2027年1月から、給与所得の源泉徴収票について「みなし提出の特例」が始まります。
給与支払報告書を市区町村へ提出すれば、給与所得の源泉徴収票を税務署へ提出したものとみなされるため、企業にとっては提出事務の簡素化につながります。
しかし、制度が簡素化されるからといって、給与ソフトがすべて自動的に正しく処理してくれるとは限りません。
今回の改正では、源泉徴収票の提出範囲、電子的提出義務、法定調書合計表、eLTAXの「電子的提出の一元化」機能など、複数の実務が同時に変わります。
資料でも、給与ソフト等の設定内容や送信方法の確認が準備項目として挙げられています。
制度改正後こそ、「給与ソフトが対応しているから大丈夫」ではなく、自社がどの設定で何を提出しているのかを確認することが重要になります。
まず現在の提出方法を確認する
最初に確認したいのは、自社が現在どの方法で給与支払報告書を提出しているのかです。
みなし提出の特例は、eLTAXだけに限定された制度ではありません。
eLTAX、光ディスク等、書面のいずれで給与支払報告書を市区町村へ提出した場合でも特例が適用されます。
したがって、みなし提出を利用するためだけに提出方法を変更する必要はありません。
一方で、eLTAXを利用すれば、従業員の給与情報がマイナポータル連携の対象になるなどのメリットがあります。
まず自社が現在どの方法を利用しているのかを確認し、その方法を2027年以降も続けるのかを判断することが出発点になります。
源泉徴収票の提出設定を確認する
2027年以降は、給与支払報告書を市区町村へ提出すれば、給与所得の源泉徴収票について税務署へ提出したものとみなされます。
そのため、給与ソフトの中に税務署への源泉徴収票提出に関する設定がある場合には、その取扱いを確認する必要があります。
従来は、
給与支払報告書を市区町村へ提出する
給与所得の源泉徴収票を税務署へ提出する
という2つの処理が存在していました。
今後は、市区町村への給与支払報告書の提出を起点として、税務署への源泉徴収票がみなし提出となります。
前年と同じ設定や操作をそのまま使うのではなく、2027年改正に給与ソフトがどのように対応しているのかを確認する必要があります。
提出範囲の変更にも注意する
給与所得の源泉徴収票の提出範囲も変わります。
改正後は、その年の給与等の支払金額が30万円以下である中途退職者を除くすべての給与等が提出範囲になります。
これによって、給与支払報告書の提出範囲とそろえられることになります。
給与ソフトでは、従来の源泉徴収票の提出基準を使って提出対象者を抽出していた可能性があります。
2027年以降、その抽出条件が改正後の取扱いに対応しているかを確認することが重要です。
制度は変わっているのに、ソフト側の抽出条件を前年と同じだと思い込んで処理することは避けなければなりません。
30枚基準への対応を確認する
2027年1月1日以後、法定調書の電子的提出義務の基準枚数は、従来の100枚以上から30枚以上へ引き下げられます。
給与支払報告書についても電子的提出義務の判定が関係します。
これまで書面提出を続けてきた企業でも、30枚基準によって電子提出が必要になる可能性があります。
資料の準備チェックリストでは、2025年の法定調書提出枚数を確認し、2027年の提出方法を確認することが示されています。
給与ソフトの設定を考える前に、そもそも自社が2027年に電子的提出義務の対象になるのかを確認する必要があります。
みなし提出後も判定枚数は0枚にならない
給与ソフトや社内資料で電子提出義務を管理する場合には、みなし提出後の枚数にも注意が必要です。
給与支払報告書を市区町村へ提出することで源泉徴収票がみなし提出となれば、企業が税務署へ直接送信する給与所得の源泉徴収票は0枚になることがあります。
しかし、電子提出義務の判定上の枚数まで0枚になるわけではありません。
資料では、市区町村への給与支払報告書の提出によってみなし提出となった源泉徴収票も、電子提出義務の判定上の枚数に含まれることが示されています。
したがって、給与ソフト上の「実際の送信枚数」と、将来の電子提出義務を判断するための「判定枚数」を混同しないことが重要です。
法定調書合計表の設定を確認する
2027年からは法定調書合計表の作成方法も変わります。
みなし提出によって給与所得の源泉徴収票を税務署へ直接提出しない場合、その源泉徴収票に係る記載は法定調書合計表に必要ありません。
退職所得の源泉徴収票や報酬の法定調書など、実際に税務署へ提出する法定調書がある場合には、それらについて合計表を作成します。
資料の準備チェックリストでも、「給与所得の源泉徴収票以外の調書データのみで法定調書合計表を作成」とされています。
給与ソフトが従来どおり給与所得の源泉徴収票のデータを法定調書合計表へ反映する設定になっていないか、確認が必要です。
電子的提出の一元化機能を利用しているか確認する
