2027年1月から、給与所得の源泉徴収票について「みなし提出の特例」が始まります。
給与支払報告書を市区町村へ提出すると、税務署にも給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされる仕組みです。
では、給与支払報告書を提出し、税務署へのみなし提出も完了した後で、給与情報に誤りが見つかった場合はどうすればよいのでしょうか。
従来であれば、税務署へ提出した源泉徴収票と、市区町村へ提出した給与支払報告書の双方について訂正を考える必要がありました。
みなし提出の開始後は、この訂正実務も変わります。
特に重要なのが、eLTAXで提出した場合と、光ディスク等や書面で提出した場合では対応が異なる点です。
みなし提出後にも訂正は起こり得る
年末調整や給与支払報告書の作成では、十分に確認していても提出後に誤りが判明することがあります。
給与額や社会保険料、各種控除などについて修正が必要になるケースも考えられます。
2027年以降は、給与支払報告書を市区町村へ提出することで、給与所得の源泉徴収票についても税務署へ提出したものとみなされます。
つまり、給与支払報告書の内容に誤りがあれば、その情報を基礎としてみなし提出された源泉徴収票についても訂正を考えなければなりません。
提出作業が一本化される以上、訂正についても新しい仕組みに合わせて処理する必要があります。
eLTAXでは提出区分を「訂正」にする
資料では、2027年1月1日以後に源泉徴収票の訂正が発生した場合の取扱いが示されています。
給与支払報告書を市区町村へ提出し、源泉徴収票の税務署へのみなし提出を完了した後に誤りに気づいた場合、eLTAX利用者は給与支払報告書の提出区分を「訂正」として再度送信します。
ここが実務上の重要なポイントです。
当初提出した給与支払報告書のデータを単純にもう1度送るのではなく、「訂正」であることを明確にして再送信する必要があります。
税務署へ源泉徴収票を別途訂正提出する仕組みではない
みなし提出の仕組みを考えると、訂正方法も理解しやすくなります。
当初の提出では、企業が給与支払報告書を市区町村へ提出し、それによって給与所得の源泉徴収票を税務署へ提出したものとみなされます。
eLTAXを利用している場合、その後に誤りが判明すれば、給与支払報告書を「訂正」として再送信します。
つまり、当初提出は市区町村経由なのに、訂正だけ従来どおり税務署へ直接行うという考え方ではありません。
当初提出と訂正の流れを一体として理解しておく必要があります。
書面提出の場合は同じ処理とは限らない
みなし提出の特例は、eLTAXによる提出だけを対象としているわけではありません。
光ディスク等や書面によって給与支払報告書を市区町村へ提出した場合でも、特例を利用できます。
しかし、訂正方法については注意が必要です。
資料では、光ディスク等または書面で給与支払報告書を提出している場合の訂正方法について、提出先の市区町村に確認することとされています。
したがって、eLTAXと同じような処理をすればよいと判断することはできません。
書面や光ディスク等で提出している企業では、訂正が発生した場合に提出先の市区町村へ確認することが重要になります。
2025年分以前とは処理が異なる
訂正実務では、対象となる源泉徴収票が何年分なのかも重要です。
みなし提出の特例は、2027年1月1日以後に提出すべき2026年分以後の源泉徴収票が対象です。
そのため、2025年分以前の源泉徴収票は特例の対象外です。
2025年分以前について訂正が必要になった場合には、税務署に対して無効分の源泉徴収票と訂正分の源泉徴収票を提出するとともに、訂正分の給与支払報告書を市区町村へ提出する必要があります。
同じ2027年以降に行う訂正でも、2025年分以前と2026年分以後では処理方法が異なるわけです。
訂正日ではなく対象年分を確認する
制度開始後に特に気をつけたいのが、「2027年以降に行う訂正なら、すべて新制度で処理する」と考えてしまうことです。
訂正を行う時期だけでは判断できません。
