ストックオプションの税務リスクと今後の対応――国税庁の「調査厳格化」で何が変わるのか

■ 序章：成功報酬の裏に潜む“税務リスク”

ストックオプションは、企業の成長と社員の成果を共有する制度として広く普及しています。
しかし近年、申告漏れ・源泉徴収漏れといった税務リスクが顕在化しています。

会計検査院が2025年10月に公表した調査では、
2021〜2022年の2年間にストックオプションを行使した延べ1,000人超のうち、
約150人分・計60億円超の利益に課税漏れの可能性があると指摘されました。

国税庁はこの指摘を受け、2025年8月に全国の税務署へ「調査厳格化」の通知を出しています。
これは、今後のストックオプション税務実務に大きな影響を与える一歩です。

ストックオプションが行使されると、
発行会社や証券会社は法令に基づき税務署に届出を行います。
国税庁はそれらの情報を基に「行使者リスト」を作成し、
所得税の申告内容と照合して無申告者を洗い出す体制を整えていました。

しかし、会計検査院の調査によると――

という運用上の問題が浮き彫りになりました。

これにより、「行使して利益を得たのに申告していない」ケースが多数見逃されていたのです。

このように、課税タイミングが異なるだけでなく、企業の源泉徴収義務の有無も違います。
企業側が非適格型の源泉徴収を怠ると、
追徴課税や重加算税のリスクに直結します。

国税庁は今回の会計検査院の指摘を受け、以下のような強化策を進めています。

特に上場企業・スタートアップなどで制度を多用している企業には、
過去の処理を含めた確認要請が届く可能性があります。

ストックオプションを行使した社員・役員本人にも、
以下のような注意が必要です。

国税庁はAIによるデータ連携を強化しており、
「売却時の申告漏れ」は今後確実に検知される可能性があります。

ストックオプションは、
税務・労務・法務が交錯する複雑な分野です。
企業や個人がリスクを減らすためには、専門家との連携が不可欠です。

AIや自動処理が進んでも、判断の最終責任は人間にあります。
「税務のブラックボックス化」を避けるため、
人の理解と継続的なチェック体制が求められます。

ストックオプションは、
企業の成長と社員の成果を結びつける有効な報酬制度です。
しかしその信頼性は、税務上の透明性と正確性によって支えられています。

国税庁の調査厳格化は、決して「取り締まり強化」だけを意味しません。
むしろ、企業が健全なガバナンスを築くための機会と捉えるべきです。

ストックオプションを「夢の報酬」で終わらせず、
法と制度に即した“持続可能な仕組み”として育てていくこと。
それが、次の成長ステージへ進む企業に求められる姿勢です。

出典：2025年10月21日日本経済新聞朝刊「ストックオプションで得た利益、申告・課税漏れ多発か」

という事で、今回は以上とさせていただきます。

次回以降も、よろしくお願いします。