2023年10月に始まったインボイス制度は、2026年10月で導入から3年を迎えました。
制度導入時には、小規模事業者の負担を軽減するため、2割特例や免税事業者からの仕入れに係る8割控除などの経過措置が設けられました。
しかし、これらの措置は恒久的な制度ではありません。
2026年度税制改正では、2割特例の終了後に個人事業者を対象とする3割特例が創設され、免税事業者からの仕入れに係る経過措置も見直されました。
今回の改正は、単に消費税の負担割合が変わるだけではありません。個人事業者と法人で取扱いが異なるほか、簡易課税制度への移行時期や届出期限にも影響します。
中小企業経営者や個人事業者にとって、今後の納税額と資金繰りを考えるうえで重要な改正です。
2割特例が設けられた理由
インボイス制度の導入前、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者は、原則として消費税の納税義務が免除されていました。
ところが、インボイス制度が始まると、取引先からインボイスの発行を求められるようになりました。
インボイスを発行するためには、適格請求書発行事業者として登録する必要があります。
免税事業者が登録すると、原則として消費税の課税事業者になります。
それまで消費税を納めていなかった事業者に、新たな納税負担と申告事務が生じることになりました。
こうした負担を軽減するために設けられたのが2割特例です。
2割特例では、一定の要件を満たす事業者について、売上げに係る消費税額の20％を納付税額とすることができます。
例えば、売上げに係る消費税額が100万円の場合、納付税額は20万円です。
実際の仕入れや経費に係る消費税額を個別に集計しなくても計算できるため、納税負担だけでなく事務負担も軽減されます。
ただし、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えるなど、インボイス登録とは別の理由で課税事業者となる場合には、原則として適用できません。
個人事業者に創設された3割特例
2026年度税制改正では、従来の2割特例を終了したうえで、個人事業者について新たに3割特例を設けました。
3割特例の対象となるのは、2027年分と2028年分の消費税申告です。
一定の要件を満たす個人事業者は、売上げに係る消費税額の30％を納付税額とすることができます。
例えば、売上げに係る消費税額が100万円の場合を考えます。
従来の2割特例では納付税額は20万円でしたが、3割特例では30万円になります。
同じ売上税額であれば、納付税額は10万円増加します。
負担軽減措置が継続されるとはいえ、納税額は従来より増えることになります。
ここで注意したいのは、3割特例がすべての個人事業者に適用されるわけではないことです。
インボイス登録によって免税事業者から課税事業者になったことなど、一定の要件を満たす必要があります。
また、3割特例は2028年分までの時限措置です。
2029年分以降は、原則として一般課税または簡易課税による申告を検討する必要があります。
法人には3割特例が適用されない
今回の改正で特に重要なのが、個人事業者と法人の取扱いの違いです。
3割特例は個人事業者を対象とする制度であり、法人には適用されません。
法人については、2026年9月30日を含む課税期間をもって2割特例が終了します。
例えば、12月決算の法人であれば、2026年12月期が2割特例の最終適用期間となります。
2027年12月期以降は、原則として一般課税または簡易課税によって消費税を計算することになります。
これまで2割特例によって納税額を抑えていた法人では、納税額が増加する可能性があります。
特に、仕入れや経費に含まれる消費税額が少ない事業では、一般課税への移行によって負担が大きくなることがあります。
法人経営者は、次の課税期間が始まる前に、消費税の納税額を試算しておくことが重要です。
簡易課税制度への移行と届出期限の見直し
簡易課税制度は、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者について、一定の要件のもとで認められる制度です。
実際の仕入税額ではなく、業種ごとに定められた「みなし仕入率」を使って納付税額を計算します。
例えば、みなし仕入率が80％の小売業であれば、売上げに係る消費税額の20％が納付税額となる計算です。
そのため、3割特例より簡易課税制度の方が有利になる場合があります。
一方、みなし仕入率が50％のサービス業では、簡易課税による納付税額は売上税額の50％となるため、3割特例の方が有利になる場合があります。
今回の改正では、2割特例や3割特例から簡易課税制度へ移行する際の届出期限も緩和されました。
原則として、簡易課税制度を選択するには、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに届出書を提出する必要があります。
