2027年1月から始まる給与所得の源泉徴収票の「みなし提出の特例」は、企業の給与情報の提出方法を大きく変える制度です。
これまでは、企業が給与所得の源泉徴収票を税務署へ提出し、給与支払報告書を市区町村へ提出するという2つの事務が存在していました。
2027年からは、給与支払報告書を市区町村へ提出すると、給与所得の源泉徴収票について税務署へ提出したものとみなされます。
重要なのは、単に提出書類が減ることではありません。
企業が同じような給与情報を複数の行政機関へ個別に提出する仕組みから、市区町村への給与支払報告書の提出を起点として税務署への提出にもつなげる仕組みへ変わることです。
これまでは税務署と市区町村へそれぞれ提出していた
2026年までの仕組みでは、企業は給与情報について税務署と市区町村への対応が必要でした。
税務署には、一定の提出基準に該当する給与所得の源泉徴収票を提出します。
一方、市区町村には、一部の退職者を除く受給者について給与支払報告書を提出します。
両方とも給与に関する情報を扱いますが、提出先と提出範囲が異なっていました。
その結果、企業側では同じ給与情報について処理が重複することがありました。
今回のみなし提出は、こうした事業者の事務負担を軽減するための仕組みです。
2027年から市区町村への提出が起点になる
2027年1月1日以後に提出すべき2026年分以後の給与所得の源泉徴収票について、みなし提出の特例が適用されます。
企業が給与支払報告書を市区町村へ提出すれば、給与所得の源泉徴収票について税務署へ提出したものとみなされます。
したがって、企業側から見ると、
給与支払報告書を市区町村へ提出する
その提出によって源泉徴収票が税務署へ提出されたものとみなされる
という流れになります。
企業自身が同じ給与情報を税務署へもう1度提出する必要がなくなるわけです。
「みなし提出」という言葉が重要
この制度を理解するうえでは、「みなし提出」という言葉がポイントになります。
企業が給与所得の源泉徴収票を税務署へ直接送付するわけではありません。
給与支払報告書を市区町村へ提出したという事実を基に、税務署への源泉徴収票についても提出したものとして取り扱います。
そのため、「源泉徴収票がなくなる」という制度ではありません。
また、「税務署への提出義務そのものが単純になくなる」と考えるよりも、市区町村への給与支払報告書の提出によって税務署への提出を果たしたものとして扱う制度だと理解した方が正確です。
源泉徴収票の提出範囲もそろえられる
みなし提出を実現するため、給与所得の源泉徴収票の提出範囲も変更されます。
改正後は、その年の給与等の支払金額が30万円以下である中途退職者を除くすべての給与等が提出範囲になります。
これによって、給与所得の源泉徴収票の提出範囲は給与支払報告書の提出範囲とそろえられることになります。
従来は提出範囲に違いがありましたが、2027年からは両者の範囲をそろえたうえで、市区町村への給与支払報告書の提出を税務署への源泉徴収票提出にもつなげる仕組みになります。
税務署への提出だけでは逆方向につながらない
この仕組みには重要な注意点があります。
給与支払報告書を市区町村へ提出すると、税務署へ給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされます。
しかし、その逆はありません。
税務署へ給与所得の源泉徴収票を提出しただけでは、市区町村へ給与支払報告書を提出したものとはみなされません。
つまり、
市区町村への給与支払報告書から税務署への源泉徴収票
という方向でみなし提出が成立します。
税務署へ源泉徴収票を提出しておけば、市区町村への給与支払報告書を省略できるという制度ではありません。
2027年以降も、市区町村への給与支払報告書の提出を確実に行うことが重要です。
eLTAXでなくてもみなし提出になる
今回のみなし提出は、eLTAXだけを対象とした制度ではありません。
資料では、給与支払報告書の提出方法について、eLTAX、光ディスク等または書面を問わず、市区町村へ提出すれば特例が適用されるとされています。
したがって、これまで書面で給与支払報告書を提出してきた企業が、みなし提出を利用するためだけにeLTAXへ変更する必要はありません。
重要なのは提出手段ではなく、給与支払報告書を市区町村へ提出することです。
ここは、みなし提出と電子化を混同しないためにも押さえておきたいポイントです。
eLTAXなら従業員の確定申告にもつながる
ただし、eLTAXを利用した場合には別のメリットがあります。
