2027年1月から始まる給与所得の源泉徴収票の「みなし提出の特例」について、誤解しやすいポイントがあります。
それは、「eLTAXで給与支払報告書を提出しなければ、みなし提出の特例を利用できないのではないか」という点です。
結論からいえば、みなし提出の特例を受けるためだけにeLTAXへ切り替える必要はありません。
給与支払報告書を市区町村へ提出すれば、eLTAXだけでなく、光ディスク等や書面による提出であっても特例は適用されます。
ただし、どの提出方法を選んでも実務上まったく同じというわけではありません。
特に、従業員が確定申告をするときのマイナポータル連携や、企業側の事務効率化という点ではeLTAXに大きな特徴があります。
みなし提出はeLTAX限定の制度ではない
みなし提出の基本的な仕組みは、市区町村に提出された給与支払報告書の情報を利用して、税務署にも給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなすというものです。
このため、「電子データで提出しなければ税務署へ情報を連携できないのではないか」と考えるかもしれません。
しかし、資料では給与支払報告書の提出方法について、eLTAX、光ディスク等、書面のいずれであっても、市区町村へ給与支払報告書を提出すれば特例が適用されるとされています。
したがって、現在書面で給与支払報告書を提出している企業が、みなし提出の特例を受けることだけを目的としてeLTAXへ変更する必要はありません。
書面でも税務署への二重提出は解消される
たとえば、これまで給与支払報告書を紙で市区町村へ提出してきた会社を考えてみます。
2027年以降も書面による提出が認められているのであれば、市区町村へ給与支払報告書を提出することで、給与所得の源泉徴収票について税務署へ提出したものとみなされます。
つまり、
市区町村には書面で給与支払報告書を提出する
税務署には同じ給与情報について源泉徴収票を改めて提出しない
という処理が可能になります。
みなし提出のポイントは「電子提出したかどうか」ではなく、「市区町村へ給与支払報告書を提出したかどうか」にあります。
源泉徴収票だけ税務署へ提出しても逆方向にはならない
ここで注意したいのが、提出する順序です。
みなし提出は、市区町村への給与支払報告書の提出を起点とする制度です。
税務署へ給与所得の源泉徴収票を提出したからといって、市区町村にも給与支払報告書を提出したものとみなされるわけではありません。
したがって、税務署へ源泉徴収票を提出しただけでは、市区町村への給与支払報告書の提出義務を果たしたことにはなりません。
給与支払報告書は、必ず市区町村へ提出する必要があります。
「市区町村から税務署へ」という方向の仕組みであり、その逆ではないことを理解しておくことが重要です。
eLTAXには企業側のメリットがある
みなし提出そのものは書面でも利用できますが、資料ではeLTAXによる給与支払報告書の提出について、企業側に複数のメリットが示されています。
まず、給与支払報告書の印刷、押印、封入作業などを減らすことができます。
さらに、提出先となる市区町村への自動振分けが行われるため、企業側で市区町村ごとに仕分けする作業も不要になります。
郵送に伴う送付費用や送付作業も削減できます。
紙の控えなどを保管する場所も不要になり、封入誤りなどのリスク軽減にもつながります。
給与支払報告書を大量に処理している企業ほど、こうした効果は大きくなるでしょう。
複数の市区町村への提出で違いが出る
従業員の居住地が1つの市区町村だけとは限りません。
従業員数が増えるほど、複数の市区町村へ給与支払報告書を提出するケースが一般的になります。
書面提出の場合には、提出先ごとに書類を分け、封入して送付する作業が必要になります。
eLTAXでは提出先市区町村への自動振分けができるため、この作業を減らすことができます。
したがって、みなし提出を利用できるかどうかだけで比較すると書面とeLTAXに大きな違いはありませんが、実際の作業量まで考えると違いが出てきます。
従業員の確定申告にも違いがある
もう1つ重要なのが、従業員側への影響です。
eLTAXによって給与支払報告書を提出すると、従業員が確定申告を行う際に給与情報がマイナポータル連携の対象となります。
