医療費が高額になった年は、「高額療養費で戻ってきた分はどう扱うのか」「医療費控除と二重に使えるのか」といった疑問が生じます。
いずれも家計に直結する制度ですが、仕組みと計算方法が異なるため、混同すると誤った申告につながります。
本稿では、医療費控除と高額療養費制度の関係を整理し、確定申告時に注意すべきポイントを確認します。
高額療養費制度とは何か
高額療養費制度は、健康保険制度の一部です。
1か月の医療費（保険診療分）の自己負担額が一定の上限額を超えた場合、その超えた部分が後日払い戻される仕組みです。
例えば、所得区分に応じて自己負担限度額が定められており、仮に月の自己負担上限が8万円台とされている場合、医療機関窓口で30万円支払ったとしても、後日差額が払い戻されます。
これは「医療費の負担軽減制度」であり、税制上の制度ではありません。
医療費控除とは何か
一方、医療費控除は所得税法上の所得控除制度です。
その年に支払った医療費の合計額から、保険金などで補てんされた金額を差し引き、さらに10万円（所得200万円未満の場合はその5％）を超えた部分を所得から差し引く制度です。
つまり、
高額療養費は「医療費そのものを減らす制度」、
医療費控除は「課税所得を減らす制度」
という違いがあります。
両制度の関係性
結論から言えば、高額療養費として払い戻された金額は、医療費控除の計算上、差し引かなければなりません。
医療費控除の計算式は次のとおりです。
支払医療費 − 保険金等 − 10万円
ここでいう「保険金等」には、民間医療保険だけでなく、高額療養費制度による払い戻しも含まれます。
したがって、医療機関に一時的に30万円支払ったとしても、その後20万円が高額療養費として戻るのであれば、医療費控除の対象となる支払医療費は実質10万円となります。
具体例で確認する
例えば、年間医療費が40万円かかり、そのうち10万円が高額療養費として払い戻されたとします。
医療費控除の計算は次のとおりです。
40万円 − 10万円 − 10万円 ＝ 20万円
この20万円が所得控除の対象となります。
ここで誤りやすいのは、「窓口で払った総額」で計算してしまうことです。
実際の自己負担額で計算することが原則です。
支給が翌年になる場合
高額療養費は申請後に支給されるため、支給が翌年になることがあります。
例えば、12月に入院し、その月の医療費が高額療養費の対象となった場合、実際の振込は翌年になることが一般的です。
この場合も、医療費控除の計算では「その年に支払った医療費から、支給される見込み額を差し引いて」計算します。
もし見込み額と実際の支給額が異なった場合には、修正申告や更正の請求が必要になります。
高額療養費は「所得」ではない
もう一つ誤解されやすい点があります。
高額療養費は「収入」ではありません。
税法上の課税所得にもなりません。
あくまで医療費の自己負担額を調整する制度であり、税金がかかるものではないという点も確認しておきたいところです。
世帯合算との関係
高額療養費制度には世帯合算の仕組みがあります。同一世帯で複数人が同月に医療費を支払った場合、合算して限度額を超えれば払い戻し対象になります。
一方、医療費控除も生計を一にする家族分を合算できます。
両制度とも「世帯単位」という共通点がありますが、計算単位は異なります。
高額療養費は「月単位」、
医療費控除は「年単位」です。
この違いも実務上重要です。
結論
医療費控除と高額療養費制度は、家計を支える重要な制度ですが、役割が異なります。
・高額療養費は医療費そのものの負担軽減制度
・医療費控除は所得税の軽減制度
・高額療養費の払い戻し分は医療費控除の計算上差し引く
・支給が翌年でも見込み額で調整する
・高額療養費自体は課税対象ではない
医療費が高額になった年ほど、両制度の整理が重要になります。
制度を正しく理解し、実質負担額に基づいて丁寧に計算することが、適正な申告への第一歩です。
参考
日本経済新聞 2026年2月18日夕刊
マネー相談 黄金堂パーラー 医療費控除（下）対象となる費用
日本経済新聞 2026年2月18日夕刊
保険金など差し引いて計算
厚生労働省
高額療養費制度に関する公表資料
