税務調査の最終局面で問われるのは、「修正申告をするかどうか」。
この判断は、単に追徴税額の多寡だけでなく、加算税・延滞税の取扱い、さらには将来の調査対応への影響をも左右します。
令和7年度の全国統一研修会では、調査官の指摘と会社側の判断のずれが大きい3つの事例が取り上げられました。
① 重加算税の判断 ― 「隠ぺい・仮装」とはどこまで？
事例
A社は架空の外注費を計上し、後日調査で発覚。
外注先は実在するが、実際の作業は行われていませんでした。
調査官は重加算税（35%）を賦課。
会社の主張
実際の作業発注がなかったのは経理担当者のミスで、意図的な仮装ではない。過少申告加算税（10%）が妥当。
調査官の指摘
領収書・請求書を自社で作成しており、明らかに仮装行為。
重加算税の対象。
結論：調査官の指摘が正しい。
「仮装・隠ぺい」とは、虚偽の証拠書類を用いて課税を免れようとする行為。
故意があったと認められれば、経理担当者の単独行為でも重加算税の対象（国税通則法第68条）。
実務ポイント
- 「請求書・領収書の偽造」「売上除外」は典型的な仮装。
- 一方、「経理処理ミス」「解釈の相違」は過少申告加算税（10%）で済む。
- 争点は「意図的だったか」よりも、客観的証拠から見て隠蔽性があるかどうか。
② 延滞税の起算日 ― 「納期限」からではないケース
事例
A社は令和6年度決算で過少申告。令和7年9月に修正申告を提出し納付。
延滞税の起算日は「法定納期限（令和6年5月31日）」と認識していましたが、
調査官から「修正申告書提出日の翌日から起算」と指摘。
調査官の見解
延滞税は原則として法定納期限の翌日から計算されるが、
重加算税・更正処分に伴う追徴分は、処分通知書の翌日から起算する。
会社の主張
納期限起算だと誤って認識しており、延滞税の金額にずれが生じた。
結論：調査官の見解が正しい。
延滞税の起算日は、追徴の原因（修正・更正・決定）によって異なる（国税通則法第60条）。
調査対応時は、まず「どの課税処分に該当するか」を確認すること。
実務ポイント
- 延滞税は「法定納期限」起算が原則。
- ただし「更正通知・修正申告」に伴うものは通知日基準で変動する。
- 税額が大きい場合、1日単位で金額が変わるため要確認。
③ 修正申告 vs 更正 ― “自主修正”のタイミングが重要
事例
調査中、A社は「修正申告をすれば加算税が軽くなる」と判断し、調査官立会いのもとで申告書を提出。
しかし、後日、重加算税が課された。
会社の主張
自主的に修正申告を行ったのだから、重加算税ではなく過少申告加算税にすべき。
調査官の指摘
調査で事実関係が明らかになった後の修正は「自主的」とは言えない。
重加算税の対象。
結論：調査官の指摘が正しい。
修正申告は、調査指摘前に自主的に行う場合のみ加算税軽減の対象。
調査官の質問後や資料提示後の修正は「更正処分回避」とみなされ、軽減の対象外。
実務ポイント
- 「修正申告書提出日」が調査指摘前か後かが重要。
- 申告直前に「自主的に出した」と主張しても、調査記録で時系列が確認される。
- 「早めの自主修正」は信頼回復にもつながる。
🧾 まとめ ― 調査対応で問われる「姿勢」と「証拠」
| 論点 | 認められるケース | 否認・課税強化ケース |
|---|---|---|
| 重加算税 | 解釈の違い・誤り | 仮装・隠ぺい・虚偽証憑 |
| 延滞税起算日 | 法定納期限基準（通常） | 通知日・修正日基準（特例） |
| 修正申告軽減 | 指摘前の自主修正 | 調査後の提出・事実確認後 |
💬 税理士の視点からの教訓
- 「調査官と対立する」のではなく、論点を整理して誠実に説明する姿勢が重要。
- 修正申告を行う場合は、「自主的な修正」であることを時系列で証明できるように記録を残す。
- 延滞税・加算税は単なる“ペナルティ”ではなく、「税務リスク管理のバロメーター」。
- 経理部門・顧問税理士は、“税務調査前の初動対応”で9割が決まる。
📚出典
東京税理士協同組合 教育情報事業配布資料
「令和7年度 全国統一研修会 ～調査官の指摘 vs 会社の言い分～」より
🏁 シリーズを終えて ― 税務調査の本質は「整合性」
全8回を通じて浮かび上がったのは、税務調査で問われるのは「形式」ではなく「整合性」ということ。
帳簿・契約書・議事録・支払実態が一致していれば、たとえグレーゾーンでも説明可能です。
逆に、整合性が崩れていれば、どんな理屈も通りません。
税務とは「論理と証拠の整合」。
そして、誠実な経理こそ最大の防衛策です。
という事で、今回は以上とさせていただきます。
次回以降も、よろしくお願いします。
