企業の税務調査というと、申告書に記載された数字が正しいかを確認される場面を想像するかもしれません。
売上を正しく計上しているか。
経費に問題はないか。
税額計算は正しいか。
もちろん、こうした確認は重要です。
しかし税務調査では、申告書の数字だけが確認されるわけではありません。
帳簿や請求書、契約書などから実際の取引内容を確認し、その取引について必要な税務処理が行われているかを調べることがあります。
そこで問題になる可能性があるのが、届出書や確認書などの提出漏れです。
会社側では単純な事務ミスと考えていても、必要な手続きが行われていなければ、税務調査をきっかけとして大きな追徴課税につながる場合があります。
住友生命保険の事例も、税務手続きを日頃から確実に管理する重要性を示しています。
税務調査では帳簿と申告書を確認する
企業は日々の取引を会計帳簿へ記録します。
その会計情報を基礎として決算を行い、税務上必要な調整を加えて法人税などを申告します。
税務調査では、申告された内容が実際の取引と一致しているかを確認するため、帳簿や関連資料が確認されます。
売上。
仕入れ。
経費。
固定資産。
貸付金。
借入金。
こうした項目について、帳簿上の数字だけでなく、その背景にある取引まで確認される場合があります。
税務調査は申告書だけを読む作業ではありません。
証憑から取引の実態が分かる
会計帳簿の数字が正しいかを確認するためには、その根拠となる証憑が重要になります。
請求書。
領収書。
契約書。
銀行の入出金記録。
取締役会などの議事録。
社内資料。
こうした資料を見ることで、どのような取引が行われたのかを確認できます。
例えば帳簿に海外への利息支払いが記録されていれば、その支払先や契約内容などを確認することで源泉所得税の検討が必要になる場合があります。
つまり、帳簿から取引を把握し、取引から必要な税務処理を確認するという流れです。
海外送金は税務上の確認事項が多い
海外への支払いでは、税務上確認すべき事項が増えます。
誰に支払ったのか。
どの国や地域の相手なのか。
何の対価なのか。
利子なのか。
配当なのか。
使用料なのか。
その他の取引なのか。
源泉徴収は必要なのか。
租税条約などの取り扱いはどうなるのか。
必要な届出や確認書はあるのか。
こうした事項を確認します。
会社側が「通常の海外送金」と考えていた取引でも、税務上は重要な論点が含まれている可能性があります。
税務署には提出された書類の情報がある
税務上の特例を利用するために届出書や確認書などを提出する制度では、提出状況そのものが重要になります。
企業側では書類を作成した記録が残っていたとしても、実際に提出されていなければ問題になることがあります。
そのため企業は、書類のコピーを保存するだけでは十分とは限りません。
いつ提出したのか。
どの方法で提出したのか。
正常に受け付けられたのか。
これらを確認できる証跡を残すことが重要です。
e-Taxで提出したのであれば、受信通知などを保存しておくことが有効です。
住友生命では確認書の提出遅れが問題になった
住友生命では、海外投資家に支払った社債の利子について源泉所得税の納付漏れを指摘されました。
民間国外債等の利子については、一定の要件を満たし、必要な手続きを行えば源泉所得税が非課税となる制度があります。
ところが、2023年9月に支払った利子について、必要となる利子受領者確認書の提出が遅れました。
その結果、不納付加算税や延滞税を含め約14億9,000万円の追徴課税につながったとされています。
税務上の特例を利用する場合には、取引内容だけでなく必要な手続きまで確認されることの重要性が分かります。
税額が合っていても手続きが問題になる
税務調査では、最終的な税額だけを見ればよいわけではありません。
例えば、ある税制上の特例を利用して税額が減少している場合、その特例を利用するための要件を満たしているかが問題になります。
対象となる取引だったのか。
必要な書類があったのか。
申告書への記載は行われているのか。
期限までに届出をしているのか。
証拠書類を保存しているのか。
税額計算が算数として正しくても、その計算の前提となる特例を利用できなければ税額は変わります。
だからこそ、税務調査では数字と手続きの両方が重要になるのです。
過去の書類まで確認できる状態にする
税務調査は、現在進行中の取引だけを確認するものではありません。
過去の申告内容について確認されるため、数年前の資料が必要になることがあります。
ところが時間が経過すると、当時の担当者が異動している場合があります。
退職しているかもしれません。
そのため、
申告書
届出書
明細書
確認書
税額計算資料
契約書
提出証跡
税務判断の記録
などを会社として保存しておくことが重要です。
「当時の担当者なら分かる」という状態では、税務調査への対応が難しくなります。
社内の手続きも説明できるようにする
重要な税務案件では、どのような社内手続きを行っているのかを整理しておくことも有効です。
誰が取引情報を税務部門へ連絡するのか。
誰が税務上の取り扱いを確認するのか。
誰が書類を作成するのか。
誰が承認するのか。
誰が提出するのか。
提出後の証跡をどこへ保存するのか。
こうした業務フローが明確であれば、会社として税務リスクを管理しやすくなります。
逆に、すべてが担当者の記憶に依存していれば、提出漏れが起きても長期間発見できない可能性があります。
税務調査で初めてミスを知る状態を避ける
最も避けたいのは、税務調査を受けて初めて提出漏れに気付くことです。
ミスが発生してから数年が経過していれば、影響する税額が積み上がっている可能性があります。
関係資料を探すことも難しくなります。
当時の担当者がいなくなっている場合もあります。
そのため、定期的な自主点検が重要になります。
必要な税務書類が提出されているか。
提出証跡が保存されているか。
利用している特例の適用要件を満たしているか。
こうした項目を社内で確認します。
税務調査を待たず、自社で早くミスを発見できる仕組みを作ることが重要です。
税務調査の指摘を次の仕組みに生かす
税務調査で問題を指摘された場合には、その案件だけを修正して終わりにしないことも重要です。
なぜミスが起きたのか。
同じ問題が他の取引にもないか。
他の年度にも影響していないか。
どの業務フローを変更すれば再発を防げるのか。
こうした点を確認します。
1つの指摘を会社全体の税務管理を改善する材料として利用する考え方です。
税務調査への対応を過去の問題処理だけで終わらせず、将来の税務リスクを減らす機会にすることが重要です。
結論
税務調査では、申告書に記載された数字だけが確認されるわけではありません。
帳簿や証憑から実際の取引内容を確認し、その取引について必要な税務処理や手続きが行われているかが問題になることがあります。
特に税制上の特例を利用している場合には、
適用要件を満たしているか。
必要書類を作成しているか。
期限までに提出しているか。
提出証跡を保存しているか。
といった点が重要になります。
住友生命の事例が示すように、必要書類の提出遅れでも巨額の追徴課税につながる可能性があります。
だからこそ、税務調査が来てから資料を確認するのでは遅いのです。
日頃から取引、税務判断、必要書類、提出期限、提出証跡を一連のものとして管理する。
そして定期的に自主点検し、税務調査より先に自社でミスを発見する。
税務調査への最も有効な準備は、調査が始まってから資料を集めることではありません。
日常の税務業務そのものを正しく管理しておくことなのです。
参考
日本経済新聞 2026年9月28日朝刊 「書類遅れで14億円追徴 住友生命の教訓、地道なチェック不可欠」