補助金や基金は、事業活動を支える重要な公的資金です。
しかし、制度の複雑さと会計処理の多様さから、税理士・FPの現場では処理・管理・報告のいずれにも課題が残されています。
会計検査院の2024年度決算検査報告でも、税金の無駄遣いや基金の未活用など、540億円規模の改善指摘が示されました。
本稿では、これまで7回にわたって解説してきた「補助金・基金会計」シリーズの内容を総まとめし、税理士・FPが実務で押さえるべきポイントを整理します。
第1章 補助金・基金に潜むリスクと会計検査の現状
2024年度の決算検査報告では、319件・総額540億円の無駄遣い・改善案件が確認されました。
中でも医療福祉分野と中小企業支援基金が多く、厚生労働省と中小企業庁が中心です。
主なリスクの特徴
- 補助金の不正受給・使途逸脱
- 基金残高の放置・目的外流用
- 報告書の不備・執行遅延
税理士・FPが補助金事業に関与する場合、資金の流れを「見える化」し、年度末残高・未使用金・返納見込みを明確にしておくことが第一歩です。
第2章 返納リスクと税務処理の基本
補助金返納は、「もらい過ぎ」「使途不適正」「未使用残高放置」などから発生します。
会計・税務上は、単なる“返金”ではなく、収益確定後の支出として扱う点が重要です。
| 区分 | 会計処理 | 税務処理 |
|---|---|---|
| 当期内返納 | 補助金収益の減額 | 損金算入可 |
| 過年度返納 | 過年度損益修正損 | 原則損金不算入（例外あり） |
| 不正受給返納 | 雑損失 | 損金不算入 |
特に圧縮記帳を適用している場合、返納時には圧縮額の戻入処理を行い、課税所得への影響を調整する必要があります。
第3章 内部統制と再発防止の仕組み
補助金・基金の不備の多くは、経理ミスではなく統制不備に起因します。
内部統制の4原則を明確化しましょう。
- 職務分掌 ― 申請・執行・報告の分離
- 承認手続 ― 各段階の責任者を明示
- 証憑保存 ― 改ざん防止・電子化対応
- 定期点検 ― 年度末の残高・返納確認
税理士・FPは、会計支援に加え「統制チェックリスト」を活用し、業務手続の標準化を促す役割を担います。
第4章 監査対応マニュアルとチェックリスト
監査や検査に対応するための文書化は、再発防止の鍵です。
効果的なマニュアル構成は以下の4章立てです。
- 基本方針と責任体制
- 事業計画と予算管理
- 支出・報告の手順
- 監査・改善報告の方法
実務チェックリスト（抜粋）
- 補助対象経費と一般経費を明確に区分しているか
- 交付要綱と実績報告書に不整合がないか
- 残高や返納額が年度内に処理されているか
こうした文書化により、行政監査・会計検査・税務調査のいずれにも耐えうる体制が構築できます。
第5章 電子帳簿保存法（電帳法）対応
2024年度改正でスキャン保存要件が緩和され、補助金関連書類も電子化が可能になりました。
ただし、補助金書類は「税務書類＋行政書類」の両性格を持つため、真正性・可視性・検索性の確保が求められます。
実務対応ポイント
- タイムスタンプ付与または事務処理規程を整備
- PDF・画像を事業別フォルダで保存
- ファイル名に「日付＋支出区分＋金額」を明記
- メール添付の通知文もPDF化して保存
税理士・FPは、クライアントに対し「電帳法＋補助金管理一体運用」を指導することが実務上の信頼構築につながります。
第6章 税務調査対応と指摘回避
税務調査で調査官が注目するのは以下の3点です。
- 益金算入時期（交付決定 or 実績報告承認）
- 支出内容の適正性（交付目的に沿っているか）
- 返納処理の正確性（返納時期・仕訳・残高整合）
よくある指摘例では、「補助金収益の翌期計上」「圧縮記帳漏れ」「返納処理遅延」などが多く見られます。
顧問先には、補助金台帳・証憑ファイル・報告書を一体管理し、調査前に質問想定リストを準備することを推奨します。
第7章 統合管理とガバナンス強化
補助金・基金の適正運用には、組織・会計・情報の三層構造による統合管理が必要です。
| 階層 | 管理の目的 | 実務の手法 |
|---|---|---|
| 組織 | 責任と承認体制の明確化 | 管理規程・決裁フロー |
| 会計 | 区分経理・残高管理 | 補助金台帳・基金残高表 |
| 情報 | データの可視化 | クラウド連携・BIツール |
税理士・FPは、単なる経理代行ではなく、「資金の透明化を支援する専門家」としての役割を果たすことが求められます。
補助金を「もらう・使う・報告する・守る」まで一貫支援できる体制を整えることで、顧問先の信頼は大きく向上します。
実務チェックリスト（統合版）
| 項目 | 確認内容 | 状況 |
|---|---|---|
| 交付決定管理 | 交付要綱・決定通知書を保管 | □済／□未 |
| 会計処理 | 収益計上・圧縮記帳を確認 | □済／□未 |
| 支出証憑 | 領収書・契約書を整備 | □済／□未 |
| 返納処理 | 返納額と会計仕訳が一致 | □済／□未 |
| 電子保存 | タイムスタンプ・検索性要件を満たす | □済／□未 |
| 監査対応 | 実績報告・改善報告書を作成 | □済／□未 |
| 内部統制 | 職務分掌・承認体制を明文化 | □済／□未 |
| 再発防止 | 教育・マニュアル更新を実施 | □済／□未 |
この一覧をもとに、年度末ごとに棚卸を行うことで、不正・誤り・返納漏れの早期発見につながります。
結論
補助金・基金会計は、制度運用・会計実務・税務処理・監査対応を横断する「複合領域」です。
税理士・FPは、補助金の“経理担当者”ではなく、公共資金の信頼を守るパートナーとしての役割を担う時代に入っています。
制度を理解し、会計を整え、証拠を残す。
その積み重ねこそが、税理士・FPの専門性を社会に示す最良の方法です。
出典：
・会計検査院「令和6年度決算検査報告」
・経済産業省「補助金等に係る経理処理要領」
・国税庁「法人税基本通達」「電子帳簿保存法Q&A」
・総務省「行政評価・監視マニュアル」
・日本経済新聞（2025年11月6日朝刊）「税の無駄遣い540億円 昨年度、検査院報告」
という事で、今回は以上とさせていただきます。
次回以降も、よろしくお願いします。