給与情報を確定申告書へ自動入力できるようになるため、従業員の確定申告書作成の負担軽減につながります。
企業の給与担当者から見ると、給与支払報告書の提出方法が従業員個人の確定申告にも関係してくることになります。
企業がeLTAXを利用する意味を考える際には、自社の事務効率化だけでなく、従業員側の利便性も考慮する必要があります。
書面や光ディスク等ではマイナポータル連携の対象外
ここが、eLTAXとほかの提出方法との大きな違いです。
資料では、光ディスク等や書面によって給与支払報告書を提出した場合には、給与情報のマイナポータル連携の対象外になるとされています。
つまり、
みなし提出の特例は利用できる
しかし給与情報のマイナポータル連携は利用できない
ということです。
みなし提出とマイナポータル連携は、別々の仕組みとして理解する必要があります。
書面でもみなし提出ができるから、eLTAXと完全に同じ効果が得られるわけではありません。
電子的提出義務がある企業は別に考える
もう1つ注意したいのが、法令上の電子的提出義務です。
2027年1月1日以後、法定調書の電子的提出義務の基準枚数は、従来の100枚以上から30枚以上へ引き下げられます。
給与支払報告書についても、法定調書と同様にeLTAX等による電子的提出義務があります。
したがって、「みなし提出は書面でも利用できる」ということと、「自社が自由に書面提出を選択できる」ということは同じではありません。
電子的提出義務の対象となる企業については、その義務を踏まえて提出方法を決める必要があります。
ここも制度を理解するときに切り分けて考えたいポイントです。
提出方法は複数の視点から選ぶ
2027年以降の給与支払報告書の提出方法を考えるときには、「みなし提出が使えるか」という1つの基準だけで判断しない方がよいでしょう。
確認したいのは、
電子的提出義務の対象になっているか
給与支払報告書を提出する市区町村はいくつあるか
書面の印刷や封入にどれだけ作業が発生しているか
従業員のマイナポータル連携を利用できるようにするか
給与ソフトがeLTAXにどのように対応しているか
といった点です。
企業ごとに給与事務の規模や現在の処理方法が違うため、自社の状況に合わせて判断することが重要です。
みなし提出と電子化は分けて理解する
今回の制度改正では、みなし提出、eLTAX、電子的提出義務、マイナポータル連携など複数の仕組みが同時に関係してきます。
そのため、すべてを「給与事務の電子化」としてまとめて理解すると混乱しやすくなります。
みなし提出は、税務署と市区町村への二重提出を解消する仕組みです。
eLTAXは、給与支払報告書などを電子的に提出する仕組みです。
電子的提出義務は、一定の基準に該当する事業者に電子提出を求める制度です。
マイナポータル連携は、従業員が確定申告をするときの給与情報の利用に関係します。
それぞれの役割を分けて理解すると、2027年から何が変わるのかが見えやすくなります。
結論
2027年1月から始まる給与所得の源泉徴収票のみなし提出の特例は、eLTAXを利用している企業だけの制度ではありません。
給与支払報告書を市区町村へ提出すれば、eLTAX、光ディスク等、書面のいずれによる提出でも特例を利用できます。
したがって、みなし提出を利用するためだけに、現在の提出方法をeLTAXへ変更する必要はありません。
一方、eLTAXには、市区町村への自動振分け、印刷や封入作業の削減、送付費用の削減、封入誤りのリスク軽減など、企業側のメリットがあります。
さらに、eLTAXで給与支払報告書を提出すれば、従業員の給与情報がマイナポータル連携の対象となります。
書面や光ディスク等による提出では、このマイナポータル連携の対象にはなりません。
「書面でもみなし提出はできる」という点と、「eLTAXを利用するメリットがない」ということは別の話です。
2027年からの提出方法を検討するときには、みなし提出だけでなく、電子的提出義務、企業の事務負担、従業員の利便性まで含めて考えることが重要になります。
次回は、「eLTAXを使う本当のメリット 給与支払報告書の電子化で何が減るのか」について詳しく見ていきます。
参考
企業実務 2026年10月号 2027年1月施行 給与所得の源泉徴収票「みなし提出の特例」の実務対応