令和8年度税制改正では、インボイス制度をきっかけに免税事業者から課税事業者になった一定の個人事業者を対象として、3割特例が設けられました。
3割特例を利用すれば、売上げに係る消費税額の70％を仕入税額とみなして控除し、残る30％を納付することができます。
小規模な個人事業者にとって大きな負担軽減策ですが、すべての個人事業者が利用できるわけではありません。
重要なのは、インボイス制度がなかったとしても免税事業者だったのかという点です。
3割特例は免税事業者から課税事業者になった人の制度
3割特例は、通常の課税事業者全体を対象とした税率軽減制度ではありません。
基本的な対象となるのは、インボイス発行事業者として登録したことなどによって課税事業者となったものの、インボイス制度がなければ免税事業者であった一定の個人事業者です。
つまり、インボイス制度への対応によって新たに消費税を納めることになった小規模事業者の負担を緩和することが制度の目的です。
したがって、インボイス制度とは関係なく本来の消費税制度によって課税事業者になる人は、原則として対象になりません。
基準期間の課税売上高が1,000万円を超える場合
代表的な適用除外が、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えている場合です。
個人事業者の場合、原則として前々年が基準期間になります。
基準期間の課税売上高が1,000万円を超えていれば、インボイス登録をしているかどうかにかかわらず、その年は消費税の課税事業者になります。
つまり、インボイス制度がなくても消費税を納めなければならない事業者です。
このような年については、3割特例を利用することはできません。
毎年3割特例を使えるとは限らない
ここで注意したいのは、同じ個人事業者でも年によって3割特例を利用できるかどうかが変わる可能性があることです。
例えば、ある年については基準期間の課税売上高が900万円だったため、インボイス制度がなければ免税事業者だったとします。
この場合、他の要件を満たせば3割特例を利用できる可能性があります。
ところが、翌年について基準期間の課税売上高が1,200万円になれば、その年はインボイス制度とは関係なく課税事業者になります。
その場合、その年については3割特例を利用できません。
一度3割特例の対象になったからといって、その後の対象期間すべてについて自動的に適用できるわけではありません。
課税売上高1,000万円だけを見ればよいわけではない
免税事業者になるかどうかは、基準期間の課税売上高1,000万円という基準だけで決まるわけではありません。
消費税には、一定の条件を満たした場合に事業者免税点制度を利用できなくなる仕組みがあります。
そのため、基準期間の課税売上高が1,000万円以下だから必ず3割特例を利用できると考えるのは早計です。
インボイス制度がなかった場合に、その課税期間について本当に免税事業者になれたのかを確認する必要があります。
調整対象固定資産による制限にも注意する
設備投資との関係も重要です。
消費税には、一定の状況で調整対象固定資産を取得した場合、一定期間にわたって課税事業者としての取扱いを継続させる仕組みがあります。
例えば、自ら課税事業者になることを選択した事業者が、一定期間内に本則課税によって調整対象固定資産を取得したケースなどです。
こうした規定によって事業者免税点制度の適用を受けられない課税期間については、インボイス制度がなかったとしても免税事業者になることができません。
そのため、3割特例の適用対象から外れることがあります。
高額な資産を取得した場合にも確認が必要
消費税には、一定の高額な資産を取得した場合についても、事業者免税点制度や簡易課税制度の適用を一定期間制限する仕組みがあります。
大きな設備投資を行った事業者が、その投資によって多額の仕入税額控除を受けた直後に免税事業者へ戻ることなどを防ぐための制度です。
このような規定によって課税事業者となっている期間についても、3割特例を利用できない場合があります。
設備投資をしたという事実だけで3割特例が使えなくなるわけではありませんが、どの規定によって課税事業者になっているのかを確認することが必要です。
インボイス登録だけで課税事業者になった場合とは区別する
設備投資がある場合に特に注意したいのが、課税事業者になった経緯です。
もともと免税事業者だった人が、インボイス発行事業者として登録したことによる経過措置だけで課税事業者になっている場合と、自ら課税事業者選択届出書を提出して課税事業者になっている場合では取扱いが異なることがあります。
したがって、設備投資をしたから3割特例は使えないと一律に判断することはできません。
過去に提出した届出書や設備投資を行った時期まで確認する必要があります。
課税期間を短縮している場合も対象外になる
3割特例には、課税期間に関する適用除外もあります。
消費税では、届出によって通常より短い課税期間を選択する制度があります。
こうした課税期間の特例を適用している場合には、3割特例を利用できません。
そのため、売上高や設備投資だけでなく、自社がどのような課税期間を採用しているのかも確認する必要があります。
申告時には適用要件を毎年確認する
3割特例は、事前に一度選択すれば対象期間中ずっと適用されるという制度ではありません。
適用を受けようとする課税期間について要件を確認し、消費税申告書に3割特例を適用する旨を記載します。
そのため、申告のたびに基準期間の課税売上高や課税事業者となっている理由などを確認することが重要です。
特に売上げが1,000万円前後で推移している個人事業者は、年によって取扱いが変わる可能性があります。
結論
3割特例は、インボイス制度がなければ免税事業者であった一定の個人事業者を対象とした負担軽減措置です。
そのため、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えているなど、インボイス制度とは関係なく課税事業者になる場合には利用できません。
また、調整対象固定資産や一定の高額な資産の取得などによって事業者免税点制度の適用が制限されている場合にも、3割特例を利用できないことがあります。
課税期間の特例を利用している場合も対象外です。
重要なのは、現在課税事業者であるという結果だけを見るのではなく、なぜ課税事業者になっているのかを確認することです。
3割特例の適用を判断するときには、基準期間の課税売上高、過去の届出書、設備投資の状況、課税期間などを総合的に確認する必要があります。
参考
税のしるべ 2026年9月7日 令和8年・役に立つ消費税実務問答集