電子帳簿保存法とインボイス制度はどう関係するのか 保存義務の整理編

税理士
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電子帳簿保存法とインボイス制度は、どちらも近年の税制改正で注目を集めた制度です。

そのため、「電子帳簿保存法に対応すればインボイス制度も大丈夫」「インボイスを保存しているから電子帳簿保存法にも対応している」と考えている人も少なくありません。

しかし、この二つは目的の異なる制度です。一方で、実務では密接に関係しており、どちらか一方だけを理解していても十分とはいえません。

今回は、電子帳簿保存法とインボイス制度の関係を整理します。

二つの制度は目的が異なる

電子帳簿保存法は、帳簿や書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律です。

一方、インボイス制度は、消費税の仕入税額控除を受けるための請求書等の保存ルールです。

つまり、

  • 電子帳簿保存法は「保存方法」の制度
  • インボイス制度は「消費税」の制度

という違いがあります。

制度の目的は異なりますが、保存する書類が重なる場面が多いため、実務では同時に考える必要があります。

電子インボイスも電子取引になる

最近では、紙ではなく電子データでインボイスを受け取るケースが増えています。

例えば、

  • メールで送られてくるPDF請求書
  • クラウドサービスからダウンロードする請求書
  • 電子インボイス配信システム

などです。

これらは電子取引に該当するため、電子帳簿保存法のルールに従って電子データのまま保存しなければなりません。

印刷して紙だけを保存しても、電子取引データの保存義務を満たしたことにはなりません。

消費税の仕入税額控除にも影響する

インボイス制度では、原則として適格請求書を保存していなければ仕入税額控除を受けることができません。

さらに、そのインボイスを電子データで受け取った場合には、電子帳簿保存法に従って保存することが求められます。

つまり、

  • インボイス制度の保存要件
  • 電子帳簿保存法の保存要件

の両方を満たす必要があります。

どちらか一方だけでは十分ではありません。

保存方法を統一すると管理しやすい

請求書によって、

  • 紙で受け取るもの
  • 電子データで受け取るもの

が混在している企業も少なくありません。

そのため、

  • 紙は紙で管理する
  • 電子データは電子データで保存する

というルールを明確にしておくことが重要です。

社内で保存方法を統一しておけば、経理担当者だけでなく、営業担当者などが受け取った請求書についても適切に管理しやすくなります。

電子インボイスは今後さらに普及する

デジタル化の進展に伴い、電子インボイスの利用は今後さらに増えると考えられます。

請求書発行システムやクラウド会計ソフトとの連携も進み、紙でのやり取りは徐々に減少していくでしょう。

その結果、電子帳簿保存法への対応は、消費税実務の一部として考える場面がますます増えていくと予想されます。

制度を別々ではなく一体で考える

電子帳簿保存法とインボイス制度は、それぞれ別の法律や制度ですが、日常の経理業務では切り離して考えることはできません。

請求書を受け取る段階から、

  • どのように保存するか
  • 保存期間はどう管理するか
  • 必要なときに検索・提示できるか

まで含めて運用することが重要になります。

制度ごとに対応を考えるのではなく、一つの業務フローとして整理しておくことが実務上の負担軽減にもつながります。

結論

電子帳簿保存法とインボイス制度は、それぞれ目的の異なる制度ですが、電子データで請求書を受け取る場面では密接に関係しています。

電子インボイスを受領した場合は、消費税の仕入税額控除のための保存だけでなく、電子帳簿保存法に基づく電子データの保存義務も満たさなければなりません。

今後は電子インボイスの普及がさらに進むことが予想されます。二つの制度を別々に考えるのではなく、一体的に運用できる保存体制を整えることが、効率的な経理業務と税務リスクの軽減につながるでしょう。

参考

税のしるべ

2026年7月27日

電子帳簿保存法Q&Aを更新、7年度改正を踏まえ電子取引関係は10問追加

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