クロスボーダー再編や海外子会社を含むM&Aは、税務調査の重点領域です。特に移転価格や無形資産移転を伴う案件では、通常調査よりも専門性の高い対応が求められます。
税務調査は「来てから対応するもの」ではありません。実務では、事前準備の質が結果の大半を左右します。
本稿では、実際の調査プロセスと企業側の対応実務を整理します。
調査開始までの流れ
1．事前通知
通常、税務署または国税局から事前通知が届きます。クロスボーダー案件では、国税局の専門部署が担当することが多いです。
対象年度や対象税目が示されますが、実質的には「どの論点が焦点か」を推測することが重要です。
2．資料提出依頼
移転価格文書、契約書、議事録、事業計画、評価レポートなどの提出を求められます。
ここで慌てて資料を整えるのでは遅い場合があります。設計段階から文書化しているかが問われます。
調査初期の実務対応
1．論点の整理
調査官の質問内容から、主要論点を早期に特定します。
・無形資産移転か
・役務提供対価か
・PE認定か
・組織再編の適格性か
論点ごとに対応チームを明確化します。
2．社内説明資料の準備
単に契約書を提出するだけでなく、
・再編の背景
・価格算定根拠
・将来収益との整合性
を説明するストーリー資料を準備します。
調査は「対話」です。説明力が重要になります。
実地調査段階のポイント
1．ヒアリング対応
経営陣や実務担当者へのヒアリングが行われます。
回答がばらつくと、実態との不整合と評価される可能性があります。事前に想定問答を整理することが重要です。
2．機能・リスク分析の確認
移転価格調査では、どの法人がどの機能を担い、どのリスクを負担しているかが精査されます。
契約内容と実態が一致しているかが最大の論点になります。
更正リスクが顕在化した場合
1．意見聴取段階
更正前には、税務当局から調整案が提示されることがあります。
ここでの反論準備が極めて重要です。外部専門家の関与も検討すべき局面です。
2．修正申告か争訟か
更正内容を受け入れるのか、不服申立てや訴訟に進むのかの判断が必要になります。
クロスボーダー案件では、相手国との相互協議（MAP）を視野に入れるケースもあります。
調査対応で失敗しやすい点
1．感情的対応
2．資料の後付け作成
3．社内見解の不統一
4．価格算定ロジックの曖昧さ
特に後付け資料は信頼性を損ないます。
事前準備の実務チェックリスト
調査前に整備しておくべき事項は次のとおりです。
1．移転価格文書の最新化
2．再編目的の明文化
3．評価モデルと事業計画の整合確認
4．国別課税影響シミュレーション
5．租税条約適用の整理
クロスボーダー案件では、「想定問答集」の作成も有効です。
経営判断と税務判断の分離を避ける
再編やM&Aは経営判断です。しかし、その説明責任は税務の世界で問われます。
経営サイドと税務サイドが分断されていると、調査時に矛盾が生じやすくなります。
意思決定段階から税務視点を組み込むことが、最良の調査対応になります。
結論
クロスボーダー案件の税務調査は、価格と実態の整合性を問うプロセスです。
調査は単なる確認作業ではなく、企業のストーリーを検証する場です。
準備の質が結果を左右します。
設計段階で説明可能性を確保しておくことが、最大の防御策です。
国境を越える再編では、「適法性」だけでなく「一貫性」と「透明性」が問われます。
調査対応は事後処理ではなく、戦略設計の延長線上にあります。
参考
国税庁
移転価格税制・税務調査手続に関する公表資料
OECD
移転価格ガイドライン
日本経済新聞 2026年2月26日朝刊
日本上場に関心示す新興
