帳簿・証憑の電子化が進み、税務調査のあり方も大きく変わりつつあります。
従来の「紙の帳簿を机上で確認する調査」から、
データ分析とリモート監査を組み合わせた“電子調査時代”へと移行が始まりました。
クラウド会計や電子帳簿保存法の普及により、調査官がパソコンやデータベースを直接確認する機会も増えています。
今回は、電子化時代の税務調査の実態と、個人事業主・中小企業が今から備えるべき対応策を整理します。
税務調査の基本構造
税務調査は、国税通則法に基づいて行われ、主に次の3区分に分類されます。
| 種類 | 概要 | 対象 |
|---|---|---|
| 実地調査（任意調査） | 税務署職員が訪問し、帳簿・証憑を確認 | 中小企業・個人事業主など |
| 書面調査 | 郵送や電話で照会し、必要書類を提出させる | 小規模事業者など |
| 特別調査（強制調査） | 裁判所令状に基づく捜査的調査 | 悪質な脱税案件 |
電子帳簿保存法の施行に伴い、電子データを提出・閲覧させる調査が主流となっています。
近年では、実地調査よりも書面調査＋データ分析型の監査が増加傾向です。
電子化がもたらした調査の変化
デジタル化により、調査の焦点は「紙からデータへ」と移行しています。
【主な変化ポイント】
- データ提出形式の指定
CSV・PDF・会計ソフトデータを提出するケースが増加。 - AI分析による異常検出
国税庁はデータ解析システムを導入し、経費・売上・在庫の異常パターンを自動抽出。 - 電子帳簿の正確性チェック
タイムスタンプ・削除履歴・検索機能の有無を確認。 - e-Tax送信履歴・マイナポータル連携の照合
控除証明書・寄附金・所得情報を自動照合し、申告漏れを検出。
これらの仕組みにより、「事前に発見・通知される調査」が一般化しつつあります。
データ監査型税務調査の進め方
電子帳簿保存法の改正以降、税務署は「データ監査チェックリスト」に基づいて調査を行っています。
【主な調査項目】
- 帳簿データの作成日・訂正履歴の確認
- タイムスタンプの有無（スキャナ保存・電子取引データ）
- 検索機能の実装状況（取引日・金額・取引先）
- 電子請求書（Peppol方式）の保存形式
- クラウド会計ソフトのログイン履歴・操作記録
調査官は、これらの項目をチェックしながら「改ざんリスク」「記録の整合性」「保存体制の信頼性」を評価します。
実地調査のデジタル化
「実地調査＝訪問調査」という従来のイメージも変化しています。
現在では、デジタル実地調査（ハイブリッド型）が導入されつつあります。
【調査の流れ】
- 事前にe-Taxまたは電子メールで対象期間・提出資料を通知
- クラウド経理データを閲覧可能に設定（閲覧URLやCSVで提出）
- 調査官がデータを分析した上で、必要に応じて訪問・確認
- 修正指摘は電子的に通知・同意（PDF・電子署名対応）
この方式では、調査官がパソコンを操作して帳簿を確認する場面が増えています。
「実地」と「電子閲覧」が融合した調査形態といえるでしょう。
電子データ調査で指摘されやすい項目
電子帳簿対応が不十分な場合、次のような点が指摘されやすくなります。
| 指摘項目 | 内容 | 改善策 |
|---|---|---|
| タイムスタンプなし | 電子取引データに日付証明がない | 対応クラウドで自動付与 |
| 検索機能不足 | フォルダ保存のみで検索不可 | ファイル名・取引先名で統一命名 |
| 紙出力のみ保存 | 電子保存義務違反 | PDF・CSVで保存、削除禁止設定 |
| 帳簿データの改ざん | 編集履歴が残らない形式で上書き | ログ管理機能付きソフトを使用 |
| 電子請求書の形式不備 | Peppol未対応・登録番号誤り | ソフト更新・登録番号確認を徹底 |
税務署は「保存環境」と「履歴管理」を重視しています。
単にデータがあるだけでなく、「誰が・いつ・どのように修正したか」を追跡できる体制が必須です。
調査対応のポイント
電子帳簿対応をしていても、税務署の調査で慌てないためには、
日頃から以下を意識した運用が重要です。
- 定期的に帳簿・証憑の整合性チェックを実施
- クラウドアカウントの共有設定を整理（閲覧権限を明確化）
- タイムスタンプや履歴ログを自動保存
- 税理士・会計担当者と連携し、保存形式・バックアップを共有
- e-Tax送信履歴・受信通知を年次でアーカイブ
「調査対応」は事後の作業ではなく、日常業務の延長線上で整える管理体制です。
結論
電子帳簿保存法・インボイス制度・e-Taxの三制度が統合される中で、
税務調査は「書面検証」から「データ監査」へと進化しています。
これからの時代に求められるのは、透明性・即応性・一貫性のある記録体制です。
すなわち、税務調査に備える最善の方法は「調査対応を想定しない運用」――
日常業務がそのまま法令準拠となるようなデジタル経理の仕組みを整えることが、
電子化時代における最大の防御策といえるでしょう。
出典
・国税庁「電子帳簿保存法Q&A」
・国税庁「税務調査手続の概要」
・デジタル庁「電子取引データの標準化」
・中小企業庁「経理DX実践ガイド」
・令和7年度税制改正大綱（2024年12月）
という事で、今回は以上とさせていただきます。
次回以降も、よろしくお願いします。
