2027年1月から給与所得の源泉徴収票の「みなし提出の特例」が始まることで、給与支払報告書と源泉徴収票の提出方法は大きく変わります。
その陰で、もう1つ実務担当者が確認しておきたい変更があります。
eLTAXに用意されてきた「電子的提出の一元化」機能の廃止です。
これまでこの機能を利用していた企業では、給与支払報告書と給与所得の源泉徴収票をeLTAXで一括して作成し、提出することができました。
しかし、みなし提出の特例が始まれば、給与支払報告書を市区町村へ提出することで、源泉徴収票についても税務署へ提出したものとみなされます。
その結果、従来の一元化機能を維持する必要性がなくなります。
制度が簡素化される一方、現在利用している給与ソフトなどについては設定変更が必要になる可能性があります。
これまでの「電子的提出の一元化」とは
給与に関する情報の提出先は、これまで税務署と市区町村に分かれていました。
給与所得の源泉徴収票は税務署へ提出します。
給与支払報告書は市区町村へ提出します。
両者には共通する給与情報が多く含まれているにもかかわらず、それぞれ提出する必要がありました。
こうした事務負担を軽減するため、eLTAXには給与支払報告書と源泉徴収票を一括して作成し、提出する「電子的提出の一元化」機能が用意されていました。
企業側から見れば、2種類の提出手続きを電子的にまとめて処理できる仕組みだったわけです。
みなし提出で前提そのものが変わる
2027年1月からは、給与情報の提出の考え方そのものが変わります。
企業が給与支払報告書を市区町村へ提出すれば、給与所得の源泉徴収票についても税務署へ提出したものとみなされます。
つまり、企業が税務署と市区町村の双方へ同じ給与情報を提出する必要がなくなります。
これまでの電子的提出の一元化は、2つの提出をまとめて処理するための機能でした。
しかし、みなし提出では、そのうち税務署への直接提出そのものが不要になります。
2つの提出を1回の操作で行う仕組みから、そもそも企業が行う提出を市区町村への給与支払報告書に一本化する仕組みへ変わるわけです。
一元化機能は2029年6月で廃止
資料では、eLTAXに用意されていた「電子的提出の一元化」機能および統一CSVレイアウトは、2029年6月で廃止されるとされています。
2027年1月のみなし提出開始と同時に直ちに廃止されるわけではない点には注意が必要です。
みなし提出の特例が2027年1月から始まり、その後、従来の一元化機能が2029年6月に廃止されるという流れになります。
制度変更とシステム変更の時期が完全に一致しているわけではありません。
実務担当者は、それぞれの時期を分けて把握しておく必要があります。
今後は給与支払報告書だけを市区町村へ提出する
これまで電子的提出の一元化機能を利用していた企業にとって、最も大きな変化は提出するデータの考え方です。
今後は、みなし提出の特例によって給与支払報告書を市区町村へ提出することになります。
その給与支払報告書の提出によって、税務署への給与所得の源泉徴収票も提出したものとみなされます。
したがって、給与支払報告書と源泉徴収票を一括作成して双方へ送るという従来の業務から、市区町村への給与支払報告書を中心とした業務へ変わっていきます。
単に提出ボタンが1つ減るという話ではありません。
給与情報をどこへ、どのような経路で提出するのかという業務フローそのものが変わります。
給与ソフトの設定変更が必要になる可能性
実務で特に重要なのが、給与ソフトなどへの影響です。
資料では、これまで電子的提出の一元化機能を利用していた事業者について、システム変更や設定変更等が必要になるとされています。
給与担当者が制度を理解していても、給与ソフトが従来の設定のままであれば、適切な提出処理ができない可能性があります。
そのため、2027年以降の年末調整実務では、
現在どの提出機能を利用しているのか
電子的提出の一元化機能を利用しているのか
給与ソフトがみなし提出にどのように対応するのか
設定変更が必要なのか
といった点を確認しておく必要があります。
「今までと同じ操作」が危ない
制度改正時に起こりやすいのが、前年と同じ操作をそのまま繰り返してしまうことです。
年末調整や法定調書の提出は年に1度の業務です。
そのため、担当者は前年のマニュアルや操作記録を見ながら処理することも多いでしょう。
しかし、2027年以降は提出制度そのものが変わります。
