越境ECの拡大により、外国法人が日本国内で物品販売を行うケースは急増しています。国内倉庫を利用するモデルや、フルフィルメントサービスを活用する形態も一般化しました。
その一方で、消費税の申告漏れや課税区分の誤りが問題となる事例も見受けられます。東京国税局が外国法人による国内販売の課税関係について確認を呼びかけたことは、税務当局が当該分野を注視していることを示唆しています。
本稿では、越境ECに関する税務調査の実際と、実務上の対応ポイントを整理します。
調査の入り口 ― どのように把握されるのか
越境ECはデジタル取引であるため、「把握されにくい」と考えられがちです。しかし実際には、次のような情報源があります。
1. 税関データ
輸入時には通関記録が残ります。輸入者名義、数量、金額、輸入消費税額などが把握可能です。
国内倉庫型ビジネスでは、輸入規模と国内売上規模が整合しているかが確認されます。
2. ECプラットフォーム情報
国内外の主要プラットフォームは取引データを保有しています。税務当局は必要に応じて情報照会を行うことが可能です。
登録番号の有無、売上高の規模、販売先の所在地などが確認対象となります。
3. 取引先からの反面調査
BtoB取引の場合、仕入税額控除を行っている国内事業者側の調査を通じて、外国法人の取引実態が把握されることがあります。
調査で確認されやすい主要論点
1. 国内取引該当性
販売時点で商品の所在が日本国内であったかどうかが最重要論点です。
国内倉庫から発送していれば、原則として国内取引に該当します。
2. 課税事業者判定
基準期間および特定期間の課税売上高が確認されます。
免税事業者と認識していた場合でも、実際には課税事業者に該当していたというケースがあります。
3. インボイス登録の有無
登録番号の表示状況、登録時期、登録前後の取引処理などが検証されます。
登録していない場合でも、国内取引があれば申告義務は免れません。
4. 輸入消費税の仕入税額控除
原則課税を選択している場合、輸入消費税の控除額と通関記録との整合性が確認されます。
簡易課税選択中であるにもかかわらず実額控除している誤りも見られます。
5. 恒久的施設（PE）との接続
消費税調査を契機に、法人税のPE認定の有無が問題となることがあります。
国内倉庫の利用形態や業務委託内容が検証対象となります。
調査の進行イメージ
越境ECの場合、まずは文書照会から始まるケースが多いと考えられます。
- 売上明細
- 倉庫契約書
- 通関書類
- プラットフォーム契約
などの提出を求められます。
国内に納税管理人がいる場合は、その窓口を通じて対応します。
追徴課税の構造
申告漏れが判明した場合、
- 本税
- 延滞税
- 加算税
が課されます。
過去数年分に遡及するケースもあり、輸入規模が大きい場合には金額的影響も無視できません。
特に、国内取引に該当するとの認識がなかったケースでは、想定外の負担となります。
実務上の防御策
1. 取引フローの明確化
商品の所在、契約成立時点、引渡条件を整理し、国内取引該当性を明確にしておくことが重要です。
2. 売上と輸入数量の突合
輸入数量と販売数量の整合性を定期的に確認します。
在庫差異は調査時に重点的に確認されます。
3. 登録・申告状況の定期点検
課税事業者判定やインボイス登録状況を毎期確認します。
売上拡大に伴い要件を満たすケースがあります。
4. 契約書の整備
倉庫業者やプラットフォームとの契約書におけるリスク負担や業務内容は、PE認定判断にも影響します。
結論
越境ECはデジタル取引であっても、物流・通関・決済の各段階で客観的データが残ります。
国内倉庫型ビジネスでは、国内取引該当性が明確であるため、消費税申告の適正性は重点的な確認対象となります。
税務調査は突然の出来事ではなく、ビジネスモデルの設計段階から想定すべきリスクです。
越境EC時代においては、消費税対応を単なる事後処理とせず、税務ガバナンスの一環として体制整備を行うことが不可欠です。
参考
・税のしるべ「外国法人が国内で行う物品の販売等に係る消費税の課税関係で東京局が確認を呼びかけ」（2026年2月23日）