eLTAXによって給与支払報告書を提出すると、従業員が確定申告を行う際、給与情報がマイナポータル連携の対象になります。
給与情報が自動入力されることで、確定申告書作成の負担軽減につながります。
一方、光ディスク等や書面で給与支払報告書を提出した場合には、資料では給与情報はマイナポータル連携の対象外とされています。
したがって、2027年以降の給与情報には2つの流れを考えることができます。
1つは、市区町村への給与支払報告書の提出によって税務署への源泉徴収票をみなし提出とする流れです。
もう1つは、eLTAXによる給与支払報告書の提出によって、従業員の確定申告時のマイナポータル連携につなげる流れです。
企業から見れば提出先を整理できる
企業側から見ると、今回の改正のメリットは分かりやすいものです。
これまで給与情報について、税務署と市区町村という複数の提出先を意識する必要がありました。
2027年以降は、給与支払報告書を市区町村へ適切に提出することで、給与所得の源泉徴収票について税務署へのみなし提出につながります。
特にeLTAXを利用すれば、提出先市区町村への自動振分けによって仕分け作業が不要になります。
さらに、給与支払報告書の印刷や押印、封入作業、送付費用や送付作業、控え等の保管場所、封入誤りなどのリスクの軽減も期待できます。
給与情報を作成する作業だけでなく、その後の提出事務まで効率化できるわけです。
それでも従業員への源泉徴収票交付は残る
行政機関の間で給与情報を活用する仕組みが進んでも、従業員への源泉徴収票の交付までなくなるわけではありません。
資料では、税務署への源泉徴収票の提出が不要となっても、受給者本人である従業員への源泉徴収票の交付はこれまでどおり必要とされています。
したがって、2027年以降の流れは、
市区町村への給与支払報告書
税務署への源泉徴収票のみなし提出
従業員への源泉徴収票の交付
を分けて理解する必要があります。
行政側で情報がつながることと、企業から従業員への交付義務は別の問題です。
訂正するときも市区町村への給与支払報告書が中心になる
みなし提出後に給与情報の誤りが判明した場合にも、市区町村への給与支払報告書が重要になります。
eLTAX利用者については、給与支払報告書の提出区分を「訂正」として再度送信します。
光ディスク等または書面で提出している場合については、提出先の市区町村へ訂正方法を確認します。
従来のように税務署への源泉徴収票と市区町村への給与支払報告書をそれぞれ意識する実務から、市区町村への給与支払報告書を中心とした処理へ変わっていくことが分かります。
給与情報の入口を1つに近づける改正
今回の改正を大きな視点で見ると、企業から行政への給与情報の入口を整理する改正と捉えることができます。
これまでは企業が同じような給与情報を複数の行政機関へそれぞれ届けていました。
2027年以降は、市区町村へ給与支払報告書を提出することによって、税務署への給与所得の源泉徴収票も提出したものとみなされます。
企業が同じ情報を何度も提出するのではなく、1度提出した情報を制度上つなげていく方向へ変わります。
企業にとって重要なのは、その入口となる給与支払報告書を正確に作成し、適切な市区町村へ提出することです。
結論
2027年1月から始まるみなし提出の特例によって、給与情報の提出経路は大きく変わります。
企業が給与支払報告書を市区町村へ提出すれば、給与所得の源泉徴収票について税務署へ提出したものとみなされます。
これによって、企業が税務署と市区町村へ給与情報を重複して提出する事務が解消されます。
ただし、逆方向のみなし提出はありません。
税務署へ源泉徴収票を提出しただけでは、市区町村への給与支払報告書を提出したことにはなりません。
また、みなし提出はeLTAXだけでなく、光ディスク等や書面による給与支払報告書の提出でも適用されます。
一方、eLTAXを利用すれば、従業員の給与情報をマイナポータル連携の対象とすることができます。
2027年改正の本質は、単に源泉徴収票を税務署へ送らなくてよくなることだけではありません。
企業が市区町村へ提出した給与情報を基礎として、税務署への提出にもつなげる仕組みに変わることです。
給与情報を「企業がそれぞれの行政機関へ届ける」仕組みから、「1度提出した情報をつなげる」仕組みへ変えていくことが、みなし提出の大きな意味といえるでしょう。
次回は、「2027年の年末調整は何が変わる みなし提出・30枚基準・eLTAXをまとめて整理」について詳しく見ていきます。
参考
企業実務 2026年10月号 2027年1月施行 給与所得の源泉徴収票「みなし提出の特例」の実務対応