インボイス特例見直しで何を確認すべきか 中小企業・経理担当者向け対応チェックポイント

税理士
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インボイス制度に関する特例措置が見直され、免税事業者からの仕入れに対する仕入税額控除は、2026年10月から「7割」へ引き下げられる見通しとなりました。
一気に5割へ下がる想定だった従来計画からは緩和されたものの、制度は確実に「本則」へ向かっています。

中小企業や経理担当者にとって重要なのは、制度改正そのものよりも「自社の実務に何が影響するのか」「今から何を整理しておくべきか」です。
以下では、実務目線での確認ポイントを整理します。

① 免税事業者との取引がどれだけあるか

まず確認すべきは、仕入先のうち「免税事業者」が占める割合です。

  • 主要仕入先に免税事業者が含まれているか
  • 年間仕入額のうち、免税事業者分はいくらか
  • 今回の特例縮小によって、控除できない消費税はいくら増えるか

取引金額が小さくても、件数が多い場合は実務負担が増えやすくなります。
感覚ではなく、金額ベースで把握しておくことが重要です。

② 控除率引き下げ後の税負担を試算しているか

2026年10月以降は、免税事業者からの仕入れについて、

  • 2026年10月~2028年9月:控除率7割
  • 2028年10月~2030年9月:控除率5割
  • 2030年10月以降:控除率3割

と段階的に下がります。

現時点で、

  • 7割になった場合
  • 5割になった場合
    それぞれの消費税負担増を簡易でも良いので試算しておくと、将来の判断がしやすくなります。

③ 価格転嫁の余地がある取引か

控除できない消費税分は、最終的には誰かが負担することになります。

  • 仕入価格の見直しが可能か
  • 消費税相当額を上乗せできる契約内容か
  • 価格交渉の余地がある相手先か

特に、長年続いている取引ほど「今さら言いにくい」ケースが多くなります。
しかし、控除率が下がる事実は取引先側も無関係ではありません。
段階的な制度変更を理由に、早めに話題に出すことが現実的です。

④ 仕入先の課税事業者化の可能性を確認しているか

免税事業者の中には、

  • すでにインボイス登録を検討している
  • 売上規模の拡大で課税事業者になる可能性がある
    というケースもあります。

一方的に取引見直しを進める前に、

  • 登録予定の有無
  • 登録時期の見込み
    を確認しておくことで、不要な関係悪化を防げます。

⑤ 「上限1億円」の影響はないか

今回の改正では、免税事業者からの仕入れに対する特例の適用上限額が、年10億円から1億円に引き下げられます。

中小企業では直接影響しないケースが大半ですが、

  • グループ会社間取引
  • 海外関連会社との取引
  • 特定の仕入先への集中取引
    がある場合は、一応の確認が必要です。

「うちは関係ない」と決めつけず、念のため数字で確認しておくのが安全です。

⑥ 経理処理・チェック体制は見直しているか

控除率が段階的に変わることで、経理処理の注意点も増えます。

  • 取引ごとに「免税事業者かどうか」を正確に管理できているか
  • 適用期間ごとの控除率を誤らず処理できるか
  • 消費税申告時のチェック体制は十分か

特に、制度移行期はミスが起きやすく、税務調査でも確認されやすいポイントです。

⑦ 「いつまで特例に頼るのか」を社内で共有しているか

特例は2031年9月で終了予定です。
つまり、免税事業者からの仕入れについて、将来的には原則どおり控除不可となります。

  • 現行取引をいつまで続けるのか
  • 課税事業者への切り替えを前提とするのか
  • 取引構造自体を見直すのか

経理だけでなく、経営者・営業担当とも情報共有しておくことが重要です。

結論

今回のインボイス特例見直しは、短期的には負担緩和に見えますが、方向性は変わっていません。
控除率は下がり、特例は確実に終わりへ向かいます。

中小企業・経理担当者に求められるのは、
「制度が変わったら考える」ではなく、
「制度が変わる前提で準備する」姿勢です。

数字を把握し、関係者と共有し、段階的に対応する。
それが、インボイス制度と長く付き合うための現実的な対応といえます。

参考

  • 日本経済新聞「免税事業者からの仕入れ控除、8割→7割に インボイス特例、政府・与党案」(2025年12月17日)

という事で、今回は以上とさせていただきます。

次回以降も、よろしくお願いします。

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