たとえば2028年に誤りが判明したとしても、訂正するのが2025年分の源泉徴収票であれば、みなし提出の特例の対象外です。
一方、2026年分以後で、みなし提出によって処理した給与情報の訂正であれば、新しい取扱いが関係します。
したがって訂正が発生したら、最初に確認したいのは「何年分の給与情報なのか」です。
当初の提出方法も確認する
年分とともに確認したいのが、当初の給与支払報告書をどの方法で提出したのかです。
eLTAXで提出したのか。
光ディスク等で提出したのか。
書面で提出したのか。
これによって訂正時の対応が変わります。
特にeLTAXの場合には「訂正」として再送信するという具体的な処理が示されていますが、光ディスク等や書面については提出先市区町村への確認が必要です。
したがって、過年度の給与データを保存するだけでなく、その年にどの方法で給与支払報告書を提出したのかについても記録を残しておくことが重要になります。
訂正実務も二重処理から変わる
みなし提出の大きな目的は、税務署と市区町村への二重提出を解消することです。
この考え方は訂正実務にも影響します。
従来は給与情報に誤りがあれば、税務署へ提出した源泉徴収票と、市区町村へ提出した給与支払報告書について、それぞれ対応する必要がありました。
みなし提出後は、市区町村へ提出する給与支払報告書が税務署への源泉徴収票の提出にもつながります。
訂正についても、給与支払報告書を中心として処理する仕組みに変わることになります。
提出だけではなく訂正まで含めて、給与情報の流れそのものが整理されるわけです。
給与ソフトの訂正機能も確認しておく
eLTAXを給与ソフトなどから利用している企業では、訂正時の操作方法も確認しておいた方がよいでしょう。
制度上「訂正」として再送信することが分かっていても、実際のシステムでどのように提出区分を設定するのかが分からなければ処理できません。
今回の資料では、個々の給与ソフトにおける具体的な操作方法までは示されていません。
そのため、実際の操作については利用しているシステムの仕様を確認する必要があります。
制度改正への対応では、税務上のルールとシステム上の操作を分けて確認することが重要です。
訂正時の確認手順を決めておく
制度開始後は、給与情報の訂正が発生したときに確認する手順を社内で決めておくと処理しやすくなります。
まず対象となる給与の年分を確認します。
次に、その年分がみなし提出の対象だったのかを確認します。
さらに、当初の給与支払報告書をeLTAX、光ディスク等、書面のどの方法で提出したのかを確認します。
そのうえで、eLTAXであれば「訂正」として再送信し、光ディスク等や書面であれば提出先市区町村へ訂正方法を確認します。
訂正が発生するたびに制度を一から調べるのではなく、こうした確認手順をあらかじめ整理しておくことが実務上有効です。
結論
2027年以降、給与支払報告書を市区町村へ提出し、給与所得の源泉徴収票について税務署へのみなし提出を完了した後に誤りが判明した場合には、訂正方法にも注意が必要です。
eLTAX利用者は、給与支払報告書の提出区分を「訂正」として再度送信します。
一方、光ディスク等や書面で提出している場合には、提出先の市区町村に訂正方法を確認します。
さらに、2025年分以前の源泉徴収票はみなし提出の対象外であるため、2026年分以後とは訂正方法が異なります。
訂正が必要になったときには、
何年分なのか
みなし提出の対象だったのか
当初どの方法で提出したのか
という順番で確認することが重要です。
みなし提出によって通常の提出事務は簡素化されますが、訂正時には新旧制度と提出方法を正しく切り分けなければなりません。
制度開始前に通常の提出方法だけでなく、訂正が発生した場合の社内手順まで確認しておくことが、2027年以降の給与税務を円滑に進めるポイントになります。
次回は、「法定調書合計表はどう変わる 源泉徴収票を税務署へ提出しない場合の書き方」について詳しく見ていきます。
参考
企業実務 2026年10月号 2027年1月施行 給与所得の源泉徴収票「みなし提出の特例」の実務対応