医療費控除のデジタル化が進む中で、多くの納税者がマイナポータル連携を利用するようになっています。
これにより申告手続は大きく簡素化されました。
一方で、実務上新たに生じている論点があります。
それは「マイナポータルのデータは税務調査においてどのように扱われるのか」という点です。
本稿では、医療費通知情報の証拠性と、その限界について整理します。
医療費通知情報の位置付け
マイナポータルを通じて取得する医療費通知情報は、審査支払機関のデータを基に作成されています。
これは一定の公的性格を有する情報であり、申告において信頼性の高い資料と位置付けられます。
e-Taxによりこのデータをそのまま添付して申告した場合、当該データに含まれる医療費については、領収書の保存が不要とされています。
つまり制度上は、
・医療費通知情報 ＝ 証拠として使用可能
・領収書 ＝ 省略可能
という整理になっています。
税務調査における基本的な考え方
税務調査において重要なのは、「申告内容が事実に基づいているかどうか」です。
この観点から見ると、医療費通知情報は
・一定の裏付け資料として機能する
・ただし絶対的な証拠ではない
という位置付けになります。
なぜなら、医療費通知情報はあくまで「一部の医療費を網羅したデータ」に過ぎないためです。
データに含まれる部分の扱い
医療費通知情報に含まれる医療費については、
・支払の事実
・金額
が第三者機関のデータとして確認されているため、通常は大きな問題となることはありません。
この意味で、従来の領収書と同様に、一定の証拠力を有すると考えられます。
ただし、
・医療費控除の対象に該当するか
・誰の医療費として計上するか
といった点については、別途判断が必要です。
データに含まれない部分の扱い
問題となりやすいのは、医療費通知情報に含まれない医療費です。
例えば、
・通院交通費
・市販薬
・はり・きゅう・マッサージ
・自由診療
などは、マイナポータルのデータには反映されません。
これらについては、従来どおり
・領収書
・支出の記録
によって説明できる必要があります。
この部分については、デジタル化の影響は及んでいません。
「データがある＝安全」という誤解
実務上よく見られるのが、「マイナポータルを使っているから問題ない」という認識です。
しかし、税務調査の観点では、
・データに含まれる部分は確認済み
・データに含まれない部分は自己責任
という整理になります。
したがって、
・データの範囲を超えて計上している場合
・対象外費用を含めている場合
には、従来と同様に指摘の対象となります。
証拠の性質の変化
従来の医療費控除では、
・領収書という紙の証拠
・納税者自身の集計
が中心でした。
現在は、
・公的データ（医療費通知情報）
・納税者による補完
という構造に変わっています。
つまり、証拠の一部は強化された一方で、全体としての証明責任は依然として納税者に残されています。
税務調査で問われるポイント
実務上、税務調査で確認されるポイントは次のとおりです。
・医療費通知情報との整合性
・データ外の医療費の根拠
・家族分の取扱いの妥当性
・医療費控除の対象該当性
特に、データと手入力が混在している場合には、全体の整合性が重視されます。
制度と証拠論の本質
マイナポータル連携は、「証拠を不要にする制度」ではありません。
正確には、「一部の証拠をデータに置き換える制度」です。
この違いは重要です。
制度はあくまで、
・提出書類を簡素化する
・確認手続を効率化する
ものであり、
・説明責任を免除するものではない
という点に本質があります。
結論
マイナポータル連携により、医療費控除の証拠の一部はデータで代替されるようになりました。
しかし、
・データに含まれない医療費
・控除対象の判断
・全体の整合性
については、従来どおり納税者の責任で説明する必要があります。
したがって、税務調査の観点では、医療費控除は
「証拠が不要になった制度」ではなく、
「証拠の形が変わった制度」として理解することが重要です。
参考
税のしるべ（2026年3月30日）
医療費のお知らせで一斉送付終了の動き広がる、協会けんぽは申請で送付へ