながる
マイナポータル連携は、確定申告だけでなく、企業の年末調整にも関係します。
従来の年末調整では、従業員が生命保険料控除証明書などを勤務先へ提出し、経理・人事担当者が内容を確認していました。
年末調整の電子化が進めば、従業員が電子データを取得し、年末調整システムに取り込むことができます。
企業にとっては、証明書の確認、入力内容の照合、書類の保管などの業務負担を軽減できる可能性があります。
一方で、電子化を進めるためには、勤務先のシステムが対応していることや、従業員への操作案内などが必要です。
特に、従業員数の多い企業では、電子データを利用する人と紙の証明書を提出する人が混在することも考えられます。
そのため、電子化の効果を高めるには、単にシステムを導入するだけでなく、従業員への周知や業務手順の標準化が重要になります。
年末調整のデジタル化は、企業の給与計算業務全体を見直す契機にもなります。
自動入力が進んでも申告責任は変わらない
マイナポータル連携が普及するほど、注意したいのが申告内容の確認です。
確定申告は、納税者が自ら所得金額や税額を計算し、申告することを基本としています。
自動取得された情報に誤りや不足があった場合でも、申告内容の確認は必要です。
例えば、給与情報が一部しか取得できなかった場合や、医療費通知情報に含まれない医療費がある場合には、追加の入力や修正が必要になります。
また、保険金の受取額が表示されていても、その金額がそのまま課税所得になるとは限りません。
税務上の判断には、収入の性質、必要経費、所得控除、税額控除などの確認が必要です。
今後は、申告書を作成する能力だけでなく、自動入力された情報を検証する能力が重要になると考えられます。
税理士にとっても、入力作業の代行から、申告内容の検証や個別の税務判断へと業務の重点が移っていく可能性があります。
高齢者とデジタル機器に不慣れな人への支援
マイナポータル連携の普及では、デジタル機器に不慣れな人への対応も重要です。
特に高齢者の中には、スマートフォンの操作やマイナンバーカードの読み取り、各種連携設定に負担を感じる人もいます。
年金所得者であっても、医療費控除や寄附金控除などのために確定申告を行う場合があります。
こうした人が制度のメリットを受けるためには、分かりやすい操作案内や相談体制の整備が欠かせません。
また、家族が申告を支援する場合には、本人確認や個人情報の管理にも注意する必要があります。
マイナンバーカードの暗証番号や認証情報を安易に共有することは避けるべきです。
税務行政DXの目的は、すべての納税者に同じ操作方法を求めることではありません。
デジタル化によって利便性を高めながら、利用が難しい人にも適切な支援を提供することが重要です。
結論
マイナポータル連携の拡充は、所得税の確定申告と企業の年末調整を大きく変える可能性があります。
給与情報、医療費通知情報、寄附金情報、保険関係の情報などを自動取得することで、納税者の入力作業や転記ミスを減らすことが期待されます。
2027年1月から始まる源泉徴収票のみなし提出制度も、国税と地方税の情報連携を進める重要な取組です。
一方で、自動入力が進んでも、すべての情報が取得できるわけではありません。
所得区分の判定や控除の適用要件など、税法上の判断が必要な事項も残ります。
今後の確定申告では、情報を入力する作業から、取得された情報を確認し、正しい申告内容に整える作業へと重点が移っていくと考えられます。
納税者にとっては、便利な仕組みを活用しながら、必要な情報が正しく反映されているかを確認することが重要です。
企業にとっては、年末調整や給与関連業務の電子化を進める機会となります。
税理士には、自動化された情報の検証と、個別事情に応じた専門的な税務判断が、これまで以上に求められることになります。
マイナポータル連携は、確定申告を単に簡単にするだけでなく、税務手続の在り方そのものを変える取組といえます。
参考
税のしるべ 2026年11月9日「令和8年国税庁の幹部に聞く／審議官（酒税等担当）・藤﨑雄二郎」
国税庁「マイナポータル連携特設ページ」
国税庁「確定申告書等作成コーナー」
国税庁「年末調整手続の電子化に向けた取組について」