インボイス制度が始まってから、多くの事業者が領収書や請求書の保存に気を配るようになりました。

しかし、税務調査の現場では「保存しているつもり」が思わぬ指摘につながるケースが少なくありません。

重要なのは、単に書類が残っていることではなく、仕入税額控除の要件を満たす形で保存されていることです。

今回は、税務調査で指摘されやすいインボイス保存ミスについて確認してみます。

クレジットカード利用明細だけを保存している

最も多い誤解の一つが、クレジットカード利用明細書だけで処理しているケースです。

カード利用明細には支払先や利用金額が記載されています。

そのため、経費の証拠として十分だと考える人もいます。

しかし、カード会社は商品の販売者やサービス提供者ではありません。

インボイス制度では、実際に商品やサービスを提供した事業者が発行する請求書や領収書などの保存が必要です。

カード利用明細だけでは、原則として仕入税額控除の要件を満たしません。

レシートを受け取っただけで保存していない

出張や営業活動の際、レシートを受け取ったものの、後日紛失してしまうケースも少なくありません。

特に少額の支出は軽視されがちです。

しかし税務調査では、金額の大小よりも保存状況が確認されます。

「受け取ったはずです」という説明だけでは足りません。

電子保存を活用するなど、確実に保存する仕組みを整えることが重要です。

登録番号を確認していない

インボイス制度開始後も、すべての事業者が適格請求書発行事業者になったわけではありません。

そのため、領収書や請求書を保存していても、発行事業者の登録番号が記載されていないケースがあります。

登録番号が必要な取引について確認を怠ると、後になって仕入税額控除が認められない可能性があります。

特に新規取引先や小規模事業者との取引では注意が必要です。

電子データを印刷して安心している

電子帳簿保存法への対応が進む中で、請求書や領収書を電子データで受け取る機会が増えています。

ところが、受け取ったPDFを印刷して紙で保存し、元データを削除してしまうケースがあります。

電子取引の場合は、原則として電子データのまま保存しなければなりません。

紙に印刷しただけでは保存要件を満たさない場合があります。

インボイス制度と電子帳簿保存法を混同しないことが大切です。

特例の適用要件を誤解している

これまで見てきたように、

・タクシーチケットの回収特例

・ETC利用証明書の特例

・自販機特例

・少額特例

など、インボイス制度には様々な例外規定があります。

しかし、特例にはそれぞれ適用要件があります。

「少額だから大丈夫」

「交通費だから大丈夫」

という思い込みは危険です。

税務調査では、その特例の要件を満たしているかが確認されます。

制度の名称だけを知るのではなく、内容まで理解しておく必要があります。

個人利用と事業利用の区別が曖昧

税務調査で頻繁に確認されるのが、事業利用か個人利用かという点です。

例えば、

・飲食費

・駐車場代

・タクシー代

・宿泊費

などは私的利用との区別が難しい場合があります。

インボイスを保存していても、事業との関連性を説明できなければ経費として認められない可能性があります。

インボイス保存だけでなく、利用目的の記録も重要になります。

税務調査は制度理解を確認する場でもある

税務調査というと、売上除外や架空経費の発見をイメージする人が多いかもしれません。

しかし、インボイス制度に関しては「制度を正しく理解して運用しているか」の確認という側面もあります。

帳簿と証憑の整合性が取れているか。

必要な書類が適切に保存されているか。

特例を正しく適用しているか。

こうした基本事項が確認されるのです。

結論

税務調査で指摘されやすいインボイス保存ミスは、書類がないことだけではありません。

クレジットカード利用明細だけで処理しているケース、登録番号を確認していないケース、電子データの保存方法を誤っているケースなど、日常業務の中に多くの落とし穴があります。

インボイス制度は特別な知識ではなく、日々の経理処理の積み重ねです。税務調査で慌てないためには、書類を集めることよりも、制度を理解したうえで保存ルールを整備することが何より重要といえるでしょう。

参考

税のしるべ 2026年6月15日

連載「インボイス制度の再確認」税理士・森田修

国税庁　適格請求書等保存方式に関するQ&A

国税庁　電子帳簿保存法一問一答

国税庁　インボイス制度の概要