令和9年1月以降、給与所得の源泉徴収票の提出方法に関する制度改正が行われます。これにより、従来は税務署と市区町村にそれぞれ提出していた書類の取り扱いが見直され、実務の効率化が図られることになります。本稿では、この改正の内容と背景、そして実務上の対応ポイントについて整理します。
制度改正の概要
今回の改正の中核は、源泉徴収票の「みなし提出制度」の創設です。
従来は、給与の支払者は以下の2つの提出を別々に行う必要がありました。
・税務署への源泉徴収票の提出
・市区町村への給与支払報告書の提出
しかし、令和9年1月以降は、一定の事項が記載された給与支払報告書を市区町村に提出した場合、税務署への源泉徴収票の提出があったものとみなされる仕組みに変更されます。
これにより、提出手続の一本化が実現され、実務負担の軽減が期待されます。
改正の対象時期
適用開始は令和9年1月1日以降ですが、対象となるのは「令和8年分以降」の給与所得に係る書類です。
つまり、令和8年分の年末調整後に作成される書類から、新しい取扱いを前提とした対応が必要となります。
この点は、実務上の準備時期を誤らないためにも重要です。
改正の背景と狙い
今回の見直しは、以下のような政策的背景に基づいています。
行政手続の簡素化
これまでの二重提出は、企業側にとって負担が大きく、また行政側にとっても非効率でした。
提出の一本化により、双方のコスト削減が図られます。
データ連携の強化
マイナポータルとの連携を含め、給与情報の電子的な管理・活用が進められています。
今回の改正は、その流れの一環として位置づけられます。
電子提出の推進
特にeLTAXを利用した電子提出への移行が強く推奨されています。
紙や光ディスクによる提出からの転換が、制度面から後押しされる形です。
実務上の影響と対応ポイント
提出フローの見直し
まず、従来の「税務署＋市区町村」という二重提出のフローを前提とした業務設計は見直しが必要です。
今後は、市区町村への提出内容がより重要になります。
記載内容の正確性の確保
みなし提出制度では、給与支払報告書の内容がそのまま税務署提出と同様の意味を持つことになります。
したがって、記載漏れや誤りがそのまま税務リスクにつながる点に注意が必要です。
eLTAXへの対応
今回の改正を契機として、電子提出への移行が実務上の標準となる可能性が高いです。
特に複数の自治体に提出がある場合には、eLTAXの利用による効率化メリットは大きいと考えられます。
注意すべき実務上の論点
「一定の事項」の範囲
みなし提出が成立するためには、給与支払報告書に必要事項が適切に記載されていることが前提です。
この要件を満たさない場合、税務署への提出義務が残る可能性があるため、制度理解が不可欠です。
電子化対応の遅れリスク
電子提出への移行が遅れると、業務効率だけでなく、制度対応の遅れとして評価される可能性があります。
特に顧問先への助言においては、早期の対応提案が重要になります。
顧問先への周知
今回の改正は、企業側の事務フローに直接影響します。
したがって、単なる制度説明ではなく、実務への影響を踏まえた具体的な説明が求められます。
制度改正の本質
今回の改正は単なる提出方法の変更ではなく、
・行政手続の一元化
・データ連携の強化
・電子化の加速
という3つの流れの中に位置づけられます。
つまり、今後の税務実務は、紙ベースからデータベース型へと移行していくことが前提となる構造変化の一部といえます。
結論
令和9年からの源泉徴収票の提出方法の見直しは、実務負担の軽減という側面を持ちながらも、同時に業務の精度と電子化対応を強く求める制度改正です。
特に重要なのは、以下の3点です。
・提出の一本化による業務フローの再設計
・給与支払報告書の記載精度の向上
・eLTAXを前提とした電子化対応
これらを早期に整備することが、今後の実務運営の安定につながります。
参考
・日本税理士会連合会（2026年4月6日）
令和9年1月以降の給与所得の源泉徴収票の提出方法の改正について
・国税庁（公表資料）
令和9年1月からの源泉徴収票提出方法の見直しに関する資料
・総務省（自治税務局）
給与支払報告書に関する制度説明資料