事業承継税制の申請実務と税務署対応マニュアル―― 書類の流れ・認定プロセス・調査対応の全体像

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1. 制度の目的と適用スキームの全体像

事業承継税制は、中小企業の後継者が自社株式を贈与・相続によって取得する際の贈与税・相続税を猶予・免除する制度です。
(中小企業経営承継円滑化法および租税特別措置法第70条の7)

現行制度は「特例制度」と呼ばれ、
令和9年3月31日までに特例承継計画を提出していれば、
贈与税・相続税ともに最大100%納税猶予・免除が可能です。

💡この制度の実務的ゴールは「申請で終わり」ではなく、
「5年間の事業継続管理と税務署への報告」を完走することです。


2. 【図解】申請〜認定までの流れ(時系列)

① 承継計画の策定(都道府県)
  ↓
② 贈与・相続の実行
  ↓
③ 納税猶予の申請(税務署)
  ↓
④ 認定書交付(都道府県知事)
  ↓
⑤ 5年間の継続届提出(毎年)
  ↓
⑥ 免除判定・最終報告

書類は都道府県+税務署の二経路で動きます。
「どちらに先に出すか」「どの資料を添付するか」が実務上のポイントです。


3. ステップ別:申請実務の流れ

Step 1:特例承継計画の策定(都道府県)

書類名提出先ポイント
特例承継計画書都道府県(商工担当部局)中小企業支援機関・金融機関の確認印が必要
添付書類定款・株主名簿・直近決算書など業種・雇用要件の確認
  • 提出期限:令和9年3月31日まで
  • 承継後の変更は「変更届出」で対応可能

💬 この段階では「贈与や相続はまだ行わない」。
あくまで「計画」提出で、制度利用の“事前登録”のようなものです。


Step 2:贈与・相続の実行(登記・議事録)

  • 贈与契約書・株式譲渡契約書の作成
  • 株主名簿・株券(または株式振替)を更新
  • 代表者変更登記(法務局)
  • 取締役会議事録・株主総会議事録を整備

⚖️ 株式の名義変更日は「贈与日」と一致させることが原則。
後日修正すると税務署で指摘を受けるリスクがあります。


Step 3:納税猶予申請(税務署)

書類名提出先提出期限
贈与税・相続税の申告書(別表添付)所轄税務署贈与・相続発生から2か月以内
非上場株式等に係る納税猶予・免除申請書同上同時提出必須
認定申請書・特例承継計画の写し都道府県発行分を添付後継者本人が提出

💡贈与税の納税猶予では、「贈与者と受贈者の双方」が印鑑を押す必要があります。
提出漏れ・押印不備が最も多いエラーです。


4. 認定後の実務 ―「5年間の継続要件」と税務署対応

制度を利用した後も、5年間にわたり次の届出義務があります。

年度提出書類内容
毎年事業継続届出書雇用維持・代表者継続・株式保有を報告
最終年確定届出書5年経過時点での事業継続を報告し、免除判定

雇用維持要件は「平均8割以上」を満たせばOK(緩和措置あり)。
一時的に雇用が減少しても、合理的理由があれば認定取り消しになりません。


5. 【ケース】申請後の税務署調査と対応ポイント

事例:B社(製造業・年商5億円)

  • 贈与税の納税猶予申請を行い、後継者が代表就任
  • 3年目に税務署から「実態調査(書面照会)」を受ける

📑 税務署からの主な質問事項:

  1. 後継者が実際に代表取締役として経営に関与しているか
  2. 贈与株式を後継者本人が継続保有しているか
  3. 雇用者数・売上規模が急減していないか
  4. 親族間での再贈与・譲渡がないか

🧾 対応の勘どころ:

  • 調査対応は税理士が同席して回答
  • 「取締役会議事録」「従業員名簿」「株主名簿」を即時提出できるよう整理
  • 実際に経営判断をしている証拠(決裁書・メールなど)を提示すると効果的

💡税務署は「形式要件」よりも「実態」を重視します。
名義だけ代表で実務を親が行っていると、納税猶予取り消しのリスクがあります。


6. よくある失敗と対策

よくあるミスリスク対応策
計画書の提出漏れ制度対象外となる期限(令和9年3月)内に提出
贈与契約書の日付ずれ税務署で否認される株主名簿更新と同日に合わせる
雇用要件未達猶予取り消し理由書を添付し都道府県に説明
代表権の変更忘れ要件不充足登記簿上の代表者変更を速やかに実施
事業廃止・合併猶予取消+一括課税事前に認定取消届を提出して調整

7. 税理士・専門家の役割

事業承継税制は「申請書を書く制度」ではなく、「5年管理する制度」です。
税理士や顧問FPには、次の3つの役割が求められます。

1️⃣ 制度適用判断の助言
 対象株式・議決権・資本金など要件を精査
2️⃣ 申請書類の整備と添付書類管理
 株主名簿・議事録・計画書をフォルダ管理
3️⃣ 税務署・都道府県との窓口対応
 定期報告・書面照会に即応できる体制を構築

🧩 特に「都道府県と税務署のダブルチェック構造」を理解し、
双方の審査観点を踏まえた書類整備が求められます。


8. まとめ ― 「使える税制」にするために

事業承継税制は、申請すれば自動で助かる制度ではありません。
書類の整備・実態の維持・定期報告の3点を継続的に行うことが成功の鍵です。

  • 計画書は早めに提出(令和9年3月末が最終期限)
  • 株式の贈与・代表権変更を整合させる
  • 5年間の継続管理と税務署対応を怠らない

✅ 制度の本質は「後継者が経営を継続できる環境を守ること」。
書類よりも、“実態の継続”こそが最大の防衛策です。


📘 出典・参考

  • 中小企業庁『特例事業承継税制の手引き(令和6年度版)』
  • 国税庁『非上場株式等に係る納税猶予・免除制度(FAQ)』
  • 財務省『事業承継税制の運用状況と見直し方針』
  • 日本公認会計士協会『事業承継税制申請業務ガイドライン』
  • 日本経済新聞「自社株報酬と承継税制、広がる導入」(2025年10月)

という事で、今回は以上とさせていただきます。

次回以降も、よろしくお願いします。

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