さらに2029年6月には、電子的提出の一元化機能と統一CSVレイアウトが廃止されます。
過去の操作マニュアルをそのまま使い続けるのではなく、制度改正後の手順に更新する必要があります。
統一CSVレイアウトの廃止にも注意
今回の変更では、「電子的提出の一元化」機能だけでなく、統一CSVレイアウトも廃止されます。
CSV形式で給与データを作成し、給与ソフトなどから提出している企業では、この点も確認が必要です。
特に、自社独自のシステムからCSVデータを出力している場合や、給与ソフトとほかのシステムを連携させている場合には、レイアウト変更の影響を受ける可能性があります。
ただし、資料では個々の給与ソフトやシステムについて、具体的にどのような変更が必要になるかまでは示されていません。
実際の対応については、利用している給与ソフトなどの仕様を確認する必要があります。
給与担当者だけの問題ではない企業もある
給与支払報告書や源泉徴収票の提出を給与ソフトだけで完結させている企業であれば、給与担当部署が中心となって対応できます。
一方、自社システムからデータを出力したり、外部システムとの連携を行ったりしている企業では、システム担当部署との連携が必要になる可能性があります。
特に統一CSVレイアウトを利用している場合には、給与担当者だけで判断せず、自社のデータ作成からeLTAXへの送信までの流れを確認することが重要です。
制度改正は税務の問題ですが、その対応はシステムの問題でもあります。
2027年と2029年を分けて準備する
今回の変更では、2つの時期を意識しておくと整理しやすくなります。
まず2027年1月です。
給与所得の源泉徴収票のみなし提出の特例が始まり、給与支払報告書を市区町村へ提出することによって、税務署への源泉徴収票の提出がみなされる仕組みに変わります。
次に2029年6月です。
eLTAXの電子的提出の一元化機能と統一CSVレイアウトが廃止されます。
したがって、2027年の制度改正だけを確認して終わりではありません。
2029年まで見据えて、自社の給与システムや提出方法を確認していく必要があります。
年末調整マニュアルも更新する
給与ソフトの設定だけでなく、社内の年末調整マニュアルも見直した方がよいでしょう。
従来のマニュアルに、
源泉徴収票を税務署へ提出する
給与支払報告書を市区町村へ提出する
電子的提出の一元化機能を利用する
といった手順が記載されている場合、制度改正後は実態と合わなくなります。
担当者が交代したときに古いマニュアルを参照してしまう可能性もあります。
制度変更に合わせて、提出先、提出方法、給与ソフトの操作方法まで含めて更新しておくことが重要です。
デジタル化でも手続きそのものを減らす方向へ
今回の変更は、行政手続きのデジタル化の方向性を考えるうえでも興味深いものです。
これまでの電子的提出の一元化は、複数存在する手続きを電子的にまとめる仕組みでした。
一方、みなし提出では、給与支払報告書を提出することで源泉徴収票も提出したものとみなします。
つまり、複数の手続きを効率よく処理する段階から、重複する手続きそのものをなくす段階へ進むことになります。
企業の給与実務にとっては、この違いは大きなものです。
結論
2027年1月から給与所得の源泉徴収票のみなし提出の特例が始まることで、給与情報の提出方法は大きく変わります。
これまでeLTAXの「電子的提出の一元化」機能を利用して、給与支払報告書と源泉徴収票を一括して作成、提出していた企業も、今後は給与支払報告書を市区町村へ提出することが基本になります。
そして、電子的提出の一元化機能と統一CSVレイアウトは2029年6月に廃止されます。
これまで同機能を利用していた企業では、給与ソフトなどのシステム変更や設定変更が必要になる可能性があります。
重要なのは、制度改正を税務担当者だけの問題として考えないことです。
給与ソフトの設定、CSVデータの作成方法、社内マニュアル、システム連携まで含めて確認する必要があります。
2027年のみなし提出開始と2029年6月の一元化機能廃止。
この2つの時期を見据えて、現在の給与事務がどの仕組みに依存しているのかを早めに確認しておくことが大切です。
次回は、「給与支払報告書と源泉徴収票は何が違う 2027年改正を機に基本から整理」について詳しく見ていきます。
参考
企業実務 2026年10月号 2027年1月施行 給与所得の源泉徴収票「みなし提出の特例」の実務対応