消費税は、法人税以上に税務調査で重点的に確認される分野です。
特に、還付申告とインボイス制度は、AI・データ分析の活用により、調査対象として強く意識されています。
近年公表されている調査事例でも、形式だけを整えた還付申告や、実態を伴わないインボイス対応が否認され、多額の追徴や重加算税につながっています。
本稿では、国税庁の調査方針や事例を踏まえ、消費税に特化した社内チェックリストを整理します。
① 消費税還付申告のチェック
□ 還付が発生する理由を明確に説明できる
□ 課税仕入と売上の対応関係が整理されている
□ 還付額が例年と比べて急増していない
消費税還付は、AI選別の段階で最優先に抽出される申告です。
「なぜ還付になるのか」を第三者に説明できない場合、調査リスクは極めて高くなります。
② 輸出免税取引の実態チェック
□ 輸出取引の相手先に事業実態がある
□ 輸出した商品の内容を説明できる
□ 代金決済の事実が確認できる
形式上は輸出免税でも、
- 実体のない海外法人
- 決済のない取引
が絡むと、不正還付として厳しく否認されます。
③ 課税仕入の実在性チェック
□ 課税仕入に対応する実際の取引がある
□ 架空・名義借りの取引が含まれていない
□ 仕入内容と事業内容に不整合がない
消費税では、
「仕入があるか」
ではなく、
「その仕入が本当に必要だったか」
まで確認されます。
④ インボイス制度の基本対応チェック
□ 登録番号を取得し、適切に管理している
□ インボイスの保存要件を満たしている
□ 記載事項の不足が常態化していない
インボイス制度は、形式要件の確認だけでなく、
継続的な運用状況が調査対象になります。
⑤ 取引先インボイスの確認体制
□ 取引先が適格請求書発行事業者か確認している
□ 登録番号の有効性を定期的に確認している
□ 非登録事業者との取引を把握している
インボイスの不備は、
自社だけでなく取引先にも波及する可能性があります。
⑥ インボイスと実態の一致チェック
□ インボイスに記載された取引内容と実態が一致している
□ 名目だけの請求書が使われていない
□ 金額調整のための請求書発行がない
形式的にインボイスが整っていても、
実態が伴わなければ否認されます。
⑦ 簡易課税・原則課税の選択チェック
□ 課税方式の選択理由を説明できる
□ 還付を目的とした不自然な切替がない
□ 継続適用要件を理解している
課税方式の選択も、
「合理性」がなければ調査で疑義を持たれます。
⑧ 簡易な接触への備え（消費税編）
□ 還付・インボイスに関する説明担当者が決まっている
□ 指摘された論点を整理できる体制がある
□ 自主的な見直しを行う判断基準がある
消費税分野では、簡易な接触から実地調査に進むケースが少なくありません。
⑨ 修正申告判断のチェック（消費税特有の視点）
□ 否認された場合の返還額と加算税を把握している
□ 重加算税リスクを考慮している
□ 他の年度・他税目への波及を検討している
消費税の修正申告は、
資金繰りに直接影響する点が特徴です。
⑩ 翌期以降の改善チェック
□ 還付が発生しやすい構造を把握している
□ インボイス運用ルールを社内で文書化している
□ 同じ指摘が繰り返されない体制を整えている
消費税調査は、
一度指摘されると継続的に見られる傾向があります。
結論
消費税調査で最も重視されるのは、
形式ではなく実態です。
還付申告もインボイス制度も、
制度そのものが問題なのではありません。
問題になるのは、
「実態を伴わない処理」です。
AI時代の消費税調査では、
- 不自然な還付
- 形だけ整ったインボイス
は確実に拾われます。
だからこそ、
このチェックリストは調査対策ではなく、
日常業務の点検表として使うことが重要です。
何も起きていない今こそが、
消費税リスクを最小化する最良のタイミングです。
参考
・税のしるべ「6事務年度法人税等の調査事績、追徴税額が6.6％増の3407億円で過去最高に」（2025年12月8日）
・国税庁「令和6事務年度における法人税等の調査事績」
という事で、今回は以上とさせていただきます。
次回以降も、よろしくお願いします。