しかし、2割特例または3割特例を適用した翌課税期間に簡易課税制度を適用する場合には、その翌課税期間の確定申告期限までに届出書を提出できることになりました。
例えば、2028年分に3割特例を適用した個人事業者が、2029年分から簡易課税制度に移行する場合、2029年分の消費税の確定申告期限までに届出書を提出することができます。
ただし、この特例は2割特例または3割特例を適用した翌課税期間への移行が対象です。
途中で一般課税による申告を挟んだ場合には、原則的な届出期限に戻るため注意が必要です。
免税事業者からの仕入れに係る控除割合の変更
インボイス制度では、原則として適格請求書発行事業者以外からの課税仕入れについて、仕入税額控除が認められません。
ただし、制度導入による急激な影響を緩和するため、一定期間は仕入税額の一部を控除できる経過措置が設けられています。
2026年度税制改正では、この経過措置が見直されました。
控除できる割合は、次のように段階的に縮小します。
- 2026年9月30日まで：80％
- 2026年10月1日から2028年9月30日まで：70％
- 2028年10月1日から2030年9月30日まで：50％
- 2030年10月1日から2031年9月30日まで：30％
- 2031年10月1日以降：原則として控除不可
例えば、免税事業者からの課税仕入れについて、消費税相当額が100万円ある場合を考えます。
80％控除の期間であれば80万円を控除できますが、70％控除の期間では70万円になります。
その差額10万円は、買い手側の消費税負担の増加につながります。
免税事業者との取引が多い企業では、今後の控除割合の縮小が利益や資金繰りに影響する可能性があります。
経過措置の悪用防止と1億円基準
今回の改正では、免税事業者からの仕入れに係る経過措置について、適用できる取引金額の上限も引き下げられました。
従来は、一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れが、年間10億円を超える場合に、その超過部分について経過措置の適用が制限されていました。
改正後は、この基準が年間1億円に引き下げられます。
2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。
研修資料では、この改正の背景として、海外の関連会社などとの取引を利用した経過措置の悪用が取り上げられています。
本来、経過措置は小規模な免税事業者が取引から排除されることを防ぐために設けられたものです。
ところが、大規模な取引にも適用されることで、制度の趣旨とは異なる利用が生じる可能性があります。
今回の上限引下げは、こうした問題への対応という側面があります。
企業では、取引先ごとの課税仕入れの金額を把握し、経過措置の適用限度額を超えていないか確認する必要があります。
中小企業と個人事業者が準備すべきこと
今回の改正を受けて、まず確認したいのは、自社がどの課税方式を選択できるかという点です。
個人事業者であれば、3割特例、簡易課税、一般課税の比較が重要になります。
法人であれば、2割特例終了後の納税額を試算する必要があります。
また、簡易課税制度への移行を検討する場合には、届出期限だけでなく、将来の設備投資計画も確認することが大切です。
多額の設備投資を行う場合、一般課税の方が有利になることがあります。
一方、簡易課税制度を選択すると、原則として一定期間は継続適用が必要になるため、単年度の納税額だけで判断することは適切ではありません。
免税事業者との取引が多い企業では、控除割合の縮小による負担増も見込んでおく必要があります。
消費税は、利益が出ているかどうかにかかわらず納税が必要になる場合がある税金です。
そのため、納税額の増加は資金繰りに直接影響します。
制度改正を把握するだけでなく、納税資金を計画的に確保することが重要です。
結論
2026年度のインボイス制度改正は、小規模事業者の負担軽減措置を段階的に縮小しながら、制度の定着を進める内容となっています。
個人事業者には2027年分と2028年分について3割特例が設けられましたが、法人には適用されません。
また、免税事業者からの仕入れに係る控除割合は、今後段階的に縮小されます。
一方で、簡易課税制度への移行に関する届出期限は緩和され、課税方式を検討する時間的な余裕が広がりました。
重要なのは、制度の変更を知るだけでなく、自社にとってどの課税方式が有利なのかを具体的に比較することです。
消費税の申告方法は、納税額だけでなく、経理事務や資金繰りにも影響します。
経過措置が終了してから対応するのではなく、早い段階から将来の納税負担を見据えた準備を進めることが、中小企業経営において重要になります。
参考
東京税理士協同組合教育情報事業配布資料「事例から学ぶ消費税・法人税実務－税務判断の『なぜ』を読み解く－」税理士 白井一馬、2026年10月1日
国税庁「令和8年度税制改正特集」
財務省「令和8年度税制改正の大綱の概要」