研究開発税制は、企業が研究開発にお金を使う段階を支援する制度です。
しかし、研究開発の目的は研究そのものではありません。
研究によって新しい技術を生み出し、特許などの知的財産を取得し、その知的財産から収益を得るところまでつながって初めて、企業の成長に結び付きます。
そこで、研究開発を行う段階だけでなく、その成果から利益を得る段階も税制面から支援する仕組みとして設けられているのが「イノベーションボックス税制」です。
資料では、一定の特許権やAI関連プログラムの著作権から生じる所得について、30%の所得控除を行う仕組みが示されています。
研究開発の成果から利益を得る段階を支援する
これまで取り上げてきた研究開発税制は、企業が試験研究費を支出したときに、一定額を法人税額から控除する制度です。
つまり、研究開発への「投資」を支援しています。
これに対してイノベーションボックス税制が支援するのは、研究開発によって生み出した知的財産から「利益」を得る段階です。
研究開発を行う。
その成果として知的財産を生み出す。
知的財産を事業で活用する。
ライセンスなどによって利益を得る。
この後半部分を税制面から支援するのがイノベーションボックス税制です。
研究開発税制とイノベーションボックス税制では、支援するタイミングが異なります。
イノベーション拠点としての競争力を高める
資料では、イノベーションボックス税制について「イノベーション拠点税制」として説明されています。
その目的として示されているのが、研究開発拠点としての立地競争力を高め、無形資産への投資を促進することです。
研究開発を国内で行っても、その成果である知的財産や、それによって生み出される利益が海外へ移ってしまえば、国内で研究開発を促進する効果は限定的になります。
そこで、研究開発だけではなく、その成果である知的財産を国内で活用し、収益化することも税制面から後押しする考え方が重要になります。
研究から知的財産、さらに収益化までを一つの流れとして支援するわけです。
特許権から得られる所得が対象になる
イノベーションボックス税制の対象となる知的財産の一つが特許権です。
企業が研究開発によって新しい技術を生み出し、その技術について特許権を取得することがあります。
その特許を他社に利用させ、その対価としてライセンス料を受け取ることもできます。
資料では、一定の特許権について、通常実施権や専用実施権を設定する取引などが対象として示されています。
つまり、特許を取得しただけで税制優遇を受けるのではありません。
研究開発の成果である特許を利用して所得を生み出した段階で、イノベーションボックス税制が関係してきます。
AI関連プログラムの著作権も対象になる
イノベーションボックス税制の特徴として注目したいのが、特許権だけではなく、一定のAI関連プログラムの著作権も対象になることです。
企業の研究開発成果は、必ずしも物理的な製品や特許だけではありません。
AI技術の発展によって、プログラムそのものが企業の重要な知的財産になるケースが増えています。
資料では、一定のAI関連プログラムの著作権についても対象知的財産として示されています。
AI関連プログラムについては、後の記事で詳しく取り上げますが、機械学習に必要なプログラムやAIモデルによる機械学習アルゴリズムのプログラム、さらに機械学習を支援する一定のプログラムなどが関係します。
研究開発税制だけでなく、研究成果を収益化する税制にもAIが組み込まれていることが分かります。
対象所得の30%を所得控除する
イノベーションボックス税制で重要な数字が「30%」です。
資料では、一定の対象所得について30%を所得控除する仕組みが示されています。
ここは研究開発税制との違いに注意が必要です。
研究開発税制は「税額控除」です。
法人税額そのものから一定額を差し引きます。
これに対してイノベーションボックス税制は「所得控除」です。
対象となる所得の一定部分を所得から控除し、その後の法人税計算につなげます。
同じ税制優遇でも、30%の金額がそのまま法人税額から差し引かれるわけではありません。
「30%の所得控除」と「30%の税額控除」を混同しないことが重要です。
知的財産から得た利益のすべてが対象になるわけではない
イノベーションボックス税制には、もう一つ重要な考え方があります。
対象となる知的財産から所得を得ていれば、その所得のすべてについて自動的に30%を所得控除できるわけではありません。
資料では「自己創出比率」という考え方が示されています。
対象となる知的財産から得た所得に、一定の自己創出比率を反映させて対象所得を計算します。
つまり、その知的財産が企業自身の研究開発によってどの程度生み出されたものなのかが重要になります。
外部から知的財産を購入して、それを利用して所得を得ただけの場合と、自社で研究開発を行って知的財産を生み出した場合を同じように優遇しない仕組みです。
自ら研究開発したことが重要になる
この仕組みの背景にあるのが「ネクサスアプローチ」です。
資料では、BEPSの行動5との関係で、イノベーションボックス税制による優遇を受けるためには、納税者自身の研究開発と、その研究開発から生じる所得とのつながりが求められることが説明されています。
重要な考え方は「国内で」「自ら」研究開発を行うことです。
例えば、低税率の国や地域に知的財産を移しただけで、その知的財産から生じる利益について大きな税制優遇を受けられるようにすると、研究開発そのものを促進するという制度目的から離れてしまいます。
そのため、実際の研究開発活動と知的財産から得られる所得を結び付ける仕組みが設けられています。
知的財産を買ってくるだけでは十分ではない
企業が知的財産を利用する方法は、自社で開発するだけではありません。
他社から特許などを取得することもできます。
しかし、イノベーションボックス税制は、単に知的財産を保有している企業を優遇する制度ではありません。
研究開発によってイノベーションを生み出すことを支援する制度です。
そのため、資料では、単に知的財産を購入することによって税制優遇を受けることを防ぐ考え方が示されています。
ここが通常の知的財産保有とイノベーションボックス税制との大きな違いです。
「何を持っているか」だけではなく、「どのように生み出したか」が重要になるのです。
研究開発から収益化まで管理する必要がある
イノベーションボックス税制を利用するためには、研究開発が終了して特許を取得した段階から準備すればよいとは限りません。
どの研究開発から、どの知的財産が生まれたのか。
その研究開発にどれだけの費用を使ったのか。
その知的財産からどのような所得が生じたのか。
こうした情報を結び付ける必要があります。
研究開発税制では、研究段階の試験研究費を管理することが重要でした。
イノベーションボックス税制では、さらにその先の知的財産と収益まで追跡することが重要になります。
企業には、研究開発から知的財産、そして収益化までを一つの流れとして管理することが求められます。
結論
イノベーションボックス税制は、企業が研究開発によって生み出した知的財産から利益を得る段階を税制面から支援する仕組みです。
資料では、一定の特許権やAI関連プログラムの著作権から生じる所得について、30%の所得控除を行う仕組みが示されています。
研究開発税制が研究開発費を支出する段階の税額控除であるのに対し、イノベーションボックス税制は研究成果から所得を得る段階の所得控除です。
ただし、知的財産から所得を得ればすべてが対象になるわけではありません。
自己創出比率やネクサスアプローチという考え方によって、自ら行った研究開発と、その成果から生じた所得とのつながりが重視されます。
これからの企業には、研究開発費だけを管理するのではなく、研究開発から知的財産の取得、さらにライセンスなどによる収益化までを一体として管理することが重要になります。
参考
第33回青山学院大学同窓祭公開講座 2026年9月23日 R&D税制とイノベーションボックス税制 会計プロフェッショナルによるイノベーション・コンサルテーション