■ 税制非適格ストックオプションとは？
ストックオプションとは、あらかじめ決められた価格で自社株を購入できる権利です。
近年ではスタートアップ企業を中心に、報酬の一部として導入するケースが増えています。
ただし、その税務処理には「税制適格型」と「税制非適格型」という2つの制度上の違いがあります。
前回紹介した「税制適格型」は要件を満たせば税優遇を受けられますが、
要件を満たさない場合はすべて“非適格型”扱いとなり、行使時点で課税されます。
■ 税制適格型との比較でみる基本構造
| 区分 | 税制適格ストックオプション | 税制非適格ストックオプション |
|---|---|---|
| 対象者 | 自社または子会社の役員・従業員 | 制限なし（社外取締役・顧問も可） |
| 行使価額 | 付与時の時価以上 | 自由に設定可能 |
| 課税時期 | 株式売却時 | 権利行使時 |
| 課税区分 | 譲渡所得（分離課税・20.315%） | 給与所得（総合課税・最大55%） |
| 源泉徴収 | 不要 | 必要 |
| 主なリスク | 申告漏れ | 給与課税漏れ・源泉徴収漏れ |
つまり、「非適格型」は行使時点で給与課税が生じる点が最大の違いです。
企業側が源泉徴収を怠ると課税漏れ（追徴課税）につながるため、経理上の取扱いには特に注意が必要です。
■ 行使時に発生する「給与所得」
税制非適格ストックオプションでは、権利を行使した瞬間に次のような経済的利益（含み益）が給与として課税されます。
（株式の時価 − 権利行使価格） × 株数 ＝ 課税対象額
たとえば、
- 行使価格：1株あたり 1,000円
- 行使時の時価：1株あたり 3,000円
- 株数：1,000株
の場合、（3,000−1,000）×1,000株＝200万円の給与所得が発生します。
この200万円に対して、会社が源泉徴収を行わなければなりません。
■ 給与課税の処理フロー
非適格ストックオプションの行使があった場合、
企業側の実務処理は次のステップで行います。
① 行使時の時価を確定する
証券会社の価格データや市場取引価格を基に、行使日の終値などを時価として使用。
② 経済的利益を計算
（行使時時価 − 行使価格）× 株数 で算出。
ここで算出された金額を給与（賞与）扱いとして処理します。
③ 給与所得として源泉徴収
通常の給与支払いと同様に、所得税・住民税を天引き。
役員・従業員ともに「給与所得の源泉徴収票」に反映させます。
④ 法定調書・支払調書を提出
年末調整または確定申告時に、税務署へ報告。
役員の場合も、同様に源泉徴収を行う必要があります。
■ 株式売却時の税務 ― 二重課税に注意
非適格型では、行使時に給与所得として課税済みです。
そのため、株式を後に売却したときには、
行使時の時価を取得費として扱い、譲渡所得を計算します。
（売却価額 − 行使時の時価）＝ 譲渡所得の金額
たとえば、
- 行使時の時価：3,000円
- 売却価額：4,000円
- 株数：1,000株
なら、（4,000−3,000）×1,000＝100万円の譲渡所得。
ここでは20.315%の申告分離課税が適用されます。
行使時と売却時の課税を分けることで、二重課税を防ぐ設計になっています。
■ 実務で起こりやすいトラブル事例
会計検査院が2025年10月に公表した調査では、
非適格型ストックオプションに関して34人・約41億5千万円分の課税漏れが指摘されました。
その背景には、次のような実務上の問題があります。
- 行使時点での給与処理がされていなかった
- 証券会社経由で株式を取得したが、経理部門が把握していなかった
- 源泉徴収が未実施のまま、本人も申告せず
- 社外役員・顧問への付与で処理が曖昧になっていた
特に、上場直後の企業やスタートアップでは、ストックオプション制度の設計と運用が未整備なケースが目立ちます。
■ 企業が取るべき対応とリスク管理
税制非適格ストックオプションを導入・運用する際は、
次のような実務対応が欠かせません。
① 税務処理ルールの明文化
就業規則・役員報酬規程に明記し、「行使＝給与支給」扱いを明確化。
② 証券会社・人事部門との情報連携
行使日・株価・株数などの正確なデータ共有体制を構築。
③ 源泉徴収漏れの防止チェック
年次での税務調査対応リストを作成し、社内監査に組み込む。
④ 社員・役員への説明責任
行使時の課税内容や申告方法を事前に周知する。
（とくに転職・退職時の扱いも要確認）
■ まとめ ― “報酬”としての意識を忘れずに
ストックオプションは「株式報酬」であり、給与所得としての性格を持ちます。
制度設計や税務処理を誤れば、会社にも個人にも大きな負担が及びかねません。
税制非適格型は柔軟性が高い反面、
税務の観点からは“扱いづらい”制度でもあります。
付与・行使・売却の3段階で税務リスクを整理・記録することが、健全な運用への第一歩です。
出典：2025年10月21日 日本経済新聞朝刊「ストックオプションで得た利益、申告・課税漏れ多発か」
という事で、今回は以上とさせていただきます。
次回以降も、よろしくお願いします。