eLTAXを利用している企業では、「電子的提出の一元化」機能を現在利用しているかどうかも確認しておきたいところです。
これまでは、給与支払報告書と給与所得の源泉徴収票をeLTAXで一括作成、提出する機能が用意されていました。
しかし、みなし提出が始まれば、給与支払報告書を市区町村へ提出することで源泉徴収票についても税務署へ提出したものとみなされます。
資料では、この電子的提出の一元化機能と統一CSVレイアウトが2029年6月に廃止されるとされています。
現在この機能を利用している企業では、システム変更や設定変更等が必要になります。
統一CSVレイアウトを使っていないか確認する
給与ソフトだけでなく、CSVデータを利用している企業も注意が必要です。
電子的提出の一元化機能とともに、統一CSVレイアウトも2029年6月に廃止されます。
自社の給与システムからCSVファイルを出力し、それを利用してeLTAXへ提出している場合には、現在どのレイアウトを利用しているのかを確認しておく必要があります。
ただし、資料では個別の給与ソフトについて具体的な変更方法までは示されていません。
そのため、自社が利用するソフトやシステムの具体的な設定については、それぞれの仕様を確認することになります。
訂正時の処理も確認しておく
通常提出だけでなく、訂正が発生した場合の処理も確認しておきたいところです。
給与支払報告書を市区町村へ提出し、源泉徴収票のみなし提出を完了した後に誤りが判明した場合、eLTAX利用者は給与支払報告書の提出区分を「訂正」として再度送信します。
一方、光ディスク等または書面で提出している場合については、提出先の市区町村に訂正方法を確認します。
給与ソフトに訂正送信の機能がある場合には、どのように提出区分を設定するのかも事前に確認しておくとよいでしょう。
実際に訂正が発生してから操作方法を調べるより、制度変更時に通常提出と訂正提出をセットで確認しておく方が実務は安定します。
マイナポータル連携も提出方法で変わる
eLTAXを利用するかどうかは、企業側の提出事務だけの問題ではありません。
eLTAXで給与支払報告書を提出すると、従業員が確定申告を行う際に給与情報がマイナポータル連携の対象となります。
一方、光ディスク等や書面で提出した場合には、給与情報はマイナポータル連携の対象外です。
したがって、給与ソフトでeLTAX送信を設定することは、従業員の確定申告時の利便性にも関係します。
資料では、eLTAXで提出する場合には、従業員に給与情報のマイナポータル連携が可能であることを周知することも準備項目として示されています。
ソフトの自動判定をそのまま信じない
給与ソフトは年末調整実務を大幅に効率化してくれます。
しかし、制度改正時には「ソフトがそう表示したから正しい」という考え方だけでは危険です。
たとえば、電子提出義務の判定では基準年という考え方があります。
さらに、みなし提出後は実際に税務署へ直接提出した枚数と、電子提出義務の判定に使用する枚数が一致しない場合があります。
給与ソフトがどの情報を基に判定しているのかを理解していなければ、表示された結果が自社の状況に適しているのか確認できません。
給与ソフトは判断を助ける道具であって、制度そのものではありません。
前年データをコピーする運用ほど注意する
年末調整は毎年行う業務です。
そのため、前年の設定やデータを引き継いで処理する企業も多いでしょう。
通常の年であれば効率的な方法ですが、大きな制度改正がある年には注意が必要です。
2027年は、
みなし提出の開始
源泉徴収票の提出範囲の変更
電子的提出義務の30枚基準
法定調書合計表の取扱いの変更
などが重なります。
前年設定をそのままコピーして処理するのではなく、改正後の設定になっているかを1項目ずつ確認することが重要です。
結論
2027年からのみなし提出によって、給与所得の源泉徴収票をめぐる提出事務は簡素化されます。
しかし、簡素化されるからこそ、給与ソフトの設定を前年のまま使うことには注意が必要です。
確認したいのは、給与支払報告書の提出方法、源泉徴収票の提出範囲、電子提出義務の判定、法定調書合計表の作成方法、電子的提出の一元化機能、統一CSVレイアウト、訂正時の送信方法などです。
特に、電子的提出の一元化機能を利用している企業では、今後のシステム変更や設定変更への対応が必要になります。
資料でも、年末調整実務の準備として、給与ソフト等の設定内容や送信方法を確認することが示されています。
給与ソフトが制度改正に対応していることと、自社の設定が正しいことは同じではありません。
2027年の処理を始める前に、「何を作成し、どこへ、どの方法で提出する設定になっているのか」を自社で確認することが重要です。
次回は、「紙の源泉徴収票はなくなるのか 税務署提出と従業員交付を混同しない」について詳しく見ていきます。
参考
企業実務 2026年10月号 2027年1月施行 給与所得の源泉徴収票「みなし提出の特例」の実務